И все-таки в 1488 году он явился предметом тайного следствия, руководимого Торквемадой, целью которого было доказать, что Гонсало Алонсо умер иудействующим еретиком.
Хуан Антонио Льоренте по этому поводу пишет: «Достаточно было, чтобы какой-либо обращенный еврей умер богатым и счастливым — тотчас пытались породить сомнения в его правоверности. Зложелательство по отношению к потомкам евреев было так же велико, как и стремление их преследовать и обогащать государственную казну их достоянием».
Леонар Галлуа в «Краткой истории инквизиции в Испании» развивает эту мысль: «Достаточно было, чтобы какой-то обращенный еврей оставил после себя богатство, как тут же инквизиция начинала использовать все возможные средства, чтобы доказать, что он был иудеем-еретиком, чтобы опозорить его память, конфисковать его имущество, эксгумировать его останки, чтобы придать их костру, а также лишить его детей всех отличий. Такова была цель Торквемады в отношении этих двух прелатов».
Дело Гонсало Алонсо вели инквизиторы Вальядолида и епархиальный епископ (им был тогда епископ Паленсии). Но дон Педро де Аранда побывал в Риме и получил от папы Александра VI бреве от 13 августа 1493 года, которым это дело передавалось в руки дона Иньиго Манрике де Лара, епископа Кордовы, и Хуана де Сан-Хуана, приора бенедиктинского монастыря в Вальядолиде. Они должны были произнести приговор по делу Гонсало Алонсо и велеть исполнить его, причем инквизиторы и епархиальный епископ не имели права этому противодействовать или апеллировать против вынесенного приговора. Последствия этого решения были благоприятны для Гонсало Алонсо.
Его сын, дон Педро де Аранда, достиг такой степени уважения со стороны папы, что был назначен главным мажордомом папского дворца. А в 1494 году папа отправил его в Венецию в качестве посла. Но даже эта исключительная милость не остановила пыла инквизиции, которая продолжала начатый против него процесс.
Дон Педро де Аранда представил сто одного свидетеля, но так неудачно, что каждый имел что-либо показать против него в том или другом пункте. Судьи сделали доклад папе 14 сентября 1498 года, за два дня до смерти Торквемады, и верховный первосвященник присудил епископа к лишению должности и бенефиций, к снятию епископского сана и к возвращению в состояние мирянина. Он был заключен в замок Сант-Анджело и умер там некоторое время спустя.
Леонар Галлуа в своей «Краткой истории инквизиции в Испании» констатирует: «Почти всегда интриги обеспечивали инквизиторам успех в их начинаниях; кроме того, они не боялись предпринимать несправедливые действия каждый раз, когда это было выгодно их деспотизму».
А вот мнение Хуана Антонио Льоренте по этому поводу: «Несмотря на это формальное осуждение, я не думаю, чтобы дон Педро де Аранда был повинен в преступлении, в котором его обвиняли, потому что мне кажется невероятным, как он мог, в противном случае, так долго пользоваться репутацией хорошего католика и исключительным образом стяжать такое всеобщее уважение, что королева Изабелла назначила его председателем совета Кастилии. Его забота по созыву синодального съезда в епархии доказывает ревность Аранды к чистоте веры и догмата».
Реакция папы Александра VI
Жесткость и решительность Торквемады поразили даже папу Александра VI, но, боясь поссориться с Изабеллой и Фердинандом, он до поры до времени не принимал никаких мер, хотя получал регулярные жалобы на действия инквизиции в их королевстве.
Как видим, Торквемада сделал инквизицию такой, какой она стала, и никто, даже очень могущественный, даже Александр VI, не мог остановить его. И все потому, что генеральный инквизитор был более грозным ревнителем веры, чем сам римский папа.
Тем не менее Александр VI, встревоженный действиями Торквемады, предложил Изабелле и Фердинанду назначить ему «в помощь» других инквизиторов. В трудную минуту помощь ценнее золота. Но помощь — понятие растяжимое, как, впрочем, и благодарность за нее. В данном случае «помощь» Александра VI подразумевала его желание хоть как-то ослабить единоличную власть генерального инквизитора.
Манюэль де Малиани в «Политической истории современной Испании» утверждает, что Александр VI (которого он, кстати, называет «гнусным Борджиа»), «испугавшись возмущения, поднимавшегося со всех сторон, хотел лишить генерального инквизитора данной ему власти».