Крайнюю нетерпимость «отцы церкви» проявляли в отношении народных празднеств и обрядов, в которых они усматривали грех язычества. Собор решительно осудил всякого рода «бесовские» игрища и скоморошьи представления. Грехом были признаны стрижка бороды, мытье в бане мужчин с женщинами, игра в единственную известную тогда азартную игру («зернь»), всякого рода колдовство. К числу греховных занятий были отнесены шахматы, широко распространенные на Руси, игра на всевозможных музыкальных инструментах. Осуждалось общение с иностранцами, в особенности подражание их «злым обычаям».
Исключительное внимание Стоглав уделил монастырям и монашеству. Царь обвинял черное духовенство в неблагочинии, но в более сдержанной манере, чем белое духовенство. Не ставя под сомнение благочестие монашества в целом, Иван заявил, что «неции» из чернецов стригутся в монахи не для спасения души, а «покоя ради телеснаго, чтобы всегда бражничать». Собор признал, что пьянство наносит наибольший ущерб монастырскому благочестию, и ради искоренения греха запретил монастырям держать у себя «пьянственное питие, сиречь хмельное и вино горячее», а монахов призвал довольствоваться всевозможными квасами. Исключение было сделано лишь для редких в России заморских «фрязских» вин. Их можно было держать в обителях, но пить только «во славу божию, а не во пиянство». Запрет не распространялся на Троице-Сергиев монастырь, чтобы не отпугнуть многочисленных паломников, посещавших это чудотворное место. Среди иноков послабления допускались в отношении знатных постриженников, пребывающих «в немощах или при старости». Причины послаблений объяснялись довольно откровенно: князья и бояре «стрыгутся в великих монастырях» и «дают вкупы (вклады) великие, села и вотчины». Написать указ против бражничества было нетрудно, значительно труднее оказалось провести его в жизнь. Хорошо известна история игумена Трифона — строителя первого в Вятской земле монастыря. Когда Трифон запретил стол с вином по кельям, монахи выразили крайнее негодование, стали запирать игумена под замок, бить, а потом и вовсе выгнали из обители.
Стоглавый собор принял ряд решений в целях исправления монашеской жизни. Наложен был запрет на совместное проживание монахов и монахинь в одном монастыре. Инокам не велено было жить в миру, бродяжничать и собирать деньги.
Проповедь милосердия занимала особое место в системе христианских взглядов. Веками пастыри церкви внушали пастве сочувствие к страждущим, нищим, убогим, больным, престарелым людям — словом, к изгоям общества. Чтобы представить, какую роль играла благотворительность в средние века, надо иметь в виду, что для девяти десятых людей того времени все их заботы и труды были сосредоточены на том, чтобы прокормить себя и своих ближних. За 10–12 лет, составлявших солнечный цикл, один-два были неурожайными и сопровождались голодом. Каждое поколение, по крайней мере раз в жизни, переживало страшный голод, сопровождавшийся массовой гибелью людей. В критические моменты благотворительность со стороны частных лиц, монастырей и казны приобретала исключительное значение. В условиях голода пустынники-нестяжатели усердно возносили молитву к господу о прекращении бедствия и помогали народу, чем могли. Богатые монастыри оказывались в лучшем положении, чем пустынники, поскольку располагали средствами для оказания помощи голодающим. Иосиф Санин в одном из своих посланий отметил, что в обычные годы его монастырь тратит на прокормление нищих и странников ежегодно до 150 рублей (сумму по тем временам неслыханную), а хлеба раздает по 3 тысячи четвертей. Из «Жития Иосифа Санина» узнаем, что при большом неурожае в монастырь за подаянием обращалось до 7 тысяч жителей окрестных сел. Не имея возможности спасти от голодной смерти своих детей, некоторые родители подбрасывали их к монастырским воротам. Монахи забирали подкидышей, а взрослым раздавали по хлебцу. В Кирилло-Белозерском монастыре в годы голода кормилось до нового урожая до 600 голодающих ежедневно.
Монастырская благотворительность считалась частным делом. Но рядом с ней в XVI веке существовала казенная благотворительность. Следуя христианским идеалам, государство пыталось организовать помощь нищим, престарелым и больным в городах. Как следует из царских вопросов собору, власти рассылали по городам милостыню или «корм годовой», включавший хлеб, соль, деньги и одежду. Корм раздавали нуждавшимся через особые «богадельные избы», во главе которых стояли приказчики. Помимо сумм, поступавших из приказов, богадельни получали пожертвования от «христолюбцев». В вопросах собору Иван IV пенял на то, что «милостыня» расходуется не по назначению. Из-за нечестности приказчиков помощь получают «малобольные» горожане с женами, тогда как подлинно больные, калеки («клосные») и престарелые по-прежнему терпят «глад, мраз и наготу», не имеют где преклонить голову, и умирают на улице «в недозоре», без покаяния и причастия, что является грехом.