Отдельно собор рассмотрел вопрос о переписке священных книг. Всем писцам собор рекомендовал писать книги «с добрых переводов», а потом тщательно править их, чтобы не допускать искажений и ошибок при копировании священных текстов. Иконописцам следовало строго следовать старым образцам, «како греческие иконописцы писали и как писал Андрей Рублев». Рекомендации писать наподобие Рублева были вполне благонамеренными. Однако практическая польза от них была невелика.
Начавшаяся после Стоглава борьба за Казань, а затем Ливонию поглотила все силы и средства государства, что поставило под вопрос выполнение обширных программ, намеченных собором.
Деятельность Стоглавого собора была направлена на то, чтобы упрочить нравственное влияние церкви на общество. Для этого духовному сословию предстояло очистить себя от всякой скверны. В глазах инициаторов собора наибольшего порицания заслуживало белое духовенство — городские и сельские священники, жизнь которых немногим отличалась от жизни низших сословий города и деревни. Их царь обличал в значительно более резких выражениях, чем монахов. «Попы и церковные причетники, — говорил Иван IV, — в церкви всегда пьяны и без страха стоят и бранятся, и всякие речи неподобные всегда исходят из уст их».
Средства, которые руководители церкви намеревались использовать для исправления нравов низшего духовенства, были характерны для учеников Иосифа Санина. Иерархи церкви уповали на спасительные административные меры — систему надзора и наказаний. Собор предписал протопопам, поповским старостам и десятским «дозирати почасту» за богослужением в церквах, неутомимо доносить на попов, которые «учнут жити в слабости и в лености и во пьянстве», поощрять тех, кто будет жить «в чистоте и покаянии» с женами. Священникам надлежало стоять в церкви «со страхом и трепетом», читать священные книги, молиться о царском здравии, слушаться «искусных, добрых и житием непорочных» протопопов. Протопопам, старостам и десятским вменялось в обязанность следить за перепиской священных книг, чтобы в них не закрались еретические искажения.
Следствием вековой раздробленности Руси явилось то, что церковные обряды утратили единообразие в разных землях и княжествах. Великий Новгород и Псков по уровню церковного образования стояли выше других земель и допускали меньше отступлений от византийских образцов. Будучи архиепископом в Новгороде, Макарий в «Великих Четиях» ясно высказался за трегубую аллилуйю. В постановлении Стоглава значилось, что в Новгороде и Пскове по многим монастырям и церквам «до днесь говорили трегубую аллилую». Когда же Макарий стал московским митрополитом, ему пришлось отказаться от новгородской старины в пользу московской. Под страхом проклятия Стоглав запретил «трегубую аллилую» и троеперстное знамение и ввел по всей стране двоеперстие вместе с «сугубой аллилуей». Если бы Макарий принялся искоренять троеперстие с такой же нетерпимостью, с какой Никон ополчился на двоеперстие сто лет спустя, церковная смута была бы неизбежна. К счастью для церкви, и митрополит Макарий, и могущественный временщик — бывший новгородец Сильвестр проявили достаточную долю равнодушия к тому, что касалось внешней обрядности. Стоглавый собор осудил продажу церковных должностей, вымогательство и взятки в церковной среде. Епископам предписывалось поставлять игуменов «не по мзде», также и «в попы и во дияконы ставити безо мзды, даже и до самого ключаря и прочих причетников».
Православная церковь всегда терпимо относилась к юродивым. Исключение составляли бесноватые и трясуны, которых собор осудил как лживых пророков. Мужики, и жены, и девки, и старые бабы, значилось в постановлении собора, «наги и босы и волосы отрастив и распустя, трясутся и убиваются», а велят христианам «в среду и в пятницу ручного дела не делать».