В 1498 г. Дондуб Дордже из рода Ринпунг осуществил вооруженный захват власти в Лхасе при активном участии религиозных последователей Карма-Кагьюпа. Вплоть до 1517 г., когда войска, руководимые десятым главой школы Пагмо-Кагьюпа, вытеснили Ринпунгов из Лхасы, монахи Брайбуна и Сера подвергались непрерывному давлению — им даже было запрещено участвовать в ритуалах празднования Мон лама. Этот праздник был введен в буддийский календарь Цзонхавой и содержательно представлял собой идеологическую реинтерпретацию автохтонного Нового года в контексте учения Будды.
Мон лам (Мон лам чен мо) — «Великое Моление» — проводился в течение трех недель первого месяца празднования Нового года. По мысли Цзонхавы, начало каждого годичного цикла должно было сопровождаться осуществлением масштабного ритуального сценария, направленного на единение тибетского буддийского монашества. Монахи и монахини, принадлежавшие к различным школам, собирались в Лхасе для совместного моления во благо всех живых существ и чтения соответствующих «очистительных» текстов. Власти предержащие и миряне получали возможность выказать свою преданность Дхарме и обрести религиозную заслугу, одаривая монашество подношениями — лекарствами, пищей, тканями для облачений и т. п. Ритуальный сценарий включал также и проведение публичного межшкольного философского диспута. Цзонхаве не только удалось внедрить традицию празднования Мон лама в древней столице Тибета — Лхасе, но и получить одобрение на личное руководство его проведением. Ринпунги не покушались на эту традицию, захватив господство над Лхасой, — празднование Мон лама имело место и в период гонений на школу Гелугпа, но ее последователи были отрешены от ритуальных действий.
Несмотря на жесткое неприятие со стороны правящей семьи Ринпунгов, авторитет школы Гелугпа возрастал среди значительной части населения, численность монашества трех главных монастырей — Галдан, Сера и Брайбун — неуклонно увеличивалась. Известно, что еще при жизни Гедун Чжамцо количество монашествующих в Брайбуне достигло 1500 человек. К середине XVI в. это был один из крупнейших монастырей-университетов Тибета.
В 1542 г. Гедун Чжамцо в возрасте пятидесяти восьми лет утратил человеческую форму существования, и через год был обнаружен очередной «перерожденец» религиозного лидера школы Гелугпа. Им был признан младенец, родившийся в 1543 г. Новый тулку принадлежал к мелкому аристократическому роду, связанному цепочками браков и с некогда могущественным семейством Сакья, и с кланом Пагмоду. В возрасте четырех лет он был взят из родительской семьи в монастырь Брайбун, а в семь лет уже принял послушнические обеты. Когда «перерожденцу» исполнилось одиннадцать, монашеская сангха избрала его настоятелем Брайбуна. В возрасте двадцати двух лет новый глава школы Гелугпа — Соднам Чжамцо принял полное монашество. Подобно Гедун Чжамцо, Соднам Чжамцо одновременно руководил монастырями Брайбун и Сера. В его обязанности также входило отправление всех крупных ритуальных служб монастыря Ташилунпо.
Соднам Чжамцо удалось заручиться поддержкой со стороны влиятельных членов семьи Пагмоду и личным покровительством главы рода Хор Шонну Санбо — Хор Соднам Дарчжая, прямого потомка министра Тайситу Чанчуб Чжалцана. Поиски патронирования представляли важную задачу, поскольку в XVI в. школа Гелугпа переживала самый тяжелый этап своего утверждения среди других школьных традиций, давно закрепившихся на различных территориях Тибета и пользовавшихся экономической поддержкой и покровительством местной аристократии.
В 70-х годах XVI в. Соднам Чжамцо совершает несколько поездок в Монголию с целью пропагандирования школы Гелугпа и привлечения новых последователей. В тибетской историографии позднего средневековья утвердилось мнение, что именно правитель тумэтских монголов Алтан-хан (1507–1582) искал встречи с религиозным главой этой школы. К XVI в. единая Монгольская империя распалась на три крупных этнополитических территориальных образования — Южную Монголию (Чахарское ханство), Северную Монголию (Халха) и Западную Монголию, где в начале XVII в. появляется Джунгарское ханство. После смерти Великого Всемонгольского хана Бату-Мункэ (годы правления 1479–1543), более известного как Даян-хан, добившегося временной консолидации монгольских микроэтносов в единое политико-административное целое, монгольское государство распалось и было разделено между его потомками. В альянс мелких княжеств Южной Монголии вошли тумэты, ордосцы и чахары, причем при главенстве тумэтских монголов. В течение XVI в. прямые потомки Даян-хана формально сохраняли за собой титул Всемонгольских ханов — хранителей сакральной силы. Однако прежняя автохтонная концепция сакральной природы власти Всемонгольских ханов оказалась не способной в новых условиях этнополитической территориальной раздробленности идеологически объединить Монголию. В этом контексте попытки правителя тумэтских монголов Алтан-хана установить автономные дипломатические отношения с Китаем и одновременный поиск нового идеологического инструмента легитимации политической власти в пределах всей Монголии свидетельствовали об отмирании автохтонной идеологии Всемонгольской империи.