Священники сохранили свою сословность и привилегированное положение среди угнанного в Вавилонию населения Иудеи после разрушения Первого Храма и прекращения ритуала жертвоприношений. С возвращением изгнанников священники и левиты активно участвовали в отстройке стен Иерусалима, руководили восстановлением Храма и еще до завершения работ приступили к выполнению культовых обязанностей, а затем торжественно отпраздновали его освящение (Ездр 3. 1-6, 8-13; Неем 3, 1, 17, 22, 28; 12. 27-44). Первым первосвященником в отстроенном Храме был Иисус сын Иоседека (Иешуа бен Иехоцадак), сподвижник Заровавеля, возглавлявший, видимо, вместе с ним возвращение в Иудею (Неем 12. 1). При восстановлении Храма после вавилонского плена садокитам удалось утвердить ведущую, главенствующую роль ааронитского священства (Ездра) и выделить его полностью из среды священства левитского. Среди департированных левитов, которые устроили святилище в месте Касифья при этом не было серьезной склонности к репатриации. Ездра поставляет 12 начальников над всеми священниками: Шеревию, Хашафию и их братьев (Ездр 8. 15 слл.).
К выполнению сакральной части храмовой службы допускались со времен Ездры лишь те, кто мог доказать свое происхождение от рода Аарона (Ездр 2. 61-62); из других членов колена Леви были писцы, привратники и прочие служители Храма. Многие требования и постановления Священнического кодекса оказались невыполнимыми из-за утраты существенных принадлежностей культа, делавших святость осязаемой (Ковчег Завета, херувимы, масло помазания, урим и туммим и т. п.), другие же были переосмыслены в ходе их интерпретации и согласования с различными частями Пятикнижия. Произошли также изменения в социально-экономическом положении священников и левитов. Число священнослужителей достигло нескольких тысяч и составило десятую часть всего населения Иудеи. Подобно другим жителям страны большинство их жили вне Иерусалима и, поскольку приношений не хватало на пропитание, видимо, добывали средства существования сельскохозяйственным трудом (Неем 11. 3; 13. 10). В этих условиях была проведена реформа, в результате которой храмовая служба была распределена между всеми священниками и левитами.
Каждый священник принадлежал к одной из 24-х «черед служения» (мишмерет; 1 Пар 24. 4-18), выполнявших в течение двух недель в году жреческие функции в иерусалимском Храме. Чреда выпадала по жребию ___ ( 1 Пар 25. 8). В праздники, когда в Иерусалим сходились паломники, в Храме служили все «череды» одновременно. Разделение жрецов на «череды» упоминается в Талмуде как мера эпохи Второго Храма (приписывается царю Давиду в 1 Пар 24. 3-4, что является следствием тенденции летописца приписывать установление служения в Храме Давиду).
В эллинистическо-римскую эпоху священники становятся высшим классом страны, первосвященник — фактическим главой Иудеи, а государственно-административный аппарат формируется в основном из священников. Выдающиеся духовные вожди народа также выдвигаются из священнической среды. Храм становится государственным институтом Иудеи, и многие историки того времени рассматривают евреев как народ священников (или как управляемый священниками). Вплоть до прихода Хасмонеев к власти первосвященник из рода Садокидов вместе со старейшинами официально представлял народ Иудеи перед эллинистическим монархом. На первосвященнике лежала ответственность за храмовую службу, за сбор налогов, за безопасность и даже за водоснабжение Иерусалима. Однако первосвященнические семьи не были едины в своих религиозно-политических взглядах: некоторые из них продолжали линию Ездры и Неемии, тогда как другие возглавили движение за эллинизацию. В эпоху Второго Храма в иерархии появляется должность С-ган хакоханим, или просто с-ган (___) — помощник первосвященника, его наместник. Престиж священников подорвало тяготение некоторых членов священнического сословия к эллинизаторской политике Антиоха IV Эпифана. То что он присвоил себе право назначать первосвященников (впервые в иудейской истории), воспринималось широкими массами населения страны как святотатство. В интригах же и подкупе, которыми неправомочные члены первосвященнической семьи добивались назначения на этот пост, народ усматривал попрание освященной традицией закона наследования сана кохен гадол. Все это стало причиной кровопролитных стычек (Иосиф Флавий. Иуд. древн. 12. 237-240; 15-41). С восстановлением национальной независимости при Хасмонеях священники достигли вершины своего могущества: первосвященник из рода Хасмонеев становится царем независимого еврейского государства. Однако усиление официального политического могущества священников сопровождается постепенной утратой ими монополии на духовное руководство народом: начинается процесс возвышения законоучителей — фарисеев, составлявших оппозицию саддукеям, которых возглавляли наиболее видные священники. С восшествием на престол Ирода I впервые за всю эпоху Второго Храма власть над страной оказалась не в руках священников. Ирод своевольно назначал первосвященника, отменив обычай пожизненности этой должности. Статус первосвященника оставался высок, однако его исключительная роль была сведена к службе в Йом-Киппур, которую, согласно Галахе, мог отправлять только он. После смерти Ирода I право назначения первосвященника забрали в свои руки римские прокураторы. Когда в последние годы существования Второго Храма это право вновь перешло к царям из династии Ирода, они назначали первосвященника из среды наиболее родовитых, влиятельных и богатых священнических семей (например, из родов Боэтос, Фиаби и Ханан). Согласно Талмуду, некоторые первосвященники покупали свою должность у властей и сменялись каждый год (Иома 8б; Иев. 61а). Поскольку священник, побывав однажды первосвященником, занимал особо почетное положение, сложилась своего рода олигархия первосвященнических семейств, зачастую состоявших в родстве друг с другом, и располагавших огромным богатством. Между этой жреческой олигархией, покровительствуемой римскими властями, и рядовыми членами жреческого сословия, рассеянными по всей стране и нередко принадлежавшими к секте фарисеев или к зилотам, существовал постоянный идеологический и социально-экономический конфликт.