Среди выдающихся учеников Дагпа Чжалцана, около пятидесяти лет возглавлявшего школу Сакьяпа, был и его племянник Кхон Балдан Дондуб, известный под именем Сакья-пандита («Ученый из монастыря Сакья»), Со времени Сакья-пандиты (сокращенная форма имени — Сапан) в существовании традиции Сакьяпа начинается совершенно новый период, связанный с преодолением узких границ прежней проблематики (толкования буддийских тантр), с обретением доминирующего положения среди прочих школ тибетского буддизма.
В отличие от своих предшественников Сакьяпандита получил энциклопедическое по охвату дисциплин буддийское образование и уже в возрасте Двадцати семи лет принял строгое монашество (предполагавшее обет безбрачия). Наряду с изучением Традиции Сакьяпа он совершенствовал свои познания в Дхарме под руководством знаменитого буддийского наставника из Кашмира Шакьяшрибхадры, проживавшего в тот период в Тибете. Сакья-пандита освоил весь курс буддийского традиционного образования, состоявшего из десяти наук, и по завершении обучения у Шакьяшрибхадры принял участие в диспуте, принесшем ему славу знатока религиозной доктрины и мастера ее аргументации с позиций логики и теории познания.
Сакья-пандита был первым в цепочке иерархов школы, кто занялся исследованием системы буддийского традиционного образования и определением места и роли философского диспута в нем. Он также выступил автором целого ряда сочинений по различным областям знания — сфера его интересов была представлена не только буддийской религиозной доктриной, но и языкознанием, семантикой, лексикологией, философией, логикой и эпистемологией. Особое значение в системе монашеского образования Сакья-пандита придавал философскому диспуту. Участие в теоретическом споре, проводящемся в соответствии с определенной формализованной процедурой, давало учащимся возможность закрепить полученные знания и практически освоить методы правильного мышления. В трактате «Врата [в собрание] мудрецов» Сакья-пандита посвятил отдельную главу процедуре ведения диспута, анализу его компонентов. Он указал также на важность лингвофилософского аспекта в диспутальной практике и в этой связи — на необходимость основательного изучения грамматики и семантики. Весьма значительным вкладом в области логики стал трактат Сакья-пандиты «Сокровищница науки логики», в котором он дал углубленную интерпретацию теоретических положений, выдвинутых в трудах Дхармакирти (VII в.), одного из индийских корифеев буддийской учености. Сочинения Сакья-пандиты заложили основы изучения логики в образовательной системе школы Сакьяпа, введенная им процедура диспута сделалась ее стержнем.
Сочинения Сакья-пандиты написаны в форме «руководств» и «введений» к различным дисциплинам буддийского образовательного комплекса, и в дальнейшем они использовались в школьной традиции Сакьяпа как учебные пособия.
Следуя исходной проблематике школы, Сакья-пандита также занимался изучением текстов тантрического цикла и составлением собственных хронологических таблиц истории буддизма в Индии и Тибете. Однако и в этом Сакья-пандита особое внимание уделял исследованию доктринальных и философских аспектов, стремясь к предельной систематизации рассматриваемого материала. Многие сочинения Сакья-пандиты обрели известность и широкое распространение за пределами Тибета — в Монголии, а позднее и в Бурятии.
В XIII в. благодаря его просветительской деятельности в традиции Сакьяпа формируется школьная система образования, создается группа монастырей, выполняющих функции образовательных центров. Появляется и широкий круг последователей — как принявших монашество, так и мирян.
В XII–XIII вв. произошло окончательное закрепление различных районов Тибета за теми влиятельными аристократическими родами, в чьих руках сосредоточилась политико-административная и религиозная власть. Иерархи школ тибетского буддизма одновременно представляли и интересы местной аристократии, что во многом способствовало становлению теократической формы правления в отдельных регионах Тибета. Среди сформировавшихся к XIII в. школ тибетского буддизма — Кадампа, Кагьюпа, Ньинмапа, Сакьяпа — наибольшим влиянием обладали Сакьяпа во главе с Сакья-пандитой и Кагьюпа. Жесткое противостояние этих двух школ, их конкурентная борьба за численность последователей и идеологическое господство временно утратили свою напряженность из-за политических событий 40-х годов XIII в.