В 1240 г. в результате вторжения в Тибет монгольских войск под руководством хана Годана страна оказалась в политической зависимости от монгольской династии. Согласно историческим источникам, Годан не стремился к оккупации Тибета, а выбрал путь установления вассально-союзных отношений, сохраняя за собой право формировать на местах административный аппарат и осуществлять кадровые назначения. Учитывая высокий религиозный авторитет и популярность Сакья-пандиты, Годан избрал именно его из числа прочих выдающихся буддийских деятелей своим «личным учителем». В 1244 г. Сакья-пандита был приглашен ко двору Годана. Сакья-пандита проявил себя как весьма искусный дипломат, и в результете этой встречи были сформулированы обоюдоприемлемые условия подчинения Тибета монгольскому хану. Монастырь Трулпайде и специальная резиденций, возведенные в честь Сакья-пандиты, послужили обителью последних семи лет его жизни.
Принципиально важно, что в сложившейся политической ситуации Сакья-пандита проводил достаточно гибкую линию в отношениях с монгольским ханом. Согласно историческим хроникам школы Сакьяпа, он разослал обращения к религиозным иерархам всех школ и правителям на местах, призвав к соблюдению лояльности и неукоснительной выплате затребованной монголами дани во избежание прямых вооруженных конфликтов. Одновременно с этим он добился от Годана признания статуса теократического правителя Тибета. Пребывая в этом статусе, Сакья-пандита заложил основы тибетской теократии и гибкой внешней политики, не характерной в историческом прошлом для тибетской государственности, изначально складывавшейся как довольно агрессивный военный альянс племен. Благодаря проповеднической деятельности Сакья-пандиты, школа, которую он представлял, обрела известность среди монголов, познакомившихся с Дхармой именно в интерпретации Сакьяпа.
Дело Сакья-пандиты продолжил его племянник — Пагба-лама, возглавивший школу в 1251 г. после его кончины. Пагба-лама считается учеником Сакья-пандиты, однако его обучение, прерванное смертью наставника, не было продолжительным. Пагба-лама приступил к своей общественно-политической и религиозной деятельности, будучи очень молодым человеком. В 1253 г. в возрасте восемнадцати лет он был приглашен ко двору монгольского хана Хубилая и получил от него титул «личный учитель». Пагба-лама руководствовался в своей деятельности концепцией «духовный наставник — податель благ», разработанной его предшественником и имевшей определенную политическую направленность. В число наиболее важных его сочинений входят письма, обращенные к видным политическим деятелям из придворного окружения монгольского хана. Эпистолярный жанр, вообще говоря, сложился еще в буддийской постканонической литературе Индии, и образцы этого жанра (письма-наставления правителю) были известны в Тибете. Именно им и следовал Пагбалама, составляя свое «Наставление для владыки» в форме письма, адресованного Хубилаю.
Ряд сочинений Пагба-ламы касается традиционной для школы Сакьяпа проблематики — изучения тантр. Его работы посвящены исследованиям ритуального оформления буддийских тантрических практик. Кроме того, им был создан «Каталог тантр» и комментаторские труды по системе «Хеваджратантры».
Пагба-лама получил в дар от Хубилая земли тринадцати округов Центрального Тибета и часть территории районов Уй и Цзан. Покровительство монгольского двора и активная деятельность Пагба-ламы обеспечили процветание и религиозно-политическое доминирование школы Сакьяпа в Тибете вплоть до 1350 г.
После смерти Пагба-ламы эта школа постепенно утратила свои лидерские позиции. В результате поражения в военном столкновении с кланом Пагмоду, члены которого следовали традиции Кагьюпа, род Сакья лишился политического первенства, потеряв право собственности на значительную часть своих территорий. В XIV в. это некогда могущественное семейство распалось на четыре ветви, а внутри школы Сакьяпа также произошло размежевание на подшколы, базировавшиеся на субтрадициях конкретных монастырей.
Применительно к школе Кагьюпа, как и в случае с процессом формирования школы Ньинмапа, следует проводить различение между религиозной традицией и традицией школьной. Сложение религиозной традиции Кагьюпа предшествовало становлению школы, обладающей своей собственной монастырской системой образования, иерархией социорелигиозных статусов, историографической концепцией. Религиозная традиция Кагьюпа имела ряд характеристик, в силу которых она поначалу в принципе не могла стать школьной. Одна из важных характеристик этой религиозной традиции и обусловила ее самоназвание — кагью означает «линия», «нить». Это интерпретировалось как линия преемственности религиозного опыта, который передается от учителя к ученику без обращения к письменному источнику сакрального религиозного знания — к Слову Будды. Кагью — это невидимая духовная нить, связующая учителя и ученика, она возникает в процессе передачи сакрального знания, сакральной мистической силы наставника его преданному последователю. Религиозная традиция Кагьюпа, подобно религиозной традиции Ньинмапа представляет собой социокультурную форму бытования буддийской тантры в Тибете. Однако в отличие от религиозной традиции Ньинмапа, традиция Кагьюпа складывается в XI–XII вв., само ее возникновение связано с распространением «новых» тантр, их практическим освоением мирскими последователями буддизма.