Среди святителей XV века Зосима был одной из колоритнейших фигур. Он выступил как провозвестник нарождавшегося самодержавия. В «Изложении пасхалии», написанном после собора 1490 года, Зосима сравнивал самодержца Ивана III с другим столпом православия — византийским императором Константином и обосновывал мысль о том, что Москва превратилась в новый Константинополь. (Позднее эта идея легла в основу знаменитой теории «Москва — третий Рим».) Прославил бог царя Константина, писал Зосима, а теперь «сродника его, иже в православии просиавшего, благоверного и христолюбивого великого князя Ивана Васильевича, государя и самодержца всея Руси, нового царя Констянтина новому граду Констянтину (Константинополю. — Р.С.) — Москве…»
В Новгороде в ереси были обвинены лица, деятельно выступавшие на стороне Москвы. В Москве вольнодумцы и еретики выступали как апологеты грядущего самодержавия. Готовя суд над еретиками, Геннадий представил собору пыточные речи, компрометировавшие дьяка Курицына и других москвичей. Зосима не допустил суда над дьяком и другими московскими еретиками, за что вскоре сам подвергся подлинной травле.
Нифонт, епископ Суздальский, занял самую непримиримую позицию по отношению к еретикам. Именно поэтому собор 1490 года постановил послать в заточение к нему главного еретика Захария. После собора Иосиф Санин обратился к своему единомышленнику Нифонту с крайне резким обличительным посланием против Зосимы. Монастырь Санина находился в Волоколамске, на территории удельного княжества, и был подведомствен новгородскому владыке Геннадию. Поэтому Иосиф не опасался кары со стороны Ивана III и московского митрополита. Послание Иосифа показывает, что разногласия в церковном руководстве достигли после собора неслыханной остроты.
Иосиф без обиняков объявил Нифонту, что ныне на московском святом престоле сидит «злобесный волк», «первый отступник в светителях в нашей земли», «иже сына божия попра и пречистую богородицю похули… и икону господа нашего Иисуса Христа и пречистыа его матере… болваны нарицая… и всех святых писаниа отмеще: „Нет, деи, втораго пришествиа Христова, нет деи, царства небеснаго святым! Умер, деи, ин, что умер, — по та места и был“». Слова о «втором пришествии» позволяют точно датировать речь Зосимы. Православные богословы утверждали, что мир, сотворенный богом в семь дней, погибнет через семь тысяч лет, после чего настанет второе пришествие Христово.
Зосима занял митрополию 26 сентября 1490 года, когда до светопреставления оставалось менее года. По мере приближения 7000 года (этот год должен был начаться 1 сентября 1491 года) ожидания надвигающейся катастрофы усилились. Среди общей экзальтации, поддерживаемой проповедями монахов и пророчествами кликуш, здравый смысл сохраняли одни вольнодумцы. В присутствии Алексея архиепископ Геннадий рассуждал, что будет с миром («прейдут три лета, кончается седмая тысяща»). Вольнодумец заметил на это: «И мы, деи, тогды будем надобны». Еретики отвергали миф о «втором пришествии» и не сомневались, что народ обратится к ним, когда увидит их правоту. Алексей не дожил до семитысячного года, но его пророчество сбылось. Описывая смятение умов в 1491–1492 годах, Иосиф Санин больше всего сетовал на то, что православные ищут ответа на одолевшие их сомнения у еретиков. «Ныне же, — писал Санин, — и в домех, и на путех, и на торжъщих иноци и мирьстии и вси сомняться, вси о вере пытают, и не от пророков… но от еретиков… и от проклятых на соборе, от Протопоповых (протопопа Алексея. — Р.С.) и его зятя и от их учеников… и от самого того сатанина сосуда и дияволова митрополита, не выходят и спят у него». Суд над новгородскими еретиками скомпрометировал кремлевского протопопа Алексея и его свояка священника Максима. Ревнители православия требовали жестокого наказания для всех, кто служит с еретиками в церкви, пьет и ест с ними.