В VIII–IX вв. на начальных этапах рецепции буддизма в Тибете тантры высшей йоги (ануттара-тантры) не переводились, они были введены в оборот лишь в период переводческой деятельности Ринчен Цзанпо. Последователи традиции Ньинмапа включили в свой школьный канон тантры, созданные в VIII–IX вв. и «обнаруженные» позднее.
Отличие тантр школы Ньинмапа заключалось не только в количестве текстов, но и в самом типе организации каталогов и классификации тантр. Включенные в канон традиции Ньинмапа тантры подразделялись на несколько типов. К первому типу причислялись тексты, принесенные в Тибет Падмасамбхавой и считающиеся «Словом длительной передачи», то есть восходящими к Будде. В этот раздел входили так называемые внутренние тантры, классифицируемые на махайогу, ануйогу и атийогу.
Второй тип характеризовался как «Трактаты близкой передачи». К нему относятся все те тексты, которые считались преднамеренно сокрытыми и были «обнаружены» в период вторичного распространения буддизма, так называемые сатер — «сокрытые в земле». Сюда же причисляются и тантры, созданные или которые могут быть созданы в будущем учителями Ньинмапа. Они именовались гонгтер — «сокрытые в сознании». Тантры, сокрытые в буквальном смысле слова в тайных местах и обнаруженные в течение XI–XIV вв., традиция приписывает, как правило, авторству Падмасамбхавы или даже царя Сронцангампо. Тантры, «сокрытые в сознании» избранных, становятся известными благодаря мистическому проникновению. В традиции Ньинмапа закрепились и специальные термины для обозначения того, кто нашел сокрытый текст. Тех, кто огласил или записал текст, «обнаружив» его в состоянии глубокого созерцания, обозначали термином тертон. Таких адептов считали носителями особых свойств (харизмы, как принято теперь говорить, используя христианскую терминологию) того исторического или легендарного учителя, авторству которого приписывался обнаруженный текст.
Третий тип тантр — «проникновенное чистое видение». К нему причисляются те тексты, которые открылись продвинутому адепту, практикующему особое измененное состояние сознания — самадхи. Этот тип тантр и способ их получения близки ко второму. Основное их отличие — явление текста через своего рода иерофанию. Пребывающему в самадхи, как принято считать в традиции Ньинмапа, является либо буддийский император, либо некое божество буддийского пантеона, либо учитель прошлого и излагает текст как наставление.
Характерные особенности школы Ньинмапа выявились в результате социокультурного оформления компромисса между двумя типами религиозности, которые сосуществовали в рамках одной традиции. Школа Ньинмапа не пользовалась большой известностью и влиятельностью. Только два ее самых крупных монастыря — Миндолинг и Доржебрак — располагались в Центральном Тибете, а большинство — в пограничных с Китаем районах. Из последних наиболее известны Дерге Кончен, Дзогчен Гончен и Лан Гомба в Кхаме.
Особенностью монастырского устройства школы Ньинмапа являлись совместные поселения монахов и мирян в монастырях отшельнического типа. Такие монастыри представляли собой одиночные или небольшие коллективные обители, расположенные в горных местностях. Их насельниками могли быть не только монахи, но и мирские последователи, их семьи. Монастыри отшельнического типа предназначались исключительно для уединения ради практики созерцания и т. п.
В среде адептов школы Ньинмапа постоянно велась полемика относительно аутентичности тантр, Приписываемых авторству Падмасамбхавы, а также Тех текстов, которые были обнародованы в ранние периоды, — так называемых сокрытых текстов. В рамках этой школы постепенно произошло разделение на последователей строгой монастырской традиции, делавшей упор на освоении текстов тибетского буддийского канона и школьных комментариев, и тех, кто стремился посвятить себя исключительно отшельничеству и тайным практикам буддийской психотехники. Это разделение, характеризующее школу Ньинмапа, предопределялось двойственным статусом ее канона, двойственностью трактовки природы сакрального религиозного знания.
Тантры, канонизированные этой школой, и целый ряд психотехнических практик, не признаваемых другими школами, рассматривались в традиции Ньинмапа как тайное знание, доступное лишь узкому кругу посвященных. Школа Ньинмапа, единственная среди прочих школ тибетского буддизма, не располагала отчетливой линией учительской преемственности. В «Голубых Анналах», автор которых Гойлоцзава впервые попытался представить историю формирования тибетских школ, о традиции Ньинмапа сообщается, что многочисленные последователи старых тантр появляются в период гонений на буддизм, когда в стране не осталось ни одного монаха. Они, согласно Гойлоцзаве, продолжали практику буддийской тантры в различных районах Тибета, давали посвящения, проводили ритуалы и получали от жителей деревень дары и пожертвования в качестве благодарности за религиозные услуги. Таким образом, заключает автор «Голубых Анналов», они подготовили почву для возобновления распространения буддизма в Тибете XI в. Гойлоцзава прямо говорит, что монашеские сообщества, появившиеся в XI–XII вв., не вызывали неудовольствия простого населения, поскольку оно уже приняло буддизм через посредство последователей старых тантр.