По това време беше препоръчано осъществяването на една идея в Републиката, за която самият Леонардо бе говорил с Макиавели в Имола: за да отслабят Пиза и да я превърнат отново във флорентинско владение, трябваше да се отбие река Арно, така че да бъде плавателна от Флоренция до Тиренско море, без да минава през територията на Пиза. Идея, която Макиавели сметна за несъмнено гениална, макар и твърде амбициозна. Древните римляни са били в състояние да отклоняват течението на реките, което наред с други неща е представлявало истинско предизвикателство за класическия свят. Леонардо бе изследвал системата от шлюзове, използвани в канализацията на Милано, и чувстваше, че е на необходимата висота, за да се заеме със задачата. Но в крайна сметка не беше ангажиран пряко в строителните работи, поверени на други и ограничени до защитна канализация по границата между двете територии. Недобре изпълненият, макар и по-лек, проект доведе до катастрофално наводнение, нанесло много повече щети на флорентинците, отколкото на жителите на Пиза.
На 18 август същата година почина папата. Както се очакваше, от болки в стомаха. Седмица по-рано беше отишъл със сина си Чезаре на вечеря при кардинал Да Корнето. След вечерята всички се почувствали зле, включително и Валентино, но само баща му почина. Дизентерия? Малария? Отрова? Беше факт, че въоръжените войници на фамилиите Колона и Орсини сега плячкосваха имотите на Борджиите. Херцогът на Романя беше болен. Новият папа, Пиколомини, приел, естествено, името Пий III, почина на свой ред два месеца по-късно, а следващият – Джулиано дела Ровере, който щеше да се възкачи на престола с името Юлий II, щеше да се окаже най-големият враг на Борджиите. Валентино бе арестуван два пъти, втория път от испанците, които накрая го отведоха в Медина дел Кампо, за да изгние в затвора. Девизът му беше „Или Чезаре, или нищо“, но се злословеше, че се бе случило и едното, и другото. Неговата Романя се разпадна след по-малко от година. В Урбино се върна Гуидобалдо, а в Римини – Пандолфо Малатеста, който после предаде града на венецианците. Държава, която се роди и умря, преди да навърши три години.
На 28 декември почина и Пиеро деи Медичи – флорентинският кондотиер, с когото Леонардо се беше запознал в Милано и комуто бе останал приятел до онази последна среща в Южна Тоскана. Беше се удавил в река Гариляно, докато отстъпвал под натиска на испанците на Гонсало де Кордоба. С надеждата, че бързо ще стигне до Гаета, бе натоварил оръжия на една лека лодка, която се преобърнала под прекомерната тежест. Трупът му беше погребан в абатството „Касино“.
От Борджиите във Ферара оставаше Лукреция, тя на свой ред давеше семейните неприятности в живот, изпълнен с извънмерни страсти. Говореше се, че била любовница на Пиетро Бембо, след това на Франчес ко Гонзага – съпруга на Изабела д’Есте. Поне така маркизата, която сега имаше за какво друго да мисли, окончателно бе спряла да тормози Леонардо заради онзи благословен портрет в профил.
Леонардо все още обмисляше да замине за Милано, ала след смъртта на Пиеро деи Медичи, която го освобождаваше от всякакво подозрение за сътрудничество, най-накрая имаше новини от Републиката. Един ден при него дойде Агостино Веспучи от името на Николо Макиавели, комуто беше близък сътрудник във флорентинската канцелария. Агостино му предаде, че секретарят, с когото се бе запознал в Урбино, планувал за него нов художествен проект, който се изразяваше в това да нарисува битката при Ангиари – една победа на Флоренция над Милано през 1440 година – върху огромната източна стена на Залата на Великия съвет в Палацо Векио. Отново фреска, но темата за битката го провокираше: това бе най-подходящата възможност да се опита да приложи всички нови знания, както си беше мислил в Арецо, докато разглеждаше фреските на Пиеро. Макар и в плен на вълнението, той прие.
През януари, тъй като скулптурата „Давид“ на Микеланджело бе готова, Леонардо стана част от комисията, натоварена да определи местоположението ѝ. Повечето предлагаха да бъде пред входа на двореца на Синьорията – нов символ на Републиката, която бе прогонила гиганта Медичи и бележеше напредък, горда от себе си. Леонардо беше от онези, които искаха статуята да се постави в близката Лоджия, под предлог да я предпази от неблагоприятните атмосферни влияния, всъщност с намерението да я скрие от обществото. Не толкова за да си отмъсти за дързостта на скулптора спрямо него, а защото не приемаше идеологическите мотиви, на които колосът бе израз: прогонването на фамилията Медичи според него не беше довело до големи предимства за Флоренция. Но понеже щеше да бъде изложена на такова видимо място, той също така упорстваше и настояваше, и този път наистина напук, че трябва да се покрият поне гениталиите с размери, доста под нормалните, за да бъдат защитени флорентинските синьори, които можеха с право да възнегодуват. И успя: гениталиите на Давид бяха покрити с венец от листа от позлатена мед.