В своих мемуарах Черток утверждает: «Советское руководство интересовалось прежде всего немецкими достижениями в области авиационных и ракетных двигателей. Что же касается самого ракетостроения, оно выглядело для военных инстанций скорее делом будущего, чем-то пока оторванным от практики». Впервые о «ФАУ-2» Черток узнал в 1944 году, когда Красная армия вошла в Польшу и были обнаружены остатки новой ракеты с покинутой испытательной базы. Именно тогда он начал убеждать свое руководство о важности сбора информации по этой теме, будучи пораженным тем, что немцы сумели создать мощный ракетный двигатель на жидком топливе, который мог превысить скорость звука и действовать как снаряд для бомбардировки целей союзников.
В Пенемюнде советским специалистам предстал только скелет полигона — немцы уничтожили все оборудование. Но оставались нетронутыми бункеры, дороги и тщательно разработанная сеть силовых и сигнальных кабелей. На упоминавшийся выше завод «Миттельверк» Черток попал в середине июня 1945 года и увидел, что американцы успешно вывезли самые ценные частично собранные «ФАУ-2» и огромное количество компонентов ракеты. Он посетил концлагерь Дора, в котором жили работавшие на конвейерных линиях «Миттельверке» пленные. Один бывший заключенный лагеря вызвал у Чертока восторг, предложив ему гироскоп с ракеты «ФАУ-2», который он спрятал и хранил много месяцев. Местный немецкий инженер сообщил Чертоку, что сборочные линии действовали до последних дней войны и производили 35 снарядов в день. Он сказал также, что американцы вывезли основную часть ракет, но полагал, что русские смогут раскопать кое-что среди оставшихся обломков и мусора и восстановить около 20 ракет. Черток вместе со своей командой поселился на принадлежавшей фон Брауну вилле Франк неподалеку от Бляйхроде. Его поразило богатство этого дома: большие комнаты, мраморная лестница и картины в золоченых рамах.
В работе над реконструкцией системы управления полетом «ФАУ-2» главной проблемой для советских спецслужб было отсутствие специалистов. Главные действующие лица немецкой ракетной программы в Пенемюнде (Дорнбергер и фон Браун) сдались американцам вместе с тоннами ценной документации. Советской стороне из высокопоставленных сотрудников команды фон Брауна достался лишь Гельмут Греттруп, руководивший лабораторией систем управления и телеметрии. Он не захотел присоединиться к бывшему шефу и сдаваться американцам, предпочтя в сентябре 1945 года перейти в организованный советскими спецслужбами институт РАБЕ в Бляйхроде. Он сделал этот выбор, в немалой степени руководствуясь материальными стимулами и перспективой остаться в Германии — именно это обещали ему советские спецслужбы. Кроме того, в этом институте стали работать специалист по аэродинамике Вернер Альбринг, инженер-конструктор Йозеф Бласс, специалист по управлению и наведению Йоханнес Хох, специалист по гироскопам Курт Магнус, химик по жидкому топливу Франц Матес.
Институт РАБЕ работал в атмосфере секретности — немецкие инженеры и ученые продолжали жить в своих квартирах, но ходили на работу под неусыпным присмотром НКВД. Однако близость зоны оккупации союзников создавала большие проблемы. Американцы не оставляли надежд переманить специалистов из советской оккупационной зоны. По свидетельству будущего председателя КГБ Ивана Серова, который в 1946 году был членом Специального комитета по реактивной технике при Совете министров СССР, одного из руководителей РАБЕ специалиста по фамилии Коерман пытались завербовать американцы, подсев в кафе. Однако Коерман не захотел работать с бывшими эсэсовцами под заокеанским патронатом и сообщил о попытке вербовки в НКВД.
Постоянный прессинг со стороны американской разведки вынудил советское руководство принять в октябре 1946 года решение о вывозе немецких ученых, их семей и оборудования секретных лабораторий в СССР. По разным оценкам, принудительной эвакуации в СССР подверглись от 2 до 6 тысяч человек — специалистов в области авиации, ядерной энергетики, ракетостроения, электроники, радиолокации и членов их семей. Ингрид Греттруп, жена главного немецкого специалиста, доставшегося Советскому Союзу, отмечала в своих мемуарах, что была удручена тем, что ей пришлось жить в СССР. Вот что она пишет: «Их улыбки были, как всегда, дружескими. В самом деле, они даже кое-что пообещали: квартиру, намного большую и лучше обставленную, чем наша, жизнь без каких-либо ограничений, жизнь в прекрасном городе среди великих людей. Единственное, чего они не обещали, это что мы увидим свою родину снова…»