Случилось так, что все дети Миндовга погибли в междоусобной борьбе. Был убит заговорщиками и его преемник великий князь Войшелк. Поэтому тевтонцы и выдвинули свои претензии. Сразу после завоевания Судовии ландмейстер Конрад фон Цирберг совершил первый набег на Литву. В 1284 году был разрушен Гродно.
На самом же деле литовские территории не могли удовлетворить все возраставшие аппетиты крестоносцев. В расчеты Тевтонского ордена входила также и оккупация польских земель. В этой разгорающейся борьбе Литва, по сути, являлась буферным государством. На территории Литовского княжества поляки, чье влияние все более возрастало на этих землях, вели борьбу с Тевтонским орденом руками литовцев.
В 1291 году пала последняя крепость крестоносцев в Палестине — Акра. Великий магистр Тевтонского ордена отплыл на корабле в Европу и обосновался в Венеции. В 1310 году великий магистр окончательно переносит свою резиденцию в Пруссию. С этого времени Прибалтика становится главной ареной деятельности Тевтонского ордена.
Военные походы в Литву и Польшу были введены в систему. Их организаторами обычно выступали ландмейстер, ландмаршал и пограничные комтуры. Началась непрерывная война, которая состояла из мелких и крупных набегов, стычек, засад, отступлений, пpeследований. Набеги с обеих сторон осуществлялись по одной схеме. Собиралось войско в количестве от нескольких десятков до нескольких тысяч воинов и отправлялось в поход на вражескую территорию.
Поход продолжался от 2—3 дней до нескольких недель, если участвовал большой воинский контингент. Целью этих набегов был захват одного или нескольких замков, разграбление окрестностей, сжигание жилищ, уничтожение либо пленение населения, угон скота.
Выигрывал тот, кто сумел сконцентрировать силы подальше от границы, неожиданно ударить и стремительно отступить с добычей и пленными. Соответственно, обороняющиеся стремились узнать либо предусмотреть время и направление вражеского удара, собрать в определенном месте значительные силы и нанести ему поражение во встречном бою либо в погоне.
Большую роль в этой пограничной войне играл фактор неожиданности. Войска собирались тайно. Район атаки держался в секрете. Иногда специально распускали слухи о намерении напасть на одну область, а направлялись совсем в другую. С обеих сторон существовала хорошо организованная служба пограничной охраны и разведки.
В целях тактической разведки использовались странствующие монахи и торговцы. Однако неожиданные нападения случались часто. Пока собирали войско для организации отпора, проходило много времени. С самого начала нападающие имели преимущество в инициативе. В том случае, если жители атакуемого района были предупреждены, они укрывались в замке со всем своим движимым имуществом. Но иногда, благодаря фактору неожиданности, атакующим удавалось захватить и замок.
Несмотря на постоянные войны, в те времена было невозможно концентрировать в одном месте значительные силы по той простой причине, что их невозможно было прокормить. В результате постоянных набегов между орденским государством, Польшей и Литвой образовалась практически незаселенная пограничная область. Жизнь в этой области была очень опасной — постоянно перемещались воинские отряды, бесчинствовали банды грабителей, на дорогах устраивались засады.
В конце XIII века вспыхнуло восстание пруссов в Натангии, Самбии и Судовии. Поляки поддержали повстанцев, однако крестоносцам удалось подавить это выступление почти в самом начале благодаря предательству одного из прусских аристократов.
В Ливонии тем временем разгорался конфликт между меченосцами и рижским архиепископом. Рижский магистрат заключил договор с великим князем литовским Витенем о совместной борьбе против меченосцев. Витень ввел свои войска в Ливонию и в 1298 году нанес сокрушительное поражение крестоносцам. В этом сражении был убит ливонский ландмейстер. И только весомая помощь кенигсбергского комтура вынудила литовцев отступить в пределы своего княжества.
Уже в 1303 году великий магистр Тевтонского ордена Готфрид фон Гогенлоэ принял решение перенести свою резиденцию из Венеции в Пруссию. Его выбор пал на Мальборк, или по-немецки Мариенбург. Перенос столицы в Пруссию был совершенно логичен, так как именно в Прибалтике для ордена открывались наилучшие перспективы.
Для завоеваний тут еще существовали огромные Просторы. В отличие от Палестины, Германия находилась совсем близко. Оттуда всегда поступала быстрая помощь. Однако из-за внезапной смерти Готфрид фон Гонеглоэ не успел осуществить свое намерение. Перенос резиденции Тевтонского ордена в Мариенбург был осуществлен его преемником Зигфридом фон Фойхтвангеном.