Многократно варьировал драматург картину вторую («Палата в Опричном дворце, Земский собор»). Особенно серьезной переделке был подвергнут первоначальный текст беседы Грозного с литовским послом Воропаем и концовка картины, которую автор дополнил сценой примирения царя с его ярым врагом — новгородским митрополитом Пименом. В то же время, перерабатывая десятую картину (казни в Новгороде), автор сократил полную ненависти к царю речь Пимена, оставив из нее лишь несколько реплик.
В процессе работы не раз менялся и замысел финала. В одной из черновых рукописей сохранился эпизод у царского шатра, которым Толстой вначале хотел закончить дилогию:
«Иван идет к шатру. Из шатра выбегает Анна, простоволосая, в темном платье. Взглянула на зарево, всплеснула руками и опустилась у ног Ивана.
Анна. Москва… Москва. Огонь. Огонь.
Иван поднимает ее на руки, приближает ее лицо к своему.
Иван. Зачем выбежала? Дитя неразумное… Поди ляг опять, укройся… Чего боишься? Я никуда не отойду… Я настороже… Анна, Аннушка… Открой глаза, покажи небо лазоревое… (Целует ее, несет в шатер.)
Голос сторожевого. Не спи… Не спи… Не спи…» (См. А. Н. Толстой, Поли. собр. соч, т. 10, стр. 704.)
В печатном тексте пьесы эта сцена отсутствует. Писатель исключил ее, чтобы показом личного счастья героев не снижать политического звучания финала.
Пьеса «Трудные годы», так же как «Орел и орлица», была впервые напечатана на правах рукописи («Искусство» М.—Л., 1943). Полностью драматическая повесть «Иван Грозный» опубликована в 11–12 книжке журнала «Октябрь» за 1943 год (вышла в свет в марте 1944 г.), причем при подготовке к следующему— отдельному изданию («Искусство», М. 1944) текст дилогии вновь подвергся некоторой переработке.
Драматическая повесть «Иван Грозный» построена на обширном документальном материале. Помимо трудов дореволюционных историков: Н. М. Карамзина (VIII и IX тома «Истории государства Российского»), С. М. Соловьева (VI том «Истории России с древнейших времен»), В. О. Ключевского («Курс русской истории» и «Боярская дума древней Руси») и книг советских ученых: Р. Ю. Виппера («Иван Грозный», 1922) и С. Ф. Платонова («Иван Грозный» и «Смутное время», 1923), писатель широко привлекал произведения самого Грозного и его современников, мемуары, записки, письма, летописные и фольклорные памятники эпохи. В работе над дилогией А. Н. Толстой использовал переписку Грозного с Курбским, «Послание Ивана Грозного в Кирилло-Белозерский монастырь 1573 г.», письма Ивана IV к плененному татарами воеводе-опричнику Василию Грязному, духовное завещание царя 1572 года, «Историю о великом князе Московском» А. М. Курбского, «О Москве Ивана Грозного» немца-опричника Генриха Штадена, «Сказания» Альберта Шлихтинга, «О государстве русском» Джильса Флетчера, «Псковские летописи», «Степенную книгу», «Домострой», сочинения Ивана Пере-светова и Ермолая Еразма и такие, более поздние трактаты, как «Юродство о Христе и Христа ради юродивые Восточной и Русской церкви» ключаря собора Василия Блаженного Иоанна Ковалевского. В художественной ткани дилогии нашли отражение и фольклорные материалы, взятые драматургом из сборников П. Симони, Кирши Данилова, П. Киреевского, П. Рыбникова, А. Григорьева, А. Гильфердинга, Н. Ончукова и других. Многие из названных книг с пометками писателя хранятся в его библиотеке.
Литературные памятники эпохи и произведения народного творчества подсказали А. Н. Толстому многие черты психологической характеристики Грозного. В мемуарах и письмах драматург находил интересные сведения об отношениях царя с опричниками и теми или иными представителями боярской оппозиции, существенные подробности быта и нравов того времени. Вместе с тем подбор материалов был в известной мере односторонним. Драматург широко использовал те документы, которые подтверждали сложившийся в его сознании образ царя-патриота и оставлял без внимания свидетельства бессмысленной жестокости властителя, болезненной мнительности Грозного.