Одновременно с Висло-Одерской развернулась вторая крупнейшая наступательная операция зимней кампании 1945 г. — Восточно-Прусская. Эта операция протекала в очень трудных условиях.
В Восточной Пруссии и в Северной Польше оборонялись войска второй группы армий «Центр», в которой насчитывалось 580 тыс. солдат и офицеров, а также 200 тыс. фольксштурмистов, призванных по сверхтотальной мобилизации. Немецкие армии располагали 8200 орудиями и миноментами, около 700 танками и штурмовыми орудиями и 515 самолетами. На территории Восточной Пруссии были созданы многочисленные оборонительные сооружения. Основные силы немецкого военно-морского флота были стянуты в Балтийское море для обеспечения морских коммуникаций между Восточной Пруссией и германскими портами. От командующего группой армий «Центр» генерал-полковника Г.Рейнгарда Гитлер требовал любой ценой удержать Восточную Пруссию.
Задача ликвидации восточно-прусского плацдарма и освобождения Северной Польши была возложена на войска 3-го (командующий генерал армии И.Д. Черняховский) и 2-го (командующий маршал Советского Союза К.К. Рокоссовский) Белорусских фронтов. Краснознаменный Балтийский флот под командованием адмирала В.Ф. Трибуца должен был прервать морские коммуникации противника. Войска обоих фронтов имели около 1 670 тыс. человек, 28 360 орудий и минометов, в том числе 1 тыс. «катюш», 3300 танков и самоходно-артиллерийских установок, около 3 тыс. самолетов.
Замысел операции состоял в том, чтобы отсечь группу армий «Центр» от остальных сил немецкой армии, расчленить ее и уничтожить. Задача по отсечению вос-точно-прусской группировки была возложена на войска
2-го Белорусского фронта, который должен был нанести глубокий удар из района нижнего течения реки Нарев в общем направлении на Мариенбург. 3-й Белорусский фронт наносил удар в полосе севернее Мазурских озер в общем направлении на Кенигсберг. 1-й Прибалтийский фронт силами одной армии имел задачу содействовать наступлению 3-го Белорусского фронта.
13 января войска 3-го Белорусского фронта перешли в наступление. На следующий день пришел в движение и 2-й Белорусский фронт.
Советские войска, продвигаясь вперед, к концу января расчленили восточно-прусскую группировку противника на три части. Одна из них была заперта на Земландском полуострове, другая — самая крупная — оказалась прижатой к берегу залива Фришес-Хафф юго-западнее Кенигсберга, и последняя закрепилась в самом Кенигсберге.
В связи с крушением обороны на Востоке гитлеровская ставка в конце января произвела реорганизацию своих групп армий. Разгромленная группа армий «А» стала именоваться группой армий «Центр». Войска, оборонявшиеся в Восточной Пруссии, получили название группы армий «Север». Окруженная между Тукумом и Лиепаей бывшая группа армий «Север» получила название «Курляндия», а отброщенные в Померанию армии были сведены в группу армий «Висла».
Окончательный разгром группы армий «Север» затянулся до конца апреля и стоил огромных усилий и жертв. Ликвидировать эту группировку было поручено
3-му Белорусскому и 1-му Прибалтийскому фронтам. Операции, развернувшиеся в феврале, не принесли успеха. Стало очевидным, что покончить с противником можно, лишь основательно подготовившись и создав единое руководство операциями. В связи с этим 1-й Прибалтийский фронт был упразднен, а его войска, названные Земландской группой (командующий генерал армии И.Х. Баграмян), вошли в состав 3-го Белорусского фронта. После гибели на поле боя И.Д. Черняховского командующим фронтом был назначен Маршал Советского Союза А.М. Василевский. В течение марта — апреля советские войска вели изнурительные наступательные бои, в результате которых овладели всей Восточной Пруссией. Особенно кровопролитные сражения развернулись за Кенигсберг. Для его обороны противник располагал около 130 тыс. человек, до 4 тыс. орудий, 100 танками и штурмовыми орудиями. Штурм Кенигсберга силами четырех армий 3-го Белорусского фронта, наносивших удары с севера и юга, начался 6 апреля. Ему предшествовал артиллерийский обстрел крепостных укреплений и авиационная подготовка. В течение четырех дней шли ожесточенные бои в городе. Немецкие части яростно сопротивлялись, но не смогли остановить наступательного порыва советских войск.
9 апреля Кенигсберг пал. В городе немецкие войска потеряли более 40 тыс. убитыми, до 90 тыс. человек было взято в плен, захвачены все вооружение и боевая техника.
Овладение Восточной Пруссией и освобождение Северной Польши имело огромное значение. Германия лишилась одного из важнейших экономических районов. Была разгромлена крупная группировка немецких войск.