Историческим основателем традиции Сакьяпа считается сын Кхон Гончог Чжалпо — Гунга Ньинпо. Гунга Ньинпо первым из рода Кхон начал активно осваивать систему «новых» тантр, переводы которых на тибетский язык были завершены только в XI–XII вв. и позднее вошли в состав тибетского канонического корпуса, в Данджур. В числе тантр, исследованных Гунга Ньинпо, — «Хеваджратантра», «Гухьясамаджатантра», циклы текстов, посвященных божеству «защитнику Учения» Махакале. В дальнейшем в традиции школы Сакьяпа Махакала обрел позицию школьного идама — защитника данной школы. Авторству Гунга Ньинпо принадлежит ряд комментариев к «Хеваджратантре» и «Самваратантре». Все последующие иерархи этой школы вслед за основоположником исследования «новых» тантр занимались комментированием разделов «Хеваджратантры». Эти учительские комментарии составляют основу освоения буддийской тантры в рамках образовательной традиции школы Сакьяпа. В этой традиции Гунга Ньинпо, как правило, именуется «великим сакьяским учителем» (Сакьяпа ченпо или Сачен).
Соднам Цземо, сын Гунга Ньинпо, стал вторым настоятелем монастыря Сакья и посвятил себя в основном буддийской просветительской деятельности. Благодаря его проповеднической активности взгляды школы Сакьяпа получили широкое распространение далеко за пределами школьного монастыря.
В отличие от своего отца Соднам Цземо приобрел более разностороннее образование — он не ограничился освоением «новых» тантр, сосредоточившись на изучении религиозной доктрины, философии и логики. Авторству Соднам Цземо принадлежит ряд сочинений, представляющих философские воззрения Махаяны. Среди этих трудов особенно выделяется по широте обсуждаемой проблематики трактат «Врата Учения». В нем Соднам Цземо главное внимание уделяет рассмотрению процесса возникновения и распространения буддизма, он разъясняет базовые доктринальные положения и буддийский понятийно-терминологический аппарат, дает краткое истолкование философского смысла сутр и тантр, составляющих источник письменного сакрального знания. Одной из центральных тем трактата выступает целостное осмысление буддизма как религии, выявление важнейших этапов становления буддийского религиозно-идеологического комплекса в Индии и за ее пределами. Соднам Цземо первый среди учителей школы Сакьяпа попытался выйти за узкие рамки исследования и комментирования текстов буддийской тантры, привлек внимание к необходимости изучения буддизма как комплексного идеологического целого.
Благодаря трудам Соднам Цземо в число обсуждаемых учеными-буддистами тем вошла проблема буддийской хронологии, обнаружившая необходимость создания нового исторического летосчисления. В дальнейшем практически все тибетские историографы вне зависимости от школьной принадлежности пользовались введенной Соднам Цземо моделью «буддийской эры». В основу этой модели положены принципиально новые для тибетской автохтонной культуры идеи, направленные исключительно на упрочение позиций буддизма в Тибете. «Буддийская эра» вбирает в себя «историческое» время существования Дхармы после ухода Будды в Паринирвану — расцвет Учения на территории Индии и последующее вытеснение его оттуда в другие страны — в Китай, Тибет. Время, когда Будда Шакьямуни проповедовал Дхарму, создавая буддийскую общину в мире людей, не учитывается как «историческое», хотя дата рождения основателя Дхармы всегда интересовала тибетских историографов. Время проповеди Шакьямуни подобно «времени оно», поскольку связано с формированием буддийских социокультурных институтов, — это сакральное время, «принадлежащее» Учителю. Время, начинающееся с даты его ухода в Паринирвану, обладает признаком историчности — в нем появляется представление о «будущем», обусловленное этапами функционирования Дхармы в Индии, а затем и за ее пределами. Кроме того, категория «будущего» становится актуальной и для каждого отдельного последователя Учения. Это время, необходимое для достижения Просветления, то есть присоединения к истинной Сангхе, которую составляют Благородные буддийские личности, реализовавшие высшую религиозную цель. Разумеется, эта истинная Сангха выступала в роли символического сообщества.
Модель «буддийской эры» интересна прежде всего своей соотнесенностью с теми космологическими представлениями о цикличности времени, которые сложились в Индии в русле становления постканонической комментаторской традиции. Соднам Цземо предложил принципиально новый для Тибета способ летосчисления, независимый от астрологических циклов автохтонных тибетских, а также китайских календарей. Смысловым ядром этой новой хронологии выступает идея связи истории социальной и религиозной. «Буддийская эра» насчитывает три эпохи возникновения и становления буддизма — каждая по три периода в пять столетий. Первые девять периодов обозначены как время «истинной Дхармы» — время существования Учения и буддийского социума в пределах Индии. Последние пятьсот лет Соднам Цземо оценивает как «сумерки Дхармы» — ее упадок и деградацию.