Изменение концепции пьесы повлекло за собой переработку всего комплекса художественных средств — построения и развития конфликта, композиции, образной системы.
Возникший у писателя замысел народной драмы потребовал широкого показа тех социальных групп, на которые опирался Петр в борьбе с боярством. В то же время драматург сузил круг приверженцев царевича Алексея, подчеркнув этим обреченность реакции.
Значительным изменениям подверглась композиция пьесы. Одним из серьезных художественных недостатков пьесы «На дыбе» было отсутствие четкого композиционного построения. Она представляла собой как бы серию разрозненных картин из жизни Петра I. Во втором варианте отбор и последовательность эпизодов обусловлены внутренней логикой развития основного конфликта.
По мысли автора, пьеса делится на три тематических цикла: первый — «организация победы», второй — «противодействие реакции мероприятиям Петра», третий — «разложение нового общества». (А, Н. Толстой. О пьесе «Петр I». Поли. собр. соч., т. 13, стр. 506.)
В первом варианте пьеса заканчивалась сценой наводнения в Петербурге, как бы символизировавшей крушение всех планов Петра. Отбросив ее, драматург значительно смягчил пессимистическое звучание финала. Но тема одиночества Петра, его общественной и личной трагедии осталась и во втором варианте. Режиссер спектакля «Петр Первый» в Ленинградском государственном академическом театре драмы Б. М. Сушкевич справедливо отмечал, что последняя картина пьесы, рисующая распад «гнезда Петрова» — «это не только эпилог личной, «созидательной» темы Петра, но и пролог ко всему XVIII веку — веку дворцовых переворотов, расцвета дворянского предпринимательства и хищнической борьбы придворных группировок». («Литературный Ленинград», 19 мая 1935 г.)
Такое решение финала пьесы тесно связано с существовавшим тогда у Толстого замыслом довести роман о Петре до середины XVIII столетия. «Третий том будет посвящен послепетровской эпохе вплоть до царствования Екатерины II», — сообщал он в 1933 году. (Поли. собр. соч., т. 13, стр. 572.) Впоследствии планы писателя изменились. Он решил закончить роман годами высшей славы Петра, отказавшись от изображения заката его деятельности. В соответствии с этим в 1938 году, при создании третьего варианта драмы «Петр Первый», заключительная сцена была кардинально переработана.
Третью редакцию пьесы А. Н. Толстой писал одновременно с второй частью киносценария «Петр Первый». Многие картины и эпизоды в этих произведениях совпадают. Из сценария драматург перенес в пьесу разговор царевича с Ефросиньей в неапольском замке «Сент-Эльмо». Полностью совпадает с текстом сценария речь Петра в Сенате. Одинаково решена в обоих произведениях картина Полтавской битвы. В первых двух вариантах пьесы полтавская победа была показана лишь отраженно, в эпизоде переправы разбитых шведов. В 1938 году драматург перенес действие на поле боя, в сердце русской армии, где Петр с командного пункта следит за наступлением своих войск.
В третьем варианте Толстому удалось полнее, чем в прежних пьесах, показать патриотическую устремленность Петра, его большой талант полководца и организатора. Более широкое отражение получила героика народной борьбы за национальную независимость русского государства. Ярко и сильно зазвучала отсутствовавшая ранее тема иностранного вмешательства в дела России.
Правильно показав героическую борьбу народа за укрепление русского государства, Толстой, однако, не сумел с достаточной полнотой раскрыть противоречия Петровской эпохи. Многое из того, что было найдено драматургом в пьесе 1934 года, обеднено и утрачено в последней редакции. Прежде всего это относится к теме крестьянской революции, пусть неполно, но все же достаточно четко раскрытой во втором варианте. В пьесе 1938 года эта тема совершенно отсутствует. Толстой устранил образы «кабального мужика» Воробья и бывшего разинского атамана Лоскута, — а с ними всякое упоминание о восстаниях крестьян в эпоху Петра I и о непосильных тяготах, которые приходилось переносить народу.
В архиве А. Н. Толстого хранится следующий план переработки второго варианта «Петра» в третий:
«Выбросить:
1. Первую сцену.
2. Канатный завод (бывш. 8 картина).
3. На набережной (бывш. 9 картина).
4. Сцена в крепости со смертью Алексея (бывш.