Филофей убеждал всех русских князей оказывать почтение и послушание митрополиту Алексею как представителю патриаршей власти, заместителю самого патриарха, «отцу и учителю душ». Одновременно глава вселенской церкви решительно осудил нападения Литвы на Москву, а князей, помогавших литовцам, заклеймил как нарушителей божественных заповедей.
Особую грамоту патриарх направил русским князьям, помогавшим литовцам и отлученным Алексеем за это от церкви. Филофей подтверждал законность деяний Алексея и заявлял, что проклятые князья лишь тогда получат патриаршее прощение, когда примут участие в войне с «огнепоклонниками».
Митрополит Алексей добился триумфа, но он оказался недолгим. В ответ на обращение патриарха Ольгерд в обширном послании изложил свою версию русско-литовской войны. Причиной войны он выставил захват московским князем городов Ржева, Великих Лук, Калуги, Мценска, будто бы принадлежавших Литве. Митрополита Алексея Ольгерд обвинил в вероломстве. «И при отцах наших, — писал он, — не бывало таких митрополитов, каков сей митрополит, благословляет московитян на пролитие крови…» В заключение Ольгерд требовал образования особой литовской митрополии, в которую входили бы Киев, Смоленск, Тверь, Малая Русь, Новосиль, Нижний Новгород. Свои требования литовский князь подкреплял указаниями на неправду московского князя: его шурин Михаил Тверской был схвачен в Москве, у зятя князя Бориса отобрано Нижегородское княжество, другой зять князь Иван Новосильский подвергся нападению в Новосили. Все названные города следовало, по мнению Ольгерда, подчинить литовскому архиерею, чтобы оградить от произвола московского митрополита.
Вслед за литовскими послами в Константинополь явились послы из Твери, подавшие жалобу на Алексея. Жалоба возымела действие. Патриарх уведомил митрополита Алексея о предстоящем суде в Константинополе и предлагал ему либо самому приехать в Константинополь, либо прислать на суд своих бояр.
В качестве гонца патриарха на Русь выехал Иоанн Докиан. В 1372 году патриарх Филофей обратился с новыми грамотами к Алексею и русским князьям. Передать их на Русь должен был монах Аввакум, присланный в Константинополь митрополитом Алексеем. В новых грамотах глава вселенской церкви просил Алексея не доводить дело до суда, а помириться с тверским князем Михаилом, наладить дружеские отношения с Ольгердом, чтобы предпринять путешествие в литовские православные епископства. Аналогичные грамоты, адресованные в Тверь, пересланы были в Москву с тем, чтобы Иоанн Докиан мог получить у Алексея толмача и отправиться в Тверь.
Филофей был человеком незаурядным и пытался противодействовать кризису, подтачивавшему могущество и влияние вселенской православной церкви. Под натиском мусульман Византийская империя лишилась своих прежних владений в Азии. Обширные церковные епархии попали под власть иноверцев, вследствие чего возросло значение славянских православных государств на Балканах и в Восточной Европе. Однако в 1370-х годах нарушились связи Константинополя с церквами Сербии и Болгарии. На Руси дело осложнялось тем, что ее западные земли оказались под властью отчасти языческой Литвы, отчасти католической Польши.
Князь Ольгерд был женат на христианке православного вероисповедания. Почти все его сыновья приняли православие. Сам он отличался веротерпимостью и крестился в неизвестное время. Однако в качестве христианина Ольгерд не мог получить великокняжескую корону. Опорой власти великих князей литовских оставалось языческое население Литвы, не желавшее расставаться с верой предков. В письме на Русь Филофей без обиняков называл Ольгерда князем-огнепоклонником. Он всеми силами противился образованию литовской митрополии, не желая отдать православное население западнорусских земель под власть князя-язычника.
Политика Филофея в отношении Руси определялась интересами вселенской церкви, а также целями имперской политики Византии. Русь с ее многочисленным населением и богатыми городами была для Византии желанным союзником. Но реальные выгоды из этого союза можно было извлечь лишь в том случае, если бы русским князьям удалось покончить с междоусобными войнами и избавиться от ига Золотой Орды.
Единомышленником Филофея и проводником его политики был болгарский иеромонах Киприан, которому суждено было сыграть особую роль в истории русской церкви. Киприан происходил из боярского рода Цамвлаков и провел немалое время в монастыре на Афоне — центре православного просвещения. Вероятно, тогда он и сблизился с патриархом Филофеем, возглавлявшим афонскую лавру святого Афанасия. В церковных кругах Киприан заслужил хорошую репутацию. В постановлении константинопольского собора значилось, что Киприана отличали добродетель и благочестие, способность хорошо пользоваться обстоятельствами и разумно устраивать дела.