В творчестве Пейна периода американской революции и начала французской революции упоминание о религии встречается не часто. Для него в то время не эта тема была главной. И все же в своих социально-политических сочинениях Пейн выступил против господствующих религиозных взглядов и против церкви. Он отвергал как ложное утверждение сторонников монархии, будто разделение людей на монархов и подданных предопределено богом (18, стр. 26). По его убеждению, престолонаследие, как и первородный грех, есть не что иное, как нарушение воли всевышнего и естественных прав человека. Пейн разоблачал выдумку о божественном характере светской власти и критиковал самое существование государственной церкви: «К ключам святого Петра присоединились ключи казначейства, а изумленная и обманутая толпа обоготворила эту выдумку» (18, стр. 206).
На первых порах создается впечатление, что в этот период и в «Здравом смысле», и в «Американских кризисах», и в «Правах человека», и в других работах Пейн выступает как христианин. Именно эту мысль подчеркивает в наше время (в 1959 г.) американский историк А. Олдридж: «До „Века разума“ Пейн защищал религию в целом, включая и христианство; после „Века разума“ он отвергает христианство в пользу деизма, или религии природы» (43, стр. 229). Но это не так. Пейн уже в «Американском кризисе, VII» пишет о бессмысленности лозунга «за щитника веры» и не о христианстве, а о «религии человечества», т. е. религии, свойственной всем людям. Такая религия, согласно Пейну, как и все другие интеллектуальные права людей, принадлежит к их естественным правам. Это мыслитель утверждал в «Правах человека», т. е. в 1792 г. Здесь, очевидно, выступала идея бога деистов, а не бога христиан. В «Веке разума» Пейн вспоминает, что в течение нескольких лет собирался опубликовать свои мысли о религии, но, хорошо сознавая трудности, связанные с этим предметом, отложил осуществление замысла до более позднего периода своей жизни (см. 18, стр. 246). Такой период и наступил в разгар революции во Франции.
Именно во время революции реакционная роль французского духовенства обнаружилась во всей своей неприглядности. Сокрушение феодального строя оказалось здесь невозможным без разгрома такого его идеологического и экономического бастиона, как католическая церковь. Многие идеологи французской буржуазии, еще накануне революции критиковавшие церковь, не собирались совершенно уничтожить ее. Они стремились лишь подчинить церковь своим целям, заручиться поддержкой своей политики со стороны духовенства. Однако с самого начала революции, особенно же в 1791–1792 гг., духовенство выступило как орудие контрреволюции. Поэтому на него и обрушились удары революции. Антицерковное движение стало быстро перерастать в «дехристианизацию» и в антирелигиозное движение, был провозглашен культ разума и т. п. Вот в этот момент Пейн и опубликовал свою знаменитую книгу. Пришла пора принять активное участие в борьбе против традиционной религии, высказать свои взгляды, философские идеи. Вместе с тем Пейн, как и часть якобинцев во главе с Робеспьером, опасался и того, чтобы «при общем крушении предрассудков, ложных систем правительства и ложной теологии мы не потеряли из виду нравственности, человечности и той теологии, которая истинна» (18, стр. 247). В январе 1803 г. он писал Сэмюэлю Адамсу: «…французы безудержно мчались к атеизму, и я перевел и опубликовал на их языке свой труд, чтобы остановить этот их бег и привлечь их внимание к первому догмату… веры всякого человека, который вообще имеет какую-либо веру: я верю в бога» (17, т. II, стр. 1436). Пейн надеялся ослабить «атеистическую» деятельность, энергично проводившуюся теми же якобинцами, главным образом сторонниками Эбера.