На вольных окраинах казаки не имели церквей и молились без священников. С начала гражданской войны Гермоген многократно проклинал их за поддержку еретиков-самозванцев. Кроме того, в земских отрядах было немало татар, чувашей, мордвы. Вот это и имел в виду Гермоген, когда называл земских ратников «странным и неединоверным воинством». Престарелый патриарх не верил, что такое воинство может стать спасителем православия. Опыт гражданской войны был у всех перед глазами. Святитель помнил, как тушинцы «соблазнили» москвичей, призывая их свергнуть Шуйского и обещая сделать то же самое со своим «царьком». Лжедмитрий II был мертв, но казаки продолжали держать в чести его вдову «царицу» Марину и сына — «царевича» Ивана Дмитриевича. Гермоген сам происходил из донских казаков и нисколько не сомневался в том, что, очистив Москву, атаманы постараются посадить на трон «воренка», который в глазах власть имущих был в тысячу раз хуже Владислава.
Гермоген яростно противился вступлению иноземных войск в Москву. Инспирированный Гонсевским суд лишь укрепил его репутацию патриота и страдальца за родную землю. Последующие притеснения окружили его имя ореолом мученичества. При таких обстоятельствах патриарх, независимо от своей воли, стал знаменем земского освободительного движения.
Подготовляя восстание против семибоярщины, московские патриоты составили и распространили по всей столице воззвание, озаглавленное: «Новая повесть о славном Российском царстве, о страданиях святейшего Гермогена и новых изменниках». Враги все более беззастенчиво хозяйничали в Москве, и авторы воззвания возлагали вину за это на бояр. «Из держацев земли, — писали они, — бояре стали ее губителями, променяли свое государское прирождение на худое рабское служение врагу; совсем наши благородные оглупели, а вас всех выдали». Изменникам-боярам воззвание противопоставляло праведного патриарха, выступавшего против предательства бояр. Патриоты обещали патриаршее благословение всем, кто станет на защиту родины. «Мужайтесь и вооружайтесь, — писали они, — и совет между собой чините: как бы нам от всех врагов избыти. Время подвига пришло!» Призывая народ к оружию, авторы «Новой повести» предупреждали, что не следует ждать от патриарха прямого наказа о выступлении. «Что стали, что оплошали? — писали они. — Али того ждете, чтобы вам сам великий тот столп (Гермоген. — Р.С.) своими устами повелел дерзнуть на врагов? Сами ведаете, его ли то дело повелевать на кровь дерзнути». Приведенное воззвание московских патриотов подтверждает, что Гермоген не был инициатором восстания против семибоярщины и не только не рассылал грамот, но и на словах не призывал к оружию и кровопролитию.
Не порывая окончательно с семибоярщиной, Гермоген всеми силами противился новым уступкам в пользу короля и его московских агентов. Казанский дьяк, побывавший в Москве в декабре 1610 года, писал, что 30 ноября М. Салтыков и Ф. Андронов — главные приспешники Сигизмунда III — посетили патриарший двор и потребовали от Гермогена, чтобы он благословил православных на присягу королю. Патриарх отказался это делать, вышла брань, и «патреярха хотели за то зарезати». 1 декабря Мстиславский, Салтыков и Андронов вновь посетили Гермогена. Переговоры опять ни к чему не привели. Патриарх и слышать не хотел о новых уступках королю.
Патриотическое движение в городах ширилось. 13 марта 1611 года жители Перми составили грамоту на имя Гермогена с уведомлением, что из Устюга Великого им привезли «список с твоей святейшего Ермогена патриарха грамоты». Перед нами первое указание на грамоты Гермогена к земским людям. Однако нетрудно выяснить, что оно основано на недоразумении. Пермь, Устюг, Тотьма и другие города получили патриотические воззвания из Нижнего Новгорода. Сами же нижегородцы в грамоте от 27 января дали точный перечень разосланных ими грамот: прислал к ним (нижегородцам) святейший Гермоген «две грамоты: одну отто всяких московских людей, а другую, что писали из-под Смоленска». Итак, речь шла не о воззваниях патриарха, а о сочинениях патриотов. Одно было написано от лица «всяких московских людей», а другое прислано русскими людьми из королевского лагеря под Смоленском. Пермяки, получив патриотические повести из Нижнего, по ошибке заключили, что одна из них является личным посланием Гермогена, не заметив того, что о владыке там говорилось в третьем лице.