К «плебейской» части духовенства никак нельзя отнести Гавриила — протопопа Софийского собора в Новгороде или Захара — влиятельного старца псковского монастыря. Помимо Алексея, Дениса и Гавриила Иосиф Волоцкий называет в числе главных еретиков Григория Тучина, «его же отець бяше в Новегороде велику власть имеа». Сын новгородского посадника Тучин принадлежал к верхам новгородского боярства. И Алексей с Денисом, и Тучин выступали сторонниками Москвы. Лояльность Алексея и Дениса по отношению к великокняжеской власти открыла перед ними двери кремлевских соборов.
Духовное развитие России уже тогда было неотделимо от общеевропейского культурного развития. Византийская христианская культура приобщила Россию к античному наследию. Когда Западная Европа встала на путь Возрождения, Русь не осталась в стороне от общего движения. Флорентийская уния, хотя и отвергнутая русскими властями, способствовала обмену идей между православным и католическим миром. Новгород был затронут новыми веяниями раньше других русских земель. Этому благоприятствовала оживленная торговля с германскими ганзейскими городами, тесные связи с Литвой и Польшей. Вольнодумство стало характерной чертой духовной жизни Новгородской феодальной республики. Традиции вольнодумства не исчезли и с падением ее независимости.
Москва шла по тому же пути, что и Новгород, хотя и с некоторым запозданием. Ее сближение с Западом было неизбежным следствием расширения торговых и дипломатических связей, а также династических браков в великокняжеской семье. Вторая жена Ивана III Софья Палеолог явилась в Москву в окружении итальянцев. Грандиозные строительные работы в Кремле, осуществленные под руководством итальянских архитекторов, знакомили русских с новой техникой и культурой.
Влияние «латинства» на русскую церковь проявлялось не только в возникновении ересей, но и в поведении воинствующих церковников. Новгородский архиепископ Геннадий пришел в восторг, познакомившись с практикой святейшей инквизиции. С нескрываемым одобрением владыка писал об испанском короле, учредившем святую инквизицию: с ее помощью «тот деи король очистил свою землю от ересей жидовских», так что «хвала того шпанского короля пошла по многим землям по латынской вере». Православных ортодоксов привлекало в «латинстве» совсем не то, что вольнодумцев.
В Москве ересь возникла как под влиянием новгородских еретиков, так и вследствие усилившегося общения с Западом. Полагают, что различия между московской и новгородской ересью были велики. По мнению А. А. Зимина, московский кружок еретиков был связан с феодальной знатью и играл реакционную роль. Я. С. Лурье пришел к иному выводу. В его глазах столичный кружок отражал идеологию передовых слоев дворянства.
Оценка взглядов новгородских и московских еретиков затруднена тем, что судить о них приходится преимущественно на основании сочинений их гонителей, в словах которых трудно отличить клевету от истины. Последователь Геннадия Иосиф Санин старался представить еретиков членами секты единомышленников. На самом деле на процессах 1488–1490 годов были собраны люди, придерживавшиеся различных взглядов. Общее обвинение в ереси служило для судей всего лишь средством для расправы с ними.
Московский кружок еретиков отличался по своему составу от новгородского. Но едва ли можно согласиться с Я. С. Лурье, что первый в отличие от второго был светским. В составленном Саниным перечне еретиков Новгорода по крайней мере треть — светские лица, среди них боярин Г. Тучин, Гридя Клочь, Лаврет, Мишук Собака, Юрка Долгова, Евдоким Люлиш, Самсонка, Васюк Сухой. В свою очередь, весьма видную роль в московском кружке еретиков играли протопоп Алексей и поп Денис, перебравшиеся из Новгорода в столицу. По словам Санина, к числу еретиков принадлежал новый глава церкви Зосима. Судьба новгородских и московских еретиков после процесса 1490 года была неодинакова, но это зависело не от различия в их идеологических позициях.
Московские власти не доверяли крамольному Новгороду, что и помогло архиепископу Геннадию обрушить гонения на местных вольнодумцев. В Москве ему удалось разделаться с Денисом — выходцем из Новгорода. Спасаясь от преследований, еретик Ивашка Черный — переписчик книг — бежал за рубеж вместе с московским купцом Зубовым. Таким образом, среди москвичей пострадала лишь мелкая сошка. Служба великому князю надежно укрыла от преследований церкви прочих москвичей — близкого к Ивану III дьяка Федора Курицына, сына боярского Митю Коноплева и других. Ересь свила себе гнездо при дворе наследника Ивана Ивановича. Жена наследника, по утверждению ортодоксов, сама исповедовала еретические взгляду. Иван Иванович в 1488–1490 годах еще был жив, так что всякие попытки привлечения к суду московских еретиков грозили бросить тень на великокняжескую семью. Своими действиями Иван III не раз давал повод ортодоксам обвинить его в попустительстве еретикам. Аналогичные обвинения были предъявлены митрополиту Зосиме.