За время боярского правления старые сподвижники Василия III исчезли с политической сцены один за другим. Макарий принадлежал к немногим уцелевшим деятелям старой формации. После пожара Москвы его влияние на дела управления заметно усилилось. Отправляясь под Казань в конце 1547 года, Иван IV поручил брату Владимиру Андреевичу и боярам «ведать» Москву, приказав им о всех своих делах «приходити к Макарью митрополиту». Пять лет спустя, в дни нового казанского похода, московскую семибоярщину возглавил глухонемой князь Юрий — единоутробный брат царя. Вверив князя Юрия попечению митрополита, власти (от имени Ивана IV) наказали ему: «…елико тебе бог даст, во всем беречи царство… брата же нашего на благодарные дела поучай; такожда, господине, и жену мою царицу Анастасию, не праздну сущу, духовне во все побереги». Функции главы церкви были весьма обширны: от вразумления бояр до надзора за беременной царицей.
Вскоре же царь Иван под влиянием Макария и ближайших советников приступил к «церковному устроению». В феврале 1551 года во дворце собрались высшие духовные чины и царь передал им «свое рукописание» — заранее подготовленные вопросы. Иван сидел «на царском своем престоле, молчанию глубокому устроившуся», пока дьяки зачитывали его речь. Инициаторы реформ намеревались соединить земское устроение с «многоразличным церковным исправлением», чтобы подкрепить начавшиеся преобразования авторитетом церкви. «Рукописание» начиналось с символа веры — прославления Троицы и покаяния царя в прегрешениях юности. Но далее авторы царской речи обвинили бояр и вельмож в том, что они «дерзнули поймать и скончать братию отца» — удельных князей Юрия и Андрея, после чего, «улучаше себе время», завладели всем царством самовластно и затеяли междоусобицы. Среди бумаг собора сохранилось несколько царских речей. Подготовлены они были, вероятно, в разное время, но имели одну общую идею. Составившие их реформаторы критиковали тех, кто был у власти до них, и возлагали на них ответственность за то, что многое в государстве «поизшаталося» после смерти Василия III: «…ослобно дело и небрегомо божиих заповедей, что творилося», теперь же настало время исправить все «нестроения».
Священный собор, созванный Макарием по поводу обращения царя, изложил свои решения в ста пунктах (главах), отчего и получил наименование «Стоглавого собора». На Стоглаве дьяки зачитывали царские вопросы о церковных непорядках, после чего Макарий от имени духовенства указывал на средства их исправления. Можно было бы предположить, что митрополичья канцелярия сама составляла вопросы, а заодно и давала ответы на них. Но это не так. Нетрудно заметить, что в вопросах проглядывали нетерпение и резкость, тогда как ответы Макария отличались умеренностью и осторожностью.
«Угодна ли богу раздача церковных и монастырских денег в рост?» — спрашивал царь. Знать и дворяне часто занимали деньги у богатых монастырей, и процент приносил старцам немалый доход. Кабальные долги нередко вынуждали землевладельцев рассчитываться с монахами вотчинами, а иногда (при правителях-боярах) и поместьями. Ответ Макария не затрагивал этой главной стороны ростовщических операций церкви. Глава церкви объявил лишь о запрете инокам давать деньги в рост «по своим селам своим крестьянам».