Составителями царских вопросов были, по-видимому, ближайшие советники Ивана — придворный священник Сильвестр и Алексей Адашев. Сильвестр много лет был священником в Новгороде до того, как перебрался в Москву. Не по этой ли причине вопросы пестрят намеками на жизнь Новгородско-Псковской епархии, в них есть также упоминание об «арбуях в чюди» (обитателях одной из новгородских пятин). Автор вопросов с похвалой упомянул, что у Софии в Новгороде и у Троицы в Пскове «троицу поют, а не речью говорят».
Заседания собора заняли сравнительно мало времени, тогда как круг рассмотренных им вопросов оказался непомерно велик. Как видно документы собора были заготовлены заранее и по большей части утверждены без обсуждения. Исключение составляли наиболее важные моменты, связанные с землевладением и доходами церкви. Известно, что в этом случае власти, добиваясь нужного им решения, сочли возможным затребовать письменное мнение у духовных лиц, не приглашенных Макарием на собор.
Стоглавый собор принял множество важных постановлений, которые должны были способствовать развитию просвещения, расцвету церковной живописи, водворению в стране благочестия, искоренению нищеты и пороков. Образование на Руси почти всецело находилось в руках духовенства, но даже многие священники были малограмотными. В вопросах собору Иван IV вскользь заметил, что «ученики учатся грамоте небрегомо». Отвечая царю, Макарий заметил, что прежде в государстве было много училищ и «грамоте гораздых было много», а ныне спрашиваешь попов, «почему мало умеют грамоте, и они ответы чинят: „Мы, де, учимся у своих отцов или у своих мастеров, а инде, де, нам учитися негде, колько отцы наши и мастеры умеют, по тому и нас учат“». «А отцы их и мастеры, — заключил свою речь митрополит, — потому же мало умеют и силы в божественном писании не знают, да учится им негде». Домашнее образование давно стало предметом критики в Москве и Новгороде. Новгородский архиепископ Геннадий, воевавший с новгородцами при Иване III, красочно описал экзамен, устроенный им грамотеям, претендовавшим на место священника: «Вот приводят ко мне мужика: я приказываю ему читать апостол, а он и ступить не умеет, приказываю ему дать псалтирь, а он и по ней едва бредет. Я отказываю ему, а на меня жалобы: земля, де, такова, не может добыть, кто бы умел грамоте. Вот и обругал всю землю, будто нет человека на земле, кого бы ставить в священство».
В Новгороде грамотность была распространена шире, чем в других землях, так что Геннадий имел повод для иронии по поводу незадачливых претендентов в попы. Особое возмущение владыки вызывало то, что невежи, став священниками, плохо учат учеников и к тому же берут с них непомерную плату: «Мужики-невежи учат ребят грамоте и только портят, а между тем за учение вечерни принеси мастеру кашу да гривну денег, за утреню то же или и больше, за часы особо… а отойдет от мастера и ничего не умеет, едва-едва бредет по книге и церковного порядка вовсе не знает». Мастерами нередко были бродячие учителя, дававшие платные уроки на дому — более двух гривен за обучение утренней службе и вечере. Это довольно много, если учесть, что денежные платежи новгородского крестьянина исчислялись семью деньгами в год, помимо натуры. Кроме денег мастер получал дневную пищу — кашу, которая составляла основу питания русского человека. Выражение «жить в одной каше» означало иметь общий стол.
Члены Стоглавого собора были согласны с тем, что домашнее образование, при котором дети учились либо у родителей, либо у нанятого учителя, не дает возможности подготовить просвещенных священнослужителей. Ни реформаторы из царского окружения, ни Макарий не помышляли о выделении средств на организацию казенных училищ. Священники, занятые обучением детей, и без того получали ругу — плату от казны. Задача, по мнению собора, заключалась в том, чтобы заменить домашние школы с родителями или нанятыми мастерами в роли учителей правильно организованными церковными училищами. Для этой цели было решено избрать «добрых духовных священников и дияконов и дияков женатых», которые «грамоте чести и пети и писати гораздивы», и учинить у них в домах училища книжные, куда бы все люди могли отдавать своих детей «на учение грамоте». Программа училищ всецело подчинялась практическим нуждам. Проповеди и толкования слова божия не были чужды русской церковной традиции. По крайней мере два раза в год — по случаю наступления Нового года — 1 сентября и в праздник Иоанна Предтечи — 24 июня — владыки выступали с проповедью в своих соборных церквах. Они говорили народу о любви к ближним, о прекращении вражды и раздоров. Среди священников нередко встречались люди, одаренные талантом красноречия, необходимого для проповедника. Но по общему правилу православная служба не требовала от священника особого красноречия. Ежедневная служба сводилась к повторению священных текстов и молитв. Их либо читали по книге, либо пели. Учитель являлся перед учениками с книгой в одной руке и с розгой — в другой. Используя их, учитель должен был научить ученика читать вслух или петь нужные тексты. Начинали обучение по азбуке или букварю, после чего брались за псалтырь и евангелие. Успехи учеников при такой системе обучения были не слишком велики. Предполагалось, что училища должны удовлетворить потребность общества в грамотных людях. Дальнейшее образование они получали в ходе практической работы, попадая в приказные канцелярии и монастырские книжные мастерские.