После присоединения Новгорода дума должна была решить, как распоряжаться конфискованными землями. В дележе желали участвовать не одни братья Ивана III — Андрей и Борис, но и великие бояре, руководившие войной с Новгородом, а затем возглавившие управление Новгородской землей. Бояре проявили редкое усердие при выселении местных землевладельцев, а затем сделали все, чтобы воспользоваться плодами проведенных земельных конфискаций.
Власти отвергли домогательства удельных князей Андрея и Бориса, но образовали в пределах Новгородской земли удельное княжество для князя Федора Бельского, отъехавшего на Русь из Литвы. В 1482 году Бельский получил «городок Демон [в] вотчину да Мореву со многими волостьми». Не многим меньшие владения достались двоюродному брату Ивана III боярину князю И. Ю. Патрикееву и его сыну Василию. Обширные земли получил его зять слуга С. И. Ряполовский, новгородские наместники Захарьины и другие члены Боярской думы. Фактически члены думы и высшие воеводы разделили между собой лучшие новгородские земли. При этом имели место различные виды пожалований: от вотчин (полной собственности) и поместий (держание земли на условиях службы) до кормлений (право на сбор дохода с подвластного населения). Если бы ведущим боярским семьям удалось сохранить новгородские владения, это привело бы к невиданному усилению могущества московской аристократии. Однако этого не произошло.
Отказавшись от традиционного способа раздела завоеванных земель между боярами, власти приступили к организации поместной системы землевладения. Почти все бояре (Бельский, Патрикеевы, Ряполовский) утратили новгородские владения. Освободившиеся земли стали поступать в поместную раздачу. Служилый помещик зависел от монарха больше, чем боярин-вотчинник. Он владел поместьем, пока исправно нес службу в пользу государя. Среди помещиков можно было встретить знатных лиц, но в большинстве это были рядовые дети боярские — измельчавшие московские вотчинники. Организация поместной системы привела к перераспределению земель внутри российского феодального сословия. Наибольший выигрыш при этом получала не высшая московская аристократия, а казна и нарождавшееся дворянство. Казна сохранила право верховного собственника всех поместных земель. Она отбирала и вновь жаловала поместья, облагала их податями и натуральными повинностями. В распоряжение центральной власти поступали огромные материальные ресурсы. Началась перестройка управления на основах единодержавия. Организация поместного ополчения упрочила военную опору монархии.
Новый курс противоречил вековым обычаям и традициям. Он наносил ущерб материальным интересам боярского руководства, а потому неизбежно должен был вызвать резкие разногласия в думе. Следствием явилась казнь Ряполовского и заточение в монастырь Патрикеевых. Падение старого боярского руководства ускорило реорганизацию всей военно-служилой системы государства. Перед измельчавшими землевладельцами — московскими дворянами (так называли слуг — вольных и невольных — из состава великокняжеского двора) и детьми боярскими открылись перспективы неслыханного обогащения.
В 1499 году Иван III пожаловал Новгородскую землю сыну Василию, тем самым выведя ее из-под управления московской Боярской думы. Все больше служилых людей претендовали на новгородские поместные дачи, и правительству пришлось провести новые конфискации. На этот раз казна наложила руку на владения новгородской церкви. Наиболее точно все эти меры описал псковский летописец: «В лето 7007-го. Пожаловал князь великий сына своего, нарек государем Новугороду и Пскову… Генваря поймал князь великой в Новегороде вотчины церковные и роздал детем боярским в поместье, монастырские и церковные, по благословению Симона митрополита». В 1479 году Софийский дом потерял почти половину владений, а спустя двадцать лет у него отобрали еще половину из оставшихся земель. Из монастырей в том году пострадали лишь шесть самых крупных. Через двадцать лет конфискация коснулась нескольких десятков монастырей. От второй конфискации казна получила значительно больше монастырских сел, чем от первой.