Сложившаяся в школах Кагьюпа и Сакьяпа, тесно связанных с этнотерриториальным фактором, иерархия социорелигиозных статусов строилась с учетом социального происхождения и принципа владения территорией. Дисциплинарный кодекс Винаи использовался лишь для идеологической легитимации ранее установленной системы отношений между мирскими последователями этих двух школ и религиозными лидерами, которыми, как правило, становились выходцы из знатных и состоятельных аристократических семей.
Несмотря на ожесточенную борьбу между аристократическими кланами, религиозно-идеологическая сторона жизни тибетского общества XVI в. имела характер взаимной толерантности буддийских школьных традиций, принципиально терпимого отношения друг к другу. В пользу этого свидетельствует тот факт, что новая школа Гелугпа функционировала как в Центральном Тибете, так и в его периферийных районах, не подвергаясь каким-либо нападкам со стороны местных буддийских деятелей. Ее наставники беспрепятственно путешествовали по стране, создавали новые образовательные центры и монастыри, посещали учителей других школ. Неуклонный рост авторитета школы Гелугпа в среде простого населения никоим образом не обусловливался появлением у ее главы титула Далай-ламы. Основой ее популярности у большинства тибетского населения служил меритократический принцип продвижения по ступеням социорелигиозной иерархии, отсутствовавшей в прочих школах. Именно это и послужило залогом политического успеха религиозного главы школы Гелугпа, утвердившегося в XVII в. в качестве теократического правителя Тибета. Концепция буддийского теократического управления государством, во главе которого стоит Далай-лама, религиозный глава школы Гелугпа, была сформулирована именно в этот период. Однако само превращение религиозного главы школы Гелугпа в политического главу всего Тибета было опосредовано последовательной цепочкой событий.
В 1582 г. Соднам Чжамцо возвращается из Чамдо в Монголию, чтобы принять участие в похоронных ритуалах в связи со смертью Алтан-хана. В течение последующих шести лет он, в соответствии с традицией своей школы, проповедует Дхарму в различных районах Монголии. Это миссионерское путешествие оказалось последним для Соднам-Чжамцо. В 1588 г. он умирает по дороге в столицу минского Китая, где его ожидала аудиенция у императора. Тело Великого учителя было предано огню, а кремационные останки переправлены в Лхасу, в монастырь Брайбун.
Фактическое вовлечение монашеской ученой элиты школы Гелугпа и ее мирских последователей в междоусобную борьбу аристократических семей Пагмоду, Ринпунг и правителей района Цзан приходится на период конца XVI-начала XVII в. Вплоть до XVI в. аристократический род Пагмоду удерживал под своей властью район Уй Центрального Тибета, где располагались три главных монастыря школы Гелугпа. Западная часть Центрального Тибета, район Цзан и его столица Шигадзе находились в полном подчинении семьи Ринпунг. В начале XVII в. местные правители района Цзан вступают в открытое вооруженное противостояние с Ринпунгами и захватывают сначала Шигадзе, а вслед за тем и Лхасу. В этот конфликт оказывается втянутой и школа Гелугпа, крупные монастыри которой находились в этих районах.
Кончина третьего иерарха школы Гелугпа поставила проблему поиска следующего «перерожденца», которому предстояло сделаться четвертым ее главой. Он был обнаружен на этот раз в Монголии, а не в Тибете. Тулку оказался правнуком Алтан-хана, причем идентифицировали его в этом качестве сами монголы через год после смерти Соднам Чжамцо. Он вошел в историю тибетского буддизма под именем Йонтан Чжамцо (1589–1617). В течение первых двадцати лет своей жизни новый тулку оставался в Монголии, в Хух-Хото, где, согласно тибетским историографам, прошел курс начального религиозного образования под руководством монгольских буддийских наставников, учеников Соднам Чжамцо. В 1592 г. в Тибет была направлена небольшая делегация монгольских монахов с целью сообщить главам трех монастырей об обнаружении нового тулку. Окончательное решение относительно «перерожденца» было принято главами Галдана, Сера и Брайбуна только четыре года спустя. В 1601/1602 г. юный тулку был доставлен в Лхасу в сопровождении конного отряда монгольских воинов. В монастыре Раден собрание сангхи и монахов, представлявших Галдан, Сера и Брайбун, официально признало Йонтан Чжамцо новым «перерожденцем» религиозного главы школы Гелугпа.