Точка зрения Маленкова была одобрена Сталиным, и в октябре-ноябре 1944 г. он приступил к формированию аппарата Особого комитета при Совнаркоме, главою которого Маленков был назначен. Заместителем себе он взял кандидата в члены Политбюро Вознесенского, председателя Госплана; особоуполномоченным для Германии назначили Сабурова, в будущем одного из заместителей Сталина на председательском посту в Совете министров. Основные кадры аппарата были взяты из работников Экономического отдела ЦК ВКП(б), куда они все были подобраны самим же Маленковым. Первоначально операции в Германии предполагалось проводить силами армии, но Хрулев, заведовавший тыловыми войсками, ответил категорическим отказом, сославшись на отсутствие в армии необходимых кадров. Тогда Маленков предложил всем наркоматам и вообще учреждениям, заинтересованным в получении из Германии тех или иных материалов, присылать в Особый комитет специальных уполномоченных с надлежащим штатом помощников. Таковых набралась целая армия, общим числом несколько тысяч человек, которые и набросились на Германию, как только были перейдены ее границы. Среди уполномоченных имелись и представители Академии наук, музеев, библиотек, Архивного управления и т. д.
В соответствии с директивами Маленкова работа этой армии уполномоченных с самого начала носила характер варварского ограбления оккупированной территории, которое вызывало тем большее озлобление населения Германии, чем яснее была его часто явная бессмысленность. Масса ценностей бесцельно гибла. Проводить такую политику можно было только заранее отказавшись от желания привлечь на свою сторону хотя бы какую-то часть населения. Еще важнее была и другая сторона отрицательных результатов этой политики: она вносила разложение в ряды советской армии. С этим фактом приходилось серьезно считаться.
Первое большое наступление советских армий на германской территории, так называемое январское наступление на Одере, не дало тех результатов, которых от него ожидали (оно должно было завершиться взятием Берлина). Несмотря на обилие сосредоточенных войск и артиллерии, наступление было сорвано, т. к. дух армии быстро разложился. Расследование установило, что многие части не выполняли боевых приказов, так как и солдаты, и командный состав принимались за насилия и грабежи. Оголтелая анти-немецкая пропаганда, шедшая под эренбурговским лозунгом «Убей немца!», оказывала весьма пагубное влияние на дух армии. Было признано поэтому необходимым внести существенные поправки в общую установку политической пропаганды. И в апреле 1945 г. начальник Управления пропаганды и агитации Александров опубликовал в «Правде» статью против И. Эренбурга и его вульгарной антигерманской травли.
Однако антинемецкая пропаганда опиралась на те же самые политические посылки, которые лежали в основе всей политики Маленкова в отношении Германии. Вокруг этой политики, как и вокруг всей деятельности маленковского Особого комитета, началась ожесточенная борьба, затянувшаяся до конца лета. Активную роль в ней сыграл Микоян, который составил меморандум о необходимости «политику экономического разоружения Германии», заменить «политикой хозяйственного освоения Германии». Основная идея этого меморандума Микояна состояла в возможности длительного периода советской оккупации Восточной Германии и вытекающей отсюда необходимости найти политический и психологический контакт с группами — немецкого населения. Конечно, и Микоян не отказывался от выкачивания репараций, но он настаивал на внесении системы в это дело, был против бесцельных разрушений и за выработку определенного плана репараций. В качестве конкретной меры Микоян предлагал централизацию всей работы уполномоченных и постановку ее под контроль наркомвнешторга (во главе которого стоял Микоян).
Эти конкретные выводы Микояна, преследовавшие ведомственные интересы, поддержки в Политбюро не получили: против них создался блок других членов Политбюро, которые имели в Германии своих уполномоченных и были заинтересованы в бесконтрольности их работы. Но общие мысли Микояна были одобрены. Маленков потерпел поражение, болезненность которого обострялась обнаружившимся в этот момент фактом «измены» Вознесенского.