Однако главная опасность для Наджибуллы пришла с севера. Там произошел всплеск национальных чувств, эксплуатируемый честолюбивыми, рвущимися к власти политиками. Попытки по-прежнему диктовать свои условия со стороны пуштунов натолкнулись на организованное сопротивление представителей национальных меньшинств в Вооруженных силах. А началось с того, что Наджибулла попытался сместить со своего поста командира дислоцирующейся в Хайратоне 70-й мбр МГБ генерала Мумина (таджика) и назначить на его место пуштуна. Сторонники Мумина, представленные командирами различных частей и подразделений, открыто выступили против проводимой руководством страны пуштунизации офицерского состава на севере Афганистана.
Для разрешения возможного конфликта Наджибулла пригласил Мумина, а также командиров 53-й и 80-й пд (А. Р. Дустома и Саид Мансура Надери), выражающих интересы национальных меньшинств, в Кабул. Но они отказались принять это приглашение. Не удалось восстановить взаимоотношения и после посещения Мазари-Шарифа высокопоставленными должностными лицами из числа высшего руководства государства и Вооруженных сил.
Ситуация еще больше осложнилась после того, как во второй половине 7 февраля в результате теракта в Кабуле был тяжело ранен выстрелом из пистолета бывший председатель Совета министров РА, один из лидеров хазарейского меньшинства С. А. Кештманд. Появились слухи о причастности спецслужб к этой акции, что привело к дальнейшей эскалации конфликта на севере Афганистана и резкому обострению обстановки в самой стране. Ведь накануне покушения С. А. Кештманд в интервью корреспонденту Би-Би-Си заявил, что страна только тогда будет единой и мирной, когда будут гарантированы права нацменьшинств и пуштунское руководство разделит власть с другими, и призвал ООН выступить в качестве гаранта данных условий. Кроме того, органы МГБ располагают данными о его активных контактах с представителями национальных меньшинств севера РА, выступающих против политики пуштунизации, проводимой президентом Наджибуллой.
Участились вооруженные столкновения между подразделениями 53-й, 80-й пд, с одной стороны, и верными президенту Наджибулле войсками — с другой. Практически прекратилось сообщение по дороге Хайратон — Кабул, северный участок которой находился под контролем Дустома и Надери.
В северных провинциях сохраняется вооруженное противостояние между воинскими формированиями нацменьшинств и войсками, выступающими на стороне руководства Афганистана.
С утра 13 февраля в уезде Арча провинции Джаузджан подразделения 4-й бр МВД атаковали позиции 53-й пд (узбекской). С обеих сторон имеются потери в живой силе и технике. По докладу полевых командиров ИОА в штаб-квартиру в Пешаваре, группа сторонников президента якобы арестовала в Хайратоне командира 70-й мбр МГБ генерал-майора Мумина. В связи с чем командир 53-й пд генерал-полковник Дустом заявил о прекращении сотрудничества с Наджибуллой.
С утра 14 февраля подразделения 511-й пбр из состава 53-й пд начали обстрел штаба и военного городка 525-й пгбр, дислоцирующейся в Даулатабаде (провинция Фарьяб). В провинциях Джаузджан и Бапх в состоянии полной готовности к отражению возможных нападений со стороны верных президенту войск находятся части 53-й и 80-й пд. Над их районами расположения выполняют демонстрационные полеты боевые самолеты ВВС РА…
Непростое положение стало складываться и в других районах Афганистана. В частях и соединениях 2-го АК, составляющего основу группировки правительственных войск на юге, резко снизился морально-боевой дух младшего командного и рядового состава, 80 % из которых были укомплектованы представителями нацменьшинств севера. Участились случаи массового отказа военнослужащих от участия в боевых действиях. Лидер ИОА Б. Раббани направил руководителю панджшерской группировки А. Ш. Масуду указание обратиться к командиру племенных соединений (53-й, 80-й пд, 70-й мбр МГБ) выступить единым фронтом против режима Наджибуллы.
Командиры племенных пуштунских подразделений стали устанавливать контакты с оппозицией с целью организации противодействия возможным вооруженным выступлениям нацменьшинств.
Таким образом, национальные корни оказались самыми прочными, превзойдя и идеологические, и исламские. Наджибулла попытался найти выход из создавшегося положения путем объединения усилий с пуштунскими силами из оппозиции и поиска компромисса на национальной основе. В частности, он искал союза с Г. Хекматияром с целью не допустить раскола Афганистана в связи с сепаратистскими настроениями народов РА, а также желанием сохранить в стране господствующее положение пуштунов. Стали поступать сведения о контактах сторонников Наджибуллы с Г. Хекматияром: