Дед вскоре умер. После его смерти Кедаранатх посетил в Ориссе все матхи и записал свои впечатления. В 1859-ом году он стал работать учителем в Каттаке и первым ввёл изучение английского языка в школах Ориссы. В 1860-ом его назначили на должность директора школы в Бхадре, и он переехал туда. В это время он написал книгу под названием «Матхи Ориссы», опубликованную в 1860-ом. В конце этого года ему предложили должность учителя в Миднапуре и он дал согласие. Проживая в Миднапуре, ему пришлось энергично сражаться против сахаджиев, представителей искажённого учения так называемых вайшнавов, которые провозгласили себя преданными Махапрабху, но проповедовали дьявольскую доктрину, абсолютно противоположную Его учению. Он также отвергал Брахма Дхарму, проповедуемую Рамамоханом Раем и другими, которые не верили в Шри Чайтанью и в индийские шастры и проповедовали против принципов испытанной веками Санатана дхармы.
В 1866-ом Бхактивинода Тхакура, как его стали звать в то время, назначили на пост заместителя секретаря в суде Чапара с полномочиями судьи и начальника налоговой службы. В 1868-ом его назначили судьей в Данджапуре, но вскоре перевели в Пури. Представитель английского правительства в Пури был весьма впечатлён знаниями, религиозностью и административными способностями Бхактивинода. Он вменил ему в ответственность присматривать от имени правительства за управлением храмом Джаганнатхи. Усилиями Бхактивинода в храме было устранено много преступной халатности, улучшено служением Божествам и строго отрегулировано время предложения Божествам бхоги.
Бхактивинода также попросили провести расследование по" делу могущественного йога Вишакишена, который объявил себя инкарнацией Махавишну, снизошедшей на землю, чтобы свергнуть английское правительство и установить в Индии монархию, возведя на трон индийского царя. Йог наводил на всех ужас, поскольку обладал мистическими силами, с помощью которых насылал на человека страдания, если тот не принимал его как инкарнацию и не вел себя соответствующим образом. Однако у него было много последователей, потому что он мог также излечивать болезни и без труда влиять на неграмотных и простосердечных людей. Задача по обузданию бесчинствующей «инкарнации» была не из простых. Бхактивинод Тхакур провёл расследования и, обнаружив вину йога во многих преступлениях, включая сексуальные домогательства, провёл в джунглях неподалёку от Бхуванешвара его задержание, подключив инспектора полиции и отряд в сотню вооружённых полицейских. Когда йога посадили в тюрьму, он воспользовался своими мистическими силами и наслал тяжёлую болезнь на Кадамбани, вторую по возрасту дочь Бхактивинода Тхакура, а в день объявление приговора вызвал мучительную боль в груди у него самого, чтобы судья не смог прийти в суд. Но судья Бхактивинод Тхакур оставался твёрд в своём решении, поскольку обладал непоколебим верой во всемилостивого Господа, всегда защищающего своих преданных. Милостью Господа, Кадамбини осталась невредима и, когда Бхактивинод Тхакур с острой болью в груди всё-таки пошёл в суд и объявил приговор, то также излечился. Бишакишену приговорили к полутора годам строгого тюремного заключения. Его сообщники, выставляющие себя за Брахму и Шиву, также были наказаны подобным образом. Бишакишена умер в тюрьме.
После пятилетнего служения на английское правительство в Пури Бхативинода Тхакура назначали на соответствующие должности в разные районы Бенгалии. В 1878-ом году его перевели работать в Нараил. В этом месте он принял инициацию от потомка Шри Вамши Ваданананда Госвами, который в такой степени наслаждался доверительным расположением Махапрабху, что Он после того, как принял санньясу, попросил его присматривать за Своей матерью и женой. Бхактивинод Тхакур принадлежал к парампаре от Джахнави Деви, жены Нитьянанды. Позднее он принял своим шикша-гуру Джаганнатха Даса Бабаджи.
В 1887-ом Бхактивинод Тхакур устроил так, что его перевели в Шрингар. В ту пору он занялся поисками места рождения Шри Чайтаньи Махапрабху. Это место находилось под вопросом, вследствие изменения русла Г'анги. В соответствии со свидетельствами старых книг, описывающих рождение Шри Чайтаньи, оно находилось на западном берегу Ганги. Но не поддавалось определению, где был в те далёкие времена запад реки, а где восток. В конце концов, у Бхактивинода Тхакура случилось видение, в котором он увидел, на какой стороне родился Махапрабху. Он написал в автобиографии, что однажды в десять часов утра увидел на противоположном берегу Ганги в северном направлении огромный дворец, залитый светом. Он подтвердил с помощью исследования древних манускриптов и карт Надии, что в явленном ему направлении находился старый Маяпур, место рождения Шри Чайтаньи.