В пятьдесят седьмом году, по совету Арсения Грека, послал Никон весть соседним государям, чтобы пропустили они в Москву митрополита через свои земли. Самому же Лигариду через афонских паломников отписал: «Слышали мы о любомудрии твоем от монаха Арсения, что желаешь видеть нас, великого Государя, и мы тебя, как чадо наше по духу возлюбленное, с любовью принять хотим». Но пока Лигарид добирался в северную страну с подложными грамотами, устроенными в Молдавии архимандритом Леонтием, Никон тем временем сошел с кафедры.
Попутно, в чужом обозе, лишь на трех подводах с пятью слугами вошел Паисий Лигарид в престольную. Не зная русского языка, сразу же разнюхал дворцовые интриги и скоро умудрился, без особых усилий, уместиться в сердце Государя, в той части, коя была когда-то отдана Никону. Лигарид снял тяжесть с государевой души и, не мешкая, горячо всплакнув, попросил вступиться перед турками за свой бедный униженный народ, выплатить ежегодный откуп, чтобы нечестивые агаряне не обратили несчастных в свою турецкую веру. Откуда было ведать русскому царю, что Паисий Лигарид уже давно покинул на произвол судьбы свою митрополию, что лишен архиерейства Иерусалимским Патриархом Паисием? Государь велел выдать Лигариду восемьсот пятьдесят золотых червонцев да пожаловал кафтан камчатый смирной камки, да рясу суконную черную в белках, сверх того, гостю была жалована шуба соболья под камкою…
Прибыл Лигарид в Москву в феврале, а уже в августе окольничий Семен Лукич Сабуров, тот самый, что собачку свою научил креститься, составил тридцать вопросов по делу Никона и обратился к Лигариду газскому с просьбою дать на них письменные ответы, что гость и сделал с великой вольностью и надменностью, хотя в предисловии записок уверил Государя, что ради правды Божией он скорее умрет, нежели солжет. Лигарид оболгал опального Патриарха: «Никон не признает четырех Патриархов, а лишь папу, и значит, он настоящий папежник… Он уставы святые творит не во власти, гневно грозит, проклинает без всякой пощады, а тем более уж не пастырь, ибо как можно назвать пастырем того, который оставляет свои овцы и их делом прямым не пасет».
Так скиталец по верам с помощью царя стал судьею Патриарха и всей православной веры. И понял затворник Никон, уединяясь в башни Воскресенского монастыря, какую подколодную змею пригрел под сердцем, с такою лаской зазывая греков. Не случайно старыми людьми заповедано: хитер жид, но и его грек облукавит.
Приезд Лигарида был по душе боярам. Они помогали ему во всём. Вместе с новгородским митрополитом Питиримом и архиереем Павлом хитрый гость разъезжал по монастырям, поднимая монахов-чернецов против Никона. И решился он на самое подлое: отравить Патриарха. С этой целью в Новый Иерусалим он подослал чернеца Феодосия, тот, поплакав перед Никоном об «униженьи и нищете», был принят, обласкан и поселен в теплую келью. Через два месяца Феодосий в просвирное тесто накапал яду, после чего, отведав тех просвир, Никон четыре дня маялся животом. Если бы не его могучее здоровье, на тот свет бы ушел…
Лигарид готовил новые пасквили. Ему помогал боярин Роман Боборыкин. Перед смертью его богобоязненный отец подарил свои земли царю под Коломенский монастырь, а царь уже — Новому Иерусалиму. Боярин Роман решил возвратить их обратно себе, да Никон, разумеется, воспротивился этому. Новоиерусалимскому монастырю теперь из Монастырского приказа денег не давали, монахи себе и на пропитание сами доставали. Трудом да заботами. Боборыкин бывшие свои земли засеял рожью. Не спросясь засеял, по личному замыслу. Никон послал царю челобитную. Тот не ответил на его письмо. Тогда Никон вывел своих крестьян и монахов на поля и до колосков собрал весь урожай, вывез хлеб на монастырское подворье. Сверху пришла грамота: «всех монастырских крестьян, без ведома собравших хлебы князя Боборыкина, вызвать на суд московский…». Никон их не отпустил. Шестнадцатого июля в монастырь прибыл думной дьяк Алмаз Иванов со стрельцами да подьячими, привез царское письмо. Никону вновь предложили, чтобы он сделался другом князя Романа и пошел на мировую. Никон сказал, что боборыкинской земли у монастыря нет, а есть царем ему подаренная, и напрасно князь наговаривает на него, Патриарха. Государевы слуги отправились резать землю, нищить монастырь. Никон же созвал братию, прочитал громко жалованную грамоту царя на монастырские имения, а после положил ее под крест и образ Богородицы на аналое посреди храма и совершил молебен святому животворящему кресту. А по окончании молебна громогласно возвестил страшные слова из ста восьмого псалма: «да будут дни его малы, да будут сынове его серы, и жена его вдова, да будут чада его в погублении, и да потребится от земли память их…»