Гонсевский во всеуслышание объявил, что мятеж против законного царя Владислава начался вследствие рассылки патриархом «смутных грамот». Обвинение насчет грамот было ложным. Но гонения интервентов упрочили репутацию Гермогена как борца за национальную независимость.
Понимая роль Гермогена, иноземное командование использовало любой повод, чтобы скомпрометировать его и изгнать из Кремля. В дни переговоров с московскими послами в 1615 году Гонсевский выдвинул следующую версию «измены» Гермогена. Глава русской церкви, по его словам, составил с Филаретом Романовым заговор уже в момент подписания московского договора между Жолкевским и семибоярщиной летом 1610 года, стремясь не допустить на трон Владислава. Гонсевский готов был обвинить Гермогена во всех смертных грехах. Святитель якобы обещал Филарету склонить всех москвичей к тому, чтобы «сына его Михаила на царство посадить», и одновременно сносился с Лжедмитрием II, а когда того убили, написал «в тот час по городам смутные грамоты», отчего и произошло восстание.
Еще во времена Дмитрия Донского в боярах у митрополитов начали служить Шолоховы-Чертовы, отданные в митрополичий дом со своими вотчинами. Гермогену верой и правдой служил Василий Чертов. Согласно польской версии, 8 января 1611 года патриарх вручил Чертову «смутную грамоту» и велел доставить ее в Нижний Новгород. Но на московской заставе патриарший гонец был задержан поляками.
Гонсевский предъявил патриаршую грамоту русским послам, но обмануть их было трудно, так как они были очевидцами и участниками московских событий. Ознакомившись с предъявленной «смутной грамотой», они без обиняков заявили: «Патриарх так не писывал, а печать (Гонсевский. — Р.С.) от него (патриарха. — Р.С.)… взял и писал, што хотел с русскими людьми (Салтыковым и др. — Р.С.), кои господарю (Сигизмунду. — Р.С.) прямили». Письмо от 8 января 1611 года, которое Гонсевский пытался выдать за патриаршее, было подложным — так утверждали русские послы. Их слова поддаются проверке.
12 января 1611 года в Нижний Новгород из Москвы вернулись ездившие к Гермогену гонцы — сын боярский Роман Пахомов и посадский человек Родион Мосеев. Гонцы привезли устное послание патриарха: «Приказывал с ними в Нижний… Ермоген, патриарх московской и всеа Русии речью, а письма (гонцы. — Р.С.)… не привезли». Итак, у Гермогена не было нужды составлять 8 января 1611 года писаную грамоту, ибо он только что передал все необходимые устные распоряжения нижегородцам через верных людей Пахомова и Мосеева. В феврале нижегородцы в собственной грамоте городам так передали содержание полученного ими от патриарха наказа: «Приказывал к нам святейший Ермоген патриарх, чтоб нам, собрався с околными и поволскими городы, однолично идти на полских и литовских людей к Москве вскоре». Гермоген отнюдь не призывал нижегородцев к тому, чтобы они соединились с мятежными казаками-тушинцами из Калужского лагеря, а также с мятежными рязанцами. Устный наказ патриарха был составлен весьма дипломатично. Он не давал повода приписать Гермогену почин восстания в Калуге и Рязани. Нижегородцы получили совет действовать независимо от казаков. Для этого надо было собрать силы из соседних городов — Казани, Костромы, Ярославля — и с этими силами идти к Москве. В наказе не было ничего, что было бы направлено против Мстиславского или других вождей семибоярщины.
Помощник Гонсевского поляк Н. Мархоцкий признался в своих записках, что Гонсевский сфабриковал и подбросил в казацкие таборы подложную грамоту за подписью П. Ляпунова, что повлекло за собой бунт в земском ополчении и убийство Ляпунова. Аналогичным образом была сфабрикована, по-видимому, и «смутная грамота» Гермогена, скрепленная отобранной у него печатью.
Устный наказ патриарха был весьма дипломатичным по содержанию. Подложной «смутной грамоте» была чужда всякая осторожность. Гермоген словно бы составил ее для того, чтобы дать своим противникам повод обвинить его в прямой причастности к восстанию казаков и рязанцев. Кроме того, подложная грамота должна была убедить Мстиславского, будто действия патриарха направлялись лично против него. Гермоген (следуя версии Гонсевского) писал, что Мстиславский и бояре «Москву литве выдали, а вора, деи, в Калуге убито, и они собрався в зборе со всеми городы, шли к Москве на литовских людей».