В тибетобуддийских хрониках всегда подчеркивается, что прибытие Падмасамбхавы в страну, подчинение божеств и установление резиденции этого учителя в местности Самье сделали возможным возвращение Шантаракшиты ко двору. Историографы не упоминают о том, вел ли Падмасамбхава публичную проповедническую деятельность. Как правило, перечисляются лишь его действия, связанные с усмирением местных божеств, а также указывается, что индийский учитель обрел большое количество последователей среди простого населения. Сообщается, что он давал устные разъяснения относительно конкретных буддийских тантрических текстов, а также наставления в религиозных техниках и практиках. Проповедь основ доктрины оставалась прерогативой Шантаракшиты и возымела успех во время его повторного посещения Тибета.
Совместные религиозные усилия двух индийских миссионеров — Шантаракшиты и Падмасамбхавы были направлены на строительство первого на территории Тибета монастыря Самье, получившего свое название по местности, где он был основан. Он сооружался по модели известного индийского буддийского монастыря Одантапури — знаменитого образовательного центра. Обучались в нем монахи, которым предстояло религиозное служение в других монастырях, а также буддисты-миряне.
В Индии наибольшим авторитетом пользовались три монастыря — Одантапури, Наланда и Викрамашила. Они представляли собой крупные архитектурные комплексы, включавшие ансамбль храмовых построек, ступ, строений для проживания монахов, обучающихся и гостей. Между этими тремя центрами буддийской учености практиковалось плодотворное сотрудничество, выражавшееся, в частности, в обмене преподавателями. Индийские, кашмирские и непальские миссионеры, проповедовавшие на территории Тибета или участвовавшие в переводе текстов буддийского канона на тибетский язык, имели опыт преподавания в каком-либо из этих трех университетов, а некоторые — и в каждом из них.
Примечательно, что Шантаракшита, будучи преподавателем Наланды, деканом факультета логики и философии, предложил строить первый буддийский монастырь-университет в Тибете по образцу Одантапури, а отнюдь не Наланды. Такое решение объяснялось в первую очередь тем, что Одантапури прославился своим тантрическим факультетом. Кроме того, были приняты во внимание особенности архитектурного плана Одантапури. Совокупность его строений воспроизводила буддийскую космографическую схему, и этот архитектурный образ буддийского космоса было намечено утвердить в Тибете — новой цитадели учения Шакьямуни. Шантаракшита сам выбрал местность для будущего монастыря. В тексте «Летописи царских родословных» подробно воспроизводится процедура поиска подходящей территории. Ачарья Бодхисаттва отверг предложения основать монастырь на одной из четырех гор Тибета или в одной из долин. Эти пространства осмыслялись тибетцами как сакральные, населенные божествами. Горы, их подножия использовались как места проведения бонских ритуалов. Шантаракшита избрал живописную местность Самье, «словно заполненную цветами шафрана». Учитель Падмасамбхава сотворил ритуал освящения избранной земли, приведя к повиновению злых духов местности.
Архитектурный план будущего монастыря-университета Самье замышлялся таким образом, чтобы постройки образовывали в совокупности, как и в прототипе — Одантапури, гигантскую мандалу, то есть космограмму. Описание Самье можно обнаружить во многих ранних тибетских хрониках, где, как правило, дается подробная характеристика каждого здания, его название и функциональное предназначение. В сердцевине ансамбля располагался храм, символизировавший центр буддийской космографической схемы — гору Сумеру, самую высокую точку чувственного мира, населенного живыми существами. Четыре больших храма и восемь малых, расположенные вокруг центрального строения, соответственно символизировали четыре основных континента и восемь промежуточных, а два дополнительных небольших храма — «дворцы» солнца и луны. Вся территория монастыря была обнесена огромной стеной, подобно железной горной цепи Чакравада, опоясывающей континенты. По четырем сторонам этой гигантской охранительной стены находились врата, ведущие в монастырь, рядом с ними располагались ступы, что указывало на космологическую полноту мира. Вся окружность верхней части стены, разделявшей сакральное пространство монастыря и внешние по отношению к нему территории, была украшена маленькими ступами, общим числом тысяча восемьдесят.
В строительстве монастыря Самье, изготовлении скульптурных изображений Будды, выполнении орнаментальных украшений и внутреннего убранства храмов принимали участие известные буддийские мастера из Индии, Непала и Китая.