Дабы спасти Тевтонский орден, магистр эрцгерцог Евгений, считавший, что его положение как главы ордена может способствовать мнению, будто орден является владением Габсбургов, попросил у папы Пия XI в 1923 г. разрешения уйти в отставку. Папа, озабоченный тем, чтобы поддерживать хорошие отношения с государствами-преемниками, его отставку принял. Архиепископ, высланный в Базель с тех пор, как все Габсбурги были изгнаны из Австрии республиканским правительством, созвал генеральный капитул в Вене, дабы назначить коадъютора. По его просьбе избиратели остановили свой выбор на брате-священнике ордена Норберте Клейне, бывшем епископе Брунна (Брно), который был изгнан из своей епархии чехословацкими властями. Основной задачей коадъютора явилось стремление «приспособить» Тевтонский орден к новым геополитическим условиям, принимая в расчет настроения государств-преемников, на территории которых находились владения ордена. Дипломаты государств-преемников и представители Австрийской Республики приняли участие в обсуждении реальных связей между орденом и Габсбургами. В конечном счете точка зрения австрийских дипломатов, согласно которой Тевтонский орден был, в сущности, орденом религиозным, победила. Но Тевтонскому ордену пришлось столкнуться с нападками представителей Церкви. Папа Пий XI поручил своему прелату рассмотреть жалобы, выдвинутые против Тевтонского ордена. Некоторые утверждали, что Тевтонский орден должен подчиняться ордену госпитальеров, ставшему Мальтийским, что владения Тевтонского ордена должны быть переданы Мальтийскому ордену. Прелат встал на защиту Тевтонского ордена, но попросил орден считаться с новой ситуацией. Принятое генеральным капитулом новое правило было утверждено папой 27 ноября 1929 г.
Устав, принятый в 1929 г., коренным образом изменил характер деятельности ордена. Название «Орден тевтонских рыцарей» (Deutsche Ritterorden) должно было измениться; отныне члены ордена должны носить имя «Братья немецкого ордена Святой Марии Иерусалимской», но руководитель ордена носил титул магистра. Орден становился религиозным орденом со статусом, аналогичным статусу других религиозных орденов, независимых от епископов и светских властей в странах, относящихся к конкордату Единственная сохраненная привилегия ордена — рыцарская инвеститура. Магистр, избранный капитулом ордена, носил сан аббата. Папский престол сохранял право контроля за деятельностью ордена. На этот раз не император Австрии, а папа во имя государственных интересов навязывал решения Тевтонскому ордену, людям, которые не совершили недостойных поступков, хотя, угождая сильным мира сего, он отстранил от должностей многочисленных прелатов и руководителей религиозных конгрегации в государствах-преемниках под предлогом того, что они были назначены на эти должности во время империи. У Тевтонского ордена таким образом отобрали всю его былую славу.
На долю Тевтонского ордена выпало еще немало испытаний. Вскоре после «Аншлюса» и аннексии Австрии в пользу «Великой Германии» в марте 1938 г. орден подвергся жестоким репрессиям со стороны нацистских властей, которые видели в нем бастион легитимного «проГабсбургства». Магистру Роберту Шэльцки (1936-1948) пришлось встретиться лицом к лицу с новым режимом. Декретом от 6 сентября 1938 г. орден был распущен и его имущество конфисковано. Многие братья были арестованы и высланы, в том числе и магистр. После создания немецкого протектората в Богемии-Моравии в марте 1939 г. учреждения ордена, оказавшиеся на этой территории, ждала та же участь. Что касается членов ордена в Югославии и Тироле, их положение оставалось всегда шатким, их госпитали были реквизированы и переданы армиям стран Оси.
Превратности судьбы. В тот момент, когда национал-социалистическая Германия уничтожила Тевтонский орден, некоторые высокопоставленные нацистские бонзы, такие как Генрих Гиммлер, попытались использовать в своей идеологии символику тевтонских рыцарей, например, в официальных документах они часто ссылались на политику Тевтонского ордена на Востоке, оправдывая этим план «Барбаросса» и порабощение славянских народов. Гиммлер при организации СС использовал некоторые элементы, заимствованные у средневековых военных орденов, и видел, не сомневаемся в этом, в своем Черном ордене воплощение Ордена тевтонских рыцарей, но не обремененного идеалами христианства. Крепость Вевельсбург, которую Гиммлер хотел превратить штаб-квартиру СС, была построена по образу и подобию крепостей ордена в Пруссии. Но здесь и заканчиваются аналогии, так как тевтонские рыцари, верные Риму и Богу, преследовались нацистским режимом так же, как преследовались прусские аристократы, предки которых в XVI столетии, как правило, тевтонские рыцари, не перешли на сторону Реформы. Сегодня они оказались жертвами социальной революции, проведенной Адольфом Гитлером.