Следующий этап образовательного процесса был связан с углубленным изучением цадма — эпистемологии, разработанной индийскими мыслителями махаянского направления. Студенты штудировали трактат «Праманаварттика». Это позволяло им углубить и довести до совершенства знания, полученные на начальной стадии образования.
Философская система Мадхьямики — дисциплина ума преподавалась после эпистемологии и предполагала освоение трактата Цзонхавы «Ума гонпа рабсал», а также его комментария к сочинению Чандракирти «Прасаннапада». Трактат Чандракирти являлся основополагающим в традиции Прасангика-Мадхьямика. Цзонхава считал метод мышления и ведения межшкольных диспутов, разработанный Чандракирти, весьма важным. Согласно этому методу, в споре не следует выдвигать собственные точки зрения, ибо цель спора — разрушение аргументации оппонента средствами негативной диалектики. Диспут с позиций Прасангики-Мадхьямики — это акт сострадания к оппоненту, разрушающий его неведение посредством редукции к абсурду всех его суждений. Такой подход базировался на главной идее философии Мадхьямики — в высшем смысле истина есть Нирвана, а она невыразима в словах. Поэтому любой тезис заведомо абсурден, и в диспуте это должно быть обнаружено благодаря эпистемологическому мастерству. Истина познается не посредством слов, а благодаря практике интуитивного постижения.
Освоив эпистемологию, студенты приступали к изучению кодекса Винаи, где в качестве центральных текстов выступали «Пратимокшасутравритти», «Винаясутра» Гунапрабхи и «Винаясутратика» Дхармамитры.
Заключительный этап образовательной программы всецело посвящался изучению «Абхидхармакоши», поскольку в восьми разделах этого трактата была в систематическом виде представлена основная проблематика буддийской философии — теория дхарм, учение о психических способностях, космология, учение о карме, теория аффектов, учение о пути, концепция знания как состояния, порождаемого психотехнической практикой, учение о созерцании (самадхи). Изучение «Абхидхармакоши» дополнялось знакомством со школьными учительски: ми комментариями.
Только по завершении полного курса обучения адепт допускался к тантрическому циклу школы Гелугпа. В дальнейшей истории основанной Цзонхавой школы рассмотренная выше образовательная программа приобретает характер стандарта, согласно которому и строилось обучение в монастырских университетских комплексах. Известно, что базовые факультеты четырех университетов школы Гелугпа воспроизводили модель, принятую в трех авторитетных образовательных центрах XIII–XIV вв. — в монастырях Девачен, Шалу и Нартан, в которых Цзонхава и приобрел свои познания в логике, эпистемологии и философии. Однако эта модель подверглась определенному реформированию: теоретики школы Гелугпа ввели в образовательный процесс строгую постадийность. Стадии обучения должны были четко соответствовать стадиям духовного роста личности адепта, и этот прогресс выражался в принятии и соблюдении все более строгих обетов и предписаний дисциплины Пратимокши. Именно в «Лам рим чен мо» впервые вводится идея соотнесения социорелигиозных статусов (мирянина, послушника, монаха) с постадийным освоением теории и практики буддизма. Такой подход позволил Цзонхаве распространить представление о системе социорелигиозных статусов на социальную структуру тибетского общества в целом. Согласно Цзонхаве, на роль социальной элиты в обществе, где господствует буддизм, могут претендовать лишь те, кто принял обеты монашества и завершил полный курс образования, сдав заключительный экзамен и получив ученую степень.
Стратификация внутри религиозной элиты школы Гелугпа выражалась в четко разработанной системе ученых степеней, дававших различные привилегии их обладателям. Весь курс образования по пяти основным и пяти дополнительным дисциплинам (медицина, астрология, каллиграфия и риторика, грамматика, искусство создания танок и мандал) длился от 20 до 25 лет и завершался выпускными экзаменами на получение ученой степени геше. Эта ученая степень предполагала две градации: геше чунг, дававшая право на преподавание, и геше чен, обладатель которой имел более широкие полномочия. Степень геше чен, в свою очередь, подразделялась на два уровня — цог рам па и лха рам па. Обладатель степени геше чен уровня цог рам па мог вести академическую деятельность в монастырском университете, и ему предоставлялась честь оглашения буддийских тантрических мантр во время больших празднеств. Он также вел косультативную деятельность, в круг его полномочий входило толкование учебных текстов. Ученая степень геше чен уровня лха рам па давала право на руководство процедурой диспута, проводимого на всеобщем собрании школьных монастырей. Кроме того, именно ученые уровня лха рам па должны были вести проповедь среди высшего монашества крупных монастырей школы Гелугпа. Обладание этой высшей из ученых степеней являлось необходимым условием для избрания на пост настоятеля в трех крупных монастырях — Галдан, Сера и Брайбун.