В это время нависла новая угроза над окраинами христианской Европы — нашествие зимой 1236-1237 гг. татаро-монголов, которых там называли просто татарами. Последние, разорив степи Южной России, 6 декабря 1240 г. захватили Киев и готовились к вторжению на Запад. Сообщение о татарском нашествии особых эмоций на Западе не вызвало. Только Фридрих II приказал своему сыну приостановить военную кампанию, которую тот вел в Италии против гвельфов, и отправиться в Пруссию, чтобы присоединиться к тевтонцам. Великий магистр Поппон фон Остерна подготовил крепости ордена к обороне и направился с группой рыцарей в Силезию, дабы присоединиться к герцогу Генриху Благочестивомуи князю польскому Болеславу. Битва между христианской коалицией и татарами произошла 9 апреля 1241 г. возле небольшого городка в Силезии (Легница). Христианские рыцари потерпели поражение, а Поппон фон Остерна был тяжело ранен в бою. Однако и татары понесли большие потери, что не позволило им развернуть наступление на запад, и отступили на русские земли, по пути совершив опустошительный набег на Венгрию. Из всего христианского мира только Фридрих II, вечно отлученный от Церкви и единственный правитель, осмелившийся поднять голос перед новой угрозой, нависшей над христианской Европой, тщетно призывал правителей Запада выступить против захватчиков.
Татарское нашествие отозвалось и в Пруссии, где, воспользовавшись уходом рыцарей, местное население восстало при поддержке князя восточной Померании (Померелии) Святополка. Множество крепостей ордена попало в руки пруссов, которые их разрушили, перед этим истребив всех защитников; только Торн, Эльбинг, Реден и Кульм еще оставались в руках тевтонцев. Множество имений было разграблено, их германские владельцы погибли в тяжких муках, тогда как местное население возвратилось к своим прежним языческим верованиям. Папа, как водится, призвал к крестовому походу против Померелии. Магистр ордена Дитрих фон Бернхейм во главе тевтонских рыцарей вместе с польскими князьями захватил померанскую крепость Сартовитзи (Зартавитза), затем крепость Накела. Святополк предпочел пойти на переговоры и запросил мира в 1242 г.: он обязался оставаться верным ордену и уступил крепость Сартовитзи. Эта передышка позволила тевтонцам вновь овладеть Пруссией «огнем и мечем». Два года спустя Святополк возобновил войну и при поддержке пруссов вторгся во владения ордена в Пруссии. Победы и поражения следовали одна за другой в течение почти четырех лет. В очередной раз в Германии призвали к крестовому походу, что вынудило Святополка предложить мир при посредничестве папского легата Жака де Кур-Палье — будущего папы Урбана IV. Князь Померелии торжественно поклялся 24 ноября 1248 г. отказаться от любого союза «с прусскими идолопоклонниками».
Этот договор был дополнен договором в Христбурге 7 февраля 1249 г., заключенным с прусскими правителями, где решался вопрос о правах и обязанностях народов, покоренных орденом, при условии, конечно, что они обратятся в христианство. Орден этим договором признавал за местным населением личные свободы при условии, что они останутся верными своей новой вере — христианству; они получали право приобретать земли и продавать их, передавать по наследству, правда, только прямым наследникам. При отсутствии таковых их имущество переходило ордену. Обращенное местное население пользовалось правовой защитой, имело право заключать таинство брака, становиться христианскими священниками и даже вступать в Тевтонский орден, если они были выходцами из местных землевладельцев. Все должны были в обязательном порядке отказаться от старых языческих обычаев (полигамия, кремация усопших, человеческие жертвоприношения, идолопоклонничество), строго соблюдать религиозные праздники и крестить новорожденных. Они также были обязаны платить ордену десятину, честно ему служить и не уклоняться от воинской повинности.