Приготовления к нападению достигли пика интенсивности. Футида назначил на 6 ноября генеральную репетицию с проведением отрабатываемого налета на Перл-Харбор всеми возможными способами. В учениях участвовали шесть авианосцев и 350 самолетов, которые должны были подняться с палуб в 200 милях от кораблей-«мишеней».
Когда наступило время отплытия атакующего флота, для сокрытия этого факта от японских граждан были приняты тщательно продуманные меры, Чтобы исчезновение такого количества самолетов не бросилось в глаза, на расположенные у побережья авиационные базы поступили приказы проводить интенсивные полеты, а береговым частям было предписано отпускать как можно больше военнослужащих в увольнение, чтобы «синих курток» на улицах не стало меньше. Флот шел при полном радиомолчании. По мере его удаления количество сообщений и инструкций из Японии увеличивалось, но так как уже две недели намеренно осуществлялось интенсивное передвижение японских военных кораблей, особого оживления в эфире заметно не было. Все должно было создавать впечатление, что не происходит ничего необычного.
Днем 17 ноября Ямамото поднялся со своим штабом на борт флагмана адмирала Нагумо «Акаги», стоявшего на якоре в бухте Саэки, чтобы пожелать командирам оперативного соединения удачи. Речь Ямамото не была стандартной в таких случаях «накачкой» для поднятия духа. Адмирал сурово сказал, что, хотя они и рассчитывают на внезапность, каждый должен быть готов к «сильному отпору американцев». Затем группу провожающих провели в кают-компанию, где в серьезной, торжественной, даже немного мрачной атмосфере прошел прощальный обед. Однако тут Ямамото открыл присутствующим свои истинные чувства, сказав: «Я ожидаю, что операция окажется успешной». По сложившемуся ритуалу командующий адмирал обычно просто выражал надежду на успех предстоящей миссии. Теперь же вместо символического «сурумэ», означающего «надежда», офицеры услышали «катигури» — «победа» и, чрезвычайно воодушевленные уверенностью своего главнокомандующего, под крики «Банзай!» подняли бокалы за грядущее сражение во славу императора.
С наступлением ночи «Акаги» погасил огни и вышел в море в молчаливой компании двух эсминцев. Подобным же образом покидали гавани вверх и вниз по побережью другие группы кораблей, одни из них шли вдоль берегов, другие — в ста милях от берега. Всего соединение должно было включать 31 корабль — шесть авианосцев, два линкора, два тяжелых крейсера, один легкий, три подводных лодки, девять эсминцев и восемь неповоротливых танкеров. Последним покинул свою базу авианосец «Кага», вынужденный задержаться в Сасебо из-за ремонта.
Местом встречи была назначена Хитокаппу-Бей— мрачная, скалистая, покрытая дымкой бухта на Итурупе, одном из Курильских островов, названных так из-за их постоянно дымящихся, «курящих» вулканов. Итуруп лежит почти в тысяче миль к северу от Токио, в глухом регионе, где совершенно отсутствовало судоходство, и поэтому являлся идеальным местом для укрытия, сродни тем, которыми любили пользоваться пираты. Отсюда в предрассветных сумерках, в среду 26 ноября, окутанные туманом, словно корабли-призраки, суда громадного оперативного соединения, снявшись с якорей, двинулись в свой поход.
Успеху всего предприятия способствовал и обманный маневр, проделанный «Татута Мару», который 2 декабря отправился из Йокогамы в рейс. Этот пассажирский лайнер — один из трех, которым было позволено курсировать между Японией и Америкой имел своей официальной и вполне благовидной миссией обмен американцами, уезжающими с Востока, и японцами, покидающими США, что широко освещалось американской прессой. «Татута Мару» должен был прибыть в США 14 декабря, и в полученном нью-йоркской «Таймс» от ее корреспондента из Токио сообщении 3 декабря начавшийся рейс рассматривался как «залог того, что за это время ничего не случится». После событий 7 декабря лайнер развернулся и лег на обратный курс в Японию.
На седьмой день пути соединения инструкции, полученные по радио из Токио, разрешили одну из многочисленных терзавших Нагумо тревог: это было 1 декабря — дата к востоку от демаркационной линии суточного времени (или 2 декабря в Японии, тот день, когда «Татута Мару» отправился в свой ложный рейс) — радиограмма гласила: «Поднимайтесь на гору Ниитака». Эта фраза несла зашифрованное сообщение, что переговоры закончились неудачей и что война теперь неизбежна. Впервые была дана точная дата нападения: 7 декабря.
Флот как раз проходил опасные воды к северу от американской базы на атолле Мидуэй. Общее напряжение не ослабевало, так как вероятность того, что их заметит американский корабль или самолет, была очень велика. Все же японской армаде удалось избежать обнаружения, что было воспринято командами с таким облегчением и эмоциональным подъемом, что состояние тревожного ожидания сменилось боевым пылом. Тем временем послу Номуре и чрезвычайному посланнику Сабуро Курусу было предписано продолжать в Вашингтоне мирные переговоры.