Возникновение и формирование традиции школы Сакьяпа связано с религиозно-просветительской деятельностью аристократического рода Кхон. В период становления первой тибетской государственности VII–IX вв. его члены служили при царском дворе и уже в силу этого участвовали в распространении буддизма — отправлялись на обучение в Индию, вели переводческую деятельность, финансировали постройки ступ. Согласно историческим хроникам рода Кхон, его представители славились прямым ученичеством у Падмасамбхавы и вплоть до XI в. выступали последователями «старых» тантр. Эта традиция в роде Кхон была прервана Гончог Чжалпо (1034–1103). В 1073 г. он основал в подвластной ему местности Сакья первый буддийский монастырь. В соответствии с названием местности — Сакья (букв. «Серая земля») получили свои наименования и вновь образованная традиция, и первый монастырь. Впоследствии и сам род Кхон был переименован в род Сакья. Отход от «старых» тантр, принесенных в Тибет Падмасамбхавой в VIII в., и обращение к изучению принципиально новой системы буддийских тантр, которые получили распространение в XI в., ознаменовали возникновение школьной традиции Сакьяпа.
Создание монастыря Сакья, в стенах которого адепт мог освоить семьдесят две тайные практики и четырнадцать текстов, излагающих буддийскую йогу, ярко выявило тенденцию последователей буддийских тантр традиции Сакьяпа к институциональному закреплению различных субтрадиций перевода, истолкования и практики буддийской тантры. Однако это сопровождалось уменьшением внимания к доктринальной стороне Учения, произвольным использованием правил монашеской дисциплины (Винаи). Так, в традиции Сакьяпа принятие монашеского обета безбрачия отнюдь не считалось обязательным, монахи Сакья могли иметь семьи.
Деятельность Гончог Чжалпо не ограничивалась созданием монастыря Сакья, он посылал эмиссаров, обученных в рамках монастырской программы, проповедовать в районы Кхам и Уй.
Основателем собственно школы Сакьяпа считается сын Гончог Чжалпо — Гунга Ньинпо, положивший начало формированию школьного образца учености. Первые пять иерархов школы Сакьяпа вошли в буддийскую культуру как «пять великих» — это Гунга Ньинпо (1092–1158), Соднам Цземо (1142–1182), Дагпа Чжалцан (1147–1216), Сакья-пандита (1182–1251) и Пагба-лама (1235–1280). Они последовательно сменяли один другого на посту настоятеля монастыря Сакья, вели активную проповедническую деятельность в подвластных роду Кхон землях, заложили основы сакьяпинской системы монастырского образования.
Традиция школы Сакьяпа, как и школы Кадампа, изначально формируется как монастырская, то есть нацеленная на изучение письменного источника сакрального буддийского знания в рамках собственной образовательной программы. Вместе с тем в отличие от школы Кадампа традиция Сакьяпа создается усилиями местной аристократии, претендовавшей на политическую власть и администрирование в границах всего Тибета. В сочинениях учителей-основателей этой традиции прослеживается стремление жестко обозначить религиозно-доктринальные и социокультурные особенности школы Сакьяпа, подчеркнуть ее уникальность. Основатели традиции Сакьяпа не признавали, как это было у последователей школы Кадампа, необходимости строгого монашества (то есть соблюдения обета безбрачия) для достижения конечной религиозной цели — Просветления. Религиозно-доктринальной основой школьного монастырского образования становятся тексты «новых» тантр, переведенные с санскрита в XI–XIII вв. и вошедшие в состав тибетского буддийского канона. Стремясь размежеваться с последователями «старых» тантр и обосновать свое преимущественное идеологическое право на проповедь Дхармы в стране, основатели школы Сакьяпа создают первую в истории тибетобуддийской мысли историографическую концепцию. Историографическая концепция этой школы представлена суммой сочинений ее основателей. Они создали и ввели в тибетскую буддийскую литературу два самостоятельных жанра — «история Дхармы» и «родословные».