В Зименках были написаны первые три картины пьесы «Орел и орлица», первоначально называвшейся «Иван Грозный». Работа над последующими картинами шла в Ташкенте, куда Толстой переехал в ноябре 1941 года. В конце февраля 1942 года пьеса была закончена. Отрывок из нее под заглавием «Иван Грозный». Сцены из второй картины» впервые появился на страницах газеты «Литература и жизнь» 21 марта 1942 года. В том же году она была напечатана целиком в издательстве «Искусство» (М.—Л., 1942) на правах рукописи тиражом в 200 экземпляров под названием «Иван Грозный. Пьеса в 9-ти картинах».
Вначале А. Н. Толстой предполагал ограничиться одной пьесой. Решение продолжать разработку темы Грозного было принято позже, после обсуждения пьесы литературной и театральной общественностью Москвы и Ташкента.
В июле 1942 года, в ответ на просьбу внести некоторые исправления в текст «Грозного», драматург телеграфировал директору Малого театра И. Я. Судакову: «Переделки ни к чему не приведут. Ноябре будет новая пьеса». Произведение об эпохе Ивана IV мыслилось в то время как драматическая трилогия. Однако впоследствии изменился и этот замысел. Когда была окончена вторая пьеса — «Трудные годы» (Москва, апрель 1943 г.), драматург понял, что в ней завершается и самый яркий период жизни его героя. «Третью часть писать не буду, — говорил он Б. В. Ромашову после обсуждения «Грозного» в Малом театре. — Это страшно. Это такой мрак. Крушение всех его надежд. Нельзя писать в такое время. Не подниму. После войны как-нибудь». Не желая показывать последние годы царствования и смерть Ивана IV, Толстой отказался от создания трилогии. Пьесы «Орел и орлица» и «Трудные годы» были объединены в драматическую повесть в двух частях «Иван Грозный».
Первые издания пьес А. Н. Толстого о Грозном во многом отличаются от окончательного текста драматической повести. По просьбе автора его произведение широко обсуждали в Институте истории Академии Наук СССР, в литературных и театральных организациях. Чутко прислушиваясь к мнению советской общественности, А. Н. Толстой несколько раз перерабатывал свое произведение.
Наиболее серьезным переделкам подверглась первая пьеса — «Орел и орлица».
В октябре 1943 года Толстой завершил работу над окончательным вариантом драматической повести «Иван Грозный». В новой редакции автор снял комические элементы в изображении бояр и значительно усилил их отрицательную характеристику. Благодаря этому была достигнута большая напряженность в развитии основного конфликта, ярче показана историческая правота Грозного в его борьбе с оппозиционным боярством. Переделывая дилогию, драматург стремился глубже раскрыть формирование характера Ивана IV, психологически более тонко обосновать постепенное превращение порывистого, страстного, доверчивого юноши в грозного государя. В последнем варианте драматической повести резче подчеркнуты абсолютистские устремления Ивана IV, утвердившего на Руси принцип неограниченной самодержавной власти. Более четкое освещение получила и внешняя политика Грозного, в образе которого А. Толстой оттенил теперь черты тонкого и дальновидного дипломата.
Дополнения и изменения, внесенные в образную ткань драматической повести, потребовали некоторой композиционной перестройки. Писателю пришлось перекомпановать отдельные картины, ввести ряд новых сцен и эпизодов.
В первом опубликованном варианте пьеса «Орел и орлица» состояла из девяти картин. При переделке Толстой исключил четвертую картину — «Двор баронской мызы под Ревелем», где было показано, как в беседе с пленным ландмаршалом Филиппом Беллом у Курбского созревает решение перейти на сторону польского короля Сигизмунда Августа. В окончательной редакции эта сцена заменена тремя новыми картинами: «Площадь в Полоцке» (картина четвертая), «Моленная в доме у Ефросиньи Старицкой» (картина пятая) и «Арка крепостных ворот. Бегство Курбского» (картина шестая).
Интересно, что в первоначальном варианте шестой картины Курбский отводил от себя обвинения в сговоре с польскими воеводами. Вот как звучал его диалог с Козловым:
«Курбский. Так ли все в Москве, Юрий Всеволодович, как ты говоришь? Царь гневен, что я войско потерял. А мало я городов повоевал ливонских — славы и чести его ради? Короли трепещут при имени моем! А мне — спросонья, среди ночи — натянув шубенку — дрожать от страха под воротами! Как в омут бросаюсь… Уж я и гол и нищ… Вам, холопам, живот дорог, нам — гордость честнее живота…