Сергий поселился в Софийском доме в трудный момент. В 1483 году новгородские бояре в последний раз исполнили свои обязанности в качестве правителей Новгорода. По поручению Ивана III они ездили в окрестности Нарвы и заключили мир с ливонцами. Едва наступила зима, Иван III приказал арестовать «больших бояр новгородскых и боярынь и казны их и села все велел отписати на себя, а им подавал поместья на Москве под городом». Со времени присоединения Новгорода Иван III не раз чинил расправу над местными боярами, обвинявшимися в измене и крамоле. Вновь принятые меры носили совсем иной характер. Преследованиям впервые подверглись бояре, выступавшие сторонниками Москвы и не повинные ни в какой измене. Лишь некоторые из опальных были обвинены в крамоле, но они попали в Москве не на поместья, а в тюрьму. В 1478 году новгородские бояре присягнули на верность великому князю, а тот гарантировал неприкосновенность их вотчин. Гарантом соглашения выступила церковь. Теперь Иван III провел конфискации, грубо нарушив законы, а архиепископ Сергий санкционировал его действия. Все это навлекло на его голову презрение новгородцев. Сергий провел в Новгороде менее года. Он не смог управлять епархией по причине начавшегося психического расстройства. В Москве много толковали о том, что новгородцы «ум отняша у него волшебством». Сергию стали являться новгородкие святые, резко обличавшие его безумное дерзновение, поставление на святительское место при живом епископе. На владыку нашло «изумление», и на время он лишился дара речи. В своем послании от 26 июня 1484 года Сергий утверждал, что покидает кафедру «за немощью». Вернувшись в Троицкий монастырь, «немощный» Сергий пришел в себя и прожил еще двадцать лет.
На новгородское архиепископство Иван III распорядился поставить чудовского архимандрита Геннадия Гонзова. Во-первых, он был решительным и сильным человеком. Во-вторых, архимандрит поддержал Ивана III в споре с митрополитом об освещении церквей. В-третьих, Гонзов оказался самым богатым из претендентов и по случаю своего избрания поднес великому князю наибольшую сумму денег, в которых тот всегда нуждался. По словам осведомленного ростовского летописца, чудовский архимандрит получил архиепископство за мзду, «а дал от того (за назначение. — Р.С.) две тысячи рублев князю великому».
Геннадий оказался в Новгороде в столь же трудном и щекотливом положении, как и его предшественник Сергий. Древнейший русский город переживал одну из самых трагических страниц своей истории. Московские власти, чтобы покончить с республиканскими порядками, организовали самые крупные выселения новгородцев из пределов Новгородской земли. После записи о торговой казни еретиков зимой 1487–1488 годов летописец записал: «Тое же зимы посла князь великии, и привели из Новгорода боле седми тысячу житих людей на Москву». Новгородский архиепископ не только не заботился о своей пастве и не использовал старинное право печалования за опальных, но всеми мерами поддерживал беззаконные действия властей.
В 1488 году наместниками в Новгороде были бояре Яков и Юрий Захарьины, притеснявшие и грабившие население. Новгородцы обратились с жалобой на них в Москву. Тогда «наместники и волостели», желая оправдаться перед Иваном III, объявили, что новгородцы покушаются на их жизнь — «рекши, их думали убити». Под предлогом заговора Иван III «многих пересечи веле на Москве, что думали Юрия Захарыча убити». Одновременно начался вывод многих тысяч коренных новгородцев — мелких феодальных землевладельцев — за пределы Новгорода.
Архиепископ помог великокняжеским наместникам подвергнуть верхи новгородского общества форменному разгрому, а наместники столь же деятельно помогли Геннадию расправиться с его врагами — новгородскими вольнодумцами, не желавшими признать авторитет московского ставленника и несколько лет осыпавшими его язвительными насмешками. Мнимые еретики открыто изобличали владыку в том, что он купил себе место. Геннадию пришлось оправдываться и опровергать их слова, будто он «принял имением (за мзду. — Р.С.) сан святительский».