Реформа Цзонхавы применительно к религиозному образованию состояла в его систематизации. Сам Цзонхава приобрел свои энциклопедические познания исключительно благодаря обучению у наставников, принадлежавших к различным школам и традициям. В рамках основанной им школы Гелугпа он хотел создать такую образовательную систему, которая вобрала бы в себя и достижения прочих тибетских школ, и принципы обучения, разработанные в буддийских монастырях-университетах Индии. Его реформа затронула по большей части вопросы подготовки ученого монашества. По степени значимости на первое место Цзонхава поставил изучение индобуддийского канонического и постканонического наследия, сделав философский диспут главным инструментом оттачивания техники мышления, контроля знаний учащихся. Еще при жизни Цзонхавы его прямыми учениками были основаны три центральных монастыря-университета — Галдан, Сера и Брайбун; Галдан — в 1409 г. под непосредственным руководством Цзонхавы, Брайбун — в 1416 г. его учеником Чжамьян Чойдже (1379–1449), Сера — в 1419 г. Чамчен Чойдже Шакья Ешей (1354–1435). Четвертый прославленный монашеский университет школы Гелугпа — Ташилунпо — был построен в 1447 г., двадцать восемь лет спустя после смерти Цзонхавы. Его основатель Гедундуб (1391–1474) впоследствии, в XVII в., был ретроспективно идентифицирован в качестве первого Далай-ламы.
Эти четыре центральных университетских комплекса школы Гелугпа изначально предназначались на роль монашеских учебных заведений, где философскому диспуту и логике предполагалось уделять большое внимание. В каждом из них имелось несколько факультетов и специальных общежитий для студентов, приезжавших из отдаленных районов Тибета. Позднее, начиная с XVIII в., в стенах этих университетов появились и студенты из Монголии Обучение строилось в них по единой образовательной программе, включавшей пять обязательных дисциплин: 1) парчин (санскр. праджняпарамита) — тексты цикла Праджняпарамиты; 2) цадма (санскр-прамана) — эпистемология как учение об источниках истинного знания; 3) ума (санскр. мадхьямика) — философия Мадхьямики; 4) дулва (санскр. виная) — дисциплинарный кодекс Винаи; 5) нгондзод (санскр. абхидхармакоша) — «Абхидхармакоши» Васубандху.
Логика и эпистемология изучались преимущественно на основе тибетских учительских текстов, относящихся к классу учебной литературы, именуемой дуйра. Остальные четыре дисциплины преподавались исключительно при опоре на индийские трактаты. Каждая дисциплина изучалась в течение определенного времени — несколько лет, на соответствующем факультете. В образовательном процессе использовались университетские учебные пособия, разработка которых непрерывно велась теоретиками каждого из четырех монастырей.
Обучение начиналось с тщательного штудирования учебников, в которых рассматривались объекты познания в аспекте их существования, источники истинного познания и логика (искусство дедукции). Этот этап считался предварительным, вводящим в основные образовательные дисциплины. Он охватывал три класса, по окончании которых студент владел понятийно-терминологическим аппаратом, законами дедукции и правилами ведения диспута. Успешные студенты допускались к изучению четырех основных дисциплин.
Во времена Цзонхавы учащиеся, одолевшие основные предметы, получали после прохождения экзамена ученую степень каши рабчампа — «тот, кто понимает четыре дисциплины, или четыре раздела Учения, в совершенстве». Позднее эта ученая степень была преобразована в качупа — «тот, кто овладел десятью образовательными дисциплинами», поскольку изучение вводного курса и основных дисциплин (соответствующих им индийских текстов) было дополнено еще пятью, обязывающими студента предметно познакомиться с обширными комментариями.
Пять дисциплин изучались в определенной последовательности. Начальный этап завершался освоением искусства диспута, после чего студенты переходили ко второй дисциплине — парчину — познанию текстов Праджняпарамиты. Целью обучения на этом этапе выступало теоретическое и практическое постижение природы парамит — высших совершенств, «запредельных» добродетелей, свойственных бодхисаттве. В основу обучения был положен махаянский текст — «Абхисамаяаланкара-сутра», в котором рассматривается метод интуитивного постижения (абхисамая) Благородных истин. Изучались и комментарии к этому сложнейшему тексту, созданные теоретиками школы Гелугпа.