Митрополит Алексей, едва вернувшийся на Русь из литовского плена, не посмел перечить Орде и признал права суздальского князя на великокняжескую корону. Однако глава церкви сохранял верность московской династии и выжидал благоприятного момента. После нового кровавого переворота в Сарае утвердился хан Амурат (Мюрид), а на западных землях Орды — хан Абдуллах, ставленник темника Мамая. В 1362 году московские послы (киличеи) ездили к Амурату и добились пересмотра дела. Ханские послы привезли великокняжеский ярлык двенадцатилетнему князю Дмитрию Ивановичу в Москву. Бояре тотчас снарядили московские полки и изгнали князя Дмитрия Суздальского из Владимира.
Митрополит Алексей использовал авторитет церкви, чтобы предотвратить княжеские междоусобицы в Нижнем Новгороде. Глава церкви пытался воздействовать на враждовавших членов нижегородско-суздальской династии, использовав посредничество суздальского епископа Алексея. Когда Алексей отказался исполнить волю главы церкви, последний прибег к весьма решительным действиям. Он объявил об изъятии Нижнего Новгорода и Городца из состава епископства и взял названные города под свое управление. Вскоре суздальский епископ лишился кафедры. Сохранились сведения о том, что митрополит направил в Нижний личного эмиссара игумена Сергия, затворившего в городе все церкви. Эти сведения более позднего происхождения и относятся скорее всего к области легенд.
Дмитрию Ивановичу пришлось вести борьбу с Нижним Новгородом за великое княжение Владимирское. Его отношения с тверским князем поначалу носили мирный характер. В 1361 году митрополит Алексей ездил в Тверь и поставил там епископом Василия — игумена одного из местных монастырей. Три года спустя он вновь посетил Тверь и крестил там в православную веру дочь Ольгерда.
В 1367 году московский князь вмешался в тверские дела, поддержав удельных князей в их борьбе против великого князя Михаила Александровича. Епископ Василий не склонен был безоговорочно подчиняться московскому митрополиту и принял сторону тверского великого князя. В Тверь тотчас явились митрополичьи приставы и позвали владыку «на суд пред митрополита». Суд кончился не скоро, епископу Василию «бышет истома и протор велик». Попытки использовать авторитет церкви не принесли успеха. В пределы Твери на помощь к местным удельным князьям направилась московская рать. Тогда Михаил Тверской обратился за помощью к свояку Ольгерду и с помощью литовской рати разгромил удельную братию.
Война между Литвой и Русью стала неизбежной. Готовясь к этой войне, Дмитрий Иванович попытался создать антилитовскую коалицию. Понимая, что исключительное влияние на исход войны окажет позиция Твери, князь Дмитрий прибегнул к помощи митрополита Алексея, чтобы уладить свои взаимоотношения с тверским князем. Как повествует тверской летописец, Дмитрий Иванович и митрополит Алексей позвали Михаила «на Москву по целованию, любовию, а съдумав на него совет зол». Князь Михаил не проявил сговорчивости. Тогда князь Дмитрий решился на крайние меры. Митрополит не забыл того, как родственник тверского князя Роман захватил его в Киеве и едва не уморил в заточении. Михаил принадлежал к пастве Алексея, но ничего не предпринял, чтобы вызволить духовного отца из злой неволи. Прошло время, и тверской князь поменялся местами с архиереем. Московские власти нарушили присягу (крестное целование) и арестовали тверского князя. Узника посадили «за приставы» на Гавшине дворе (Гаврила, или сокращенно Гавша, был старшим братом Кошки, родоначальника Романовых и Шереметевых). Тверских бояр также «всех поимаша и разно разведоша, и быша вси в нятьи и дръжаша их в истоме».
Алексей, связанный присягой, должен был немедленно заступиться за тверичей, но ничего не сделал. Московские власти надеялись, что в заключении тверской князь и его бояре одумаются и примут продиктованные им условия. Однако самочинные действия Москвы в отношении Твери не были санкционированы Ордой. В качестве высшей власти Орда разрешала конфликты между подручными русскими князьями, следуя старине. В Москве ждали со дня на день прибытия ханского посла Чарынка. Ввиду этого Михаила недолго держали в заточении. После освобождения Михаила из-под стражи с ним наскоро заключили «докончание» и отпустили в Тверь.