Царские вопросы собору отразили тревогу властей по поводу «оскудения» дворянства и чрезмерного обогащения монашествующей братии. Царь и его советники помнили об опыте Ивана III и не прочь были отобрать земли у московских монастырей, чтобы обеспечить поместьями феодальное сословие. Светские землевладельцы — от бояр до уездных детей боярских — с жадностью взирали на земельные богатства духовенства. Пополнение поместного фонда за счет цветущих церковных земель отвечало интересам не только рядовых помещиков, но и знати, получавшей высшие поместные оклады. В период реформ середины XVI века правительство приступило к переустройству всей военно-служилой системы на новых основах. Имея в виду непрекращавшийся рост монастырских богатств, власти с неодобрением отмечали, что монастыри берут вклады от мирян — «вотчинные села и прикупы, а иные вотчины собою покупают в монастыри, а иные угодий… (от царя из казны. — Р.С.) припрашивают и поимали много ко всем монастырям». Описав в таких выражениях беззастенчивое обогащение монахов, авторы вопросов спрашивали: почему монастыри пустеют «от небрежения», «строения в монастырях никоторого не прибыло и старое опустело, где те прибыли и кто тем корыстуется?» С явным осуждением они говорили о том, что «чернцы по селам живут (что нарушало давние советы митрополита Киприана. — Р.С.) да в городе тяжутся о землях, достойно ли это?»
Реформаторы рассчитывали, что Макарий и иерархи осудят «неисправления» монахов и «небрежение» монастырей, что и позволит властям перевести дело на практическую почву. Однако члены собора не стали распространяться о «небрежении монахов» и дали четкий ответ на вопрос, заключенный в речи царя лишь в виде намека. Земель, постановил собор, «никто же их [не] может от церкви божии восхитить или отъяти, или при дати, или отдати». Митрополичья канцелярия поспешила приобщить к постановлениям собора обширнейшую подборку документов, доказывавших неприкосновенность церковных имений. Тут были и подложный «Константинов дар», и послания русских святителей, и многое другое.
Не добившись успеха, «суемудреные» советники Ивана IV постарались заручиться поддержкой заволжских старцев. Далекие северные пустыни, основанные Нилом Сорским, издавна были оплотом нестяжателей. Наибольшей славой среди них пользовался при Иване Грозном старец Артемий Пустынник из Порфирьевой пустыни. В ответ на запрос из Москвы старец написал послание царю «на собор». Уже будучи под судом, Артемий, обвиненный в ереси, пытался очиститься от наветов осифлян. С этой целью он писал царю: «Все ныне съгласно враждуют, будтось аз говорил и писал тобе села отнимати у монастырей… а от того мню, государь, что аз тобе писал на собор, извещая разум свой, а не говаривал есми им о том, ни тобе не советую нужению и властию творити что таково». Артемий не отрицал того, что обсуждал с учениками переустройство монашеской жизни на новых основах, «чтобы нам жити своим рукоделием и у мирских не просити». Однако на соборе, по утверждению старца, он не упоминал о том, чтобы отбирать села у монастырей «нужением» — насильственными мерами.
Доводы Артемия помогли властям преодолеть сопротивление митрополита и священного собора. 1 мая 1551 года по царскому приговору Макарий и собор утвердили закон об ограничении церковного землевладения. Прежде всего церковь лишилась всех земель и доходов, приобретенных в период боярского правления. Закон воспрещал духовенству впредь покупать вотчины «без доклада» — специального разрешения царя. Возврату в казну подлежали все поместные и «черные» земли, которые из-за долгов или «насильством» владыки или монастыри отняли у прежних владельцев. Все указанные ограничения распространялись исключительно на епископские и монастырские земли. Митрополичьи земли и доходы были сохранены в неприкосновенности.