После размещения голландцев на Тайване Ост-Индская компания заверила японцев, что их интересы не пострадают. Однако, укрепившись на острове и вступив в непосредственную связь с китайскими купцами, голландцы стали смотреть на японцев как на конкурентов.
В 1627 году голландский губернатор Питер Нуйтс, сославшись на инструкцию из Батавии, потребовал, чтобы японские поселенцы платили налоги. У тех, кто отказался это делать, были конфискованы товары, после чего Нуйтс потребовал от японского правительства запретить его подданным торговать на Тайване, а судам заходить туда.
Япония сочла эти действия нарушением своих прав и направила на Тайвань отряд кораблей под командованием губернатора Нагасаки Суэцугу Хэйдзо. Прибыв летом 1627 года в Зеландию, он потребовал восстановить свободу торговли и вернуть конфискованное имущество. Японский командующий напомнил Нуйтсу, что права Ост-Индской компании никогда не нарушались японцами, и потребовал соблюдения взятых на себя обязательств. Однако Колониальный совет Тайваня не захотел уступать. В ответ Суэцугу Хэйдзо решил пойти на обострение конфликта. Покидая Зеландию, он захватил с собой 16 туземных старейшин из деревни Саккам во главе с вождем Рикка и инсценировал их обращение к императору Японии с «просьбой» принять Тайвань под свою власть.
Питер Нуйтс, узнав о действиях Суэцугу Хэйдзо, проявил исключительную дипломатическую активность. Прибыв в Японию, он подкупил должностных лиц, убедивших сёгуна («серого кардинала», стоявшего за троном) отказаться от подарка «дикарей».
Несмотря на отказ сёгуна от Тайваня, далеко не все в Нагасаки были согласны с такой позицией. Вероятно, именно поэтому имела место авантюра нагасакского самурая Ёхэй Хамады, вознамерившегося изгнать голландцев с Тайваня. Выдав себя и сопровождавших его людей за торговцев, он с отрядом в 470 воинов (среди них были и китайцы) высадился в апреле 1628 года в Зеландии. Прибыв на место, японцы начали антиголландскую агитацию среди островитян и китайцев. Узнав о планах Хамады, Питер Нуйтс вызвал его к себе и пообещал не трогать японцев, если те сдадут оружие. После отказа Хамады японцы были арестованы. Однако вскоре, опасаясь ограничений голландской торговли в Японии, Нуйтс согласился отпустить их в Китай. Но этот план сорвался из-за отказа китайских лодочников, сославшихся на указ правительства империи Мин, запрещавший японцам появляться в Китае. Тогда Нуйтс решил задержать Хамаду и его отряд до получения распоряжений от вышестоящего начальства.
Дальнейшие события разворачивались по всем канонам приключенческой литературы. Освободившись каким-то образом из-под стражи, Хамада 29 июня 1628 года с шестью помощниками проник в губернаторский дворец. Питера Нуйтса связали и пригрозили убить, если он не согласится с японскими условиями. Стража губернатора, пытавшаяся прийти ему на помощь, была обращена в бегство, а голландские артиллеристы не решались открыть огонь по губернаторскому дому, так как Хамада пригрозил, что в этом случае он пришлет им голову губернатора. В это время голландское командование узнало, что остальные спутники Хамады с помощью китайцев и небольшой группы туземцев готовятся атаковать Зеландию. В этих условиях голландцы вынуждены были принять японские требования. Шесть голландцев, включая сына губернатора, были отправлены в Японию в качестве заложников. А на Тайване в аналогичной роли были оставлены пять японцев.
Инцидент с Нуйтсом. Японская иллюстрация.
Арестованных голландцами китайцев и аборигенов стали освобождать, а их конфискованное имущество – возвращать. Кроме того, Хамада получил 11 184 таэлей серебром и примерно 7194 кг шелка. Однако сразу же после отъезда Хамады Питер Нуйтс нарушил достигнутую договоренность, приказав захватить два японских судна и арестовать их экипажи.
Опасаясь преследований голландских властей, находившиеся на Тайване японцы, так и не получившие свободы торговли, в июле 1628 года покинули остров. В ответ на эти враждебные действия в 1629 году Япония запретила торговлю с Нидерландами. Существовавшая с 1589 года голландская фактория на острове Хирадо была закрыта и частично разрушена самураями. Многих находившихся в Хирадо и Нагасаки голландцев арестовали. Доставленных Хамадой из Зеландии заложников посадили в тюрьму, где трое из них (в том числе Лоренс Нуйтс, сын Питера Нуйтса) умерли в конце 1631 года.