В своей служебной деятельности Ахромееву приходилось нередко решать важнейшие государственные вопросы в критических экстремальных условиях. У деятеля такого масштаба не все шло тихо и гладко. Мало кому известно, что он был против ввода войск в Афганистан, куда был потом направлен для оперативного руководства в должности первого заместителя начальника Генерального штаба. В Афганистане, который граничил с СССР, в 1970-х годах был совершен правительственный переворот офицерами, ранее учившимися в советских военных училищах. Они стали учить афганцев социализму, который народ Афганистана не принял. Наши партийные идеологи (Суслов, Пономарев) в Афганистане видели еще одну будущую социалистическую страну, «перепрыгивающую» из феодализма в социализм. Положение в Кабуле было крайне неустойчивым, и новое правительство (Тараки. Амин) обратилось к Косыгина, а затем к Брежневу о присылке советских войск в Афганистан. Просьба была отклонена.
Позже по каким-то обстоятельствам Громыко, Устинов и Андропов заколебались в Афганском вопросе. И кто именно, Андропов или Устинов, изменил свою точку зрения и сказал «да» в пользу ввода войск, можно сегодня только догадываться. Ясно, что они уже вдвоем «дожали» Громыко. Чего они боялись? Или присутствия впоследствии США в Афганистане у границ СССР или опасности «потерять» перспективную социалистическую страну? Может, того и другого. Решение было окончательно принято вечером 12 декабря 1979 года узкой группой высших руководителей (5–6 членов Политбюро), решение по существу антиконституционное, которое затем без всякого обсуждения принято на Пленуме ЦК КПСС в июне 1980 года. Об этом пленуме члены ЦК не любили вспоминать.
Вот оценка Ахромеевым тех событий: «Война в Афганистане нанесла ущерб авторитету советских Вооруженных сил. Им была поставлена неправомерная и нереальная задача — военным путем заставить народ, численностью 17 миллионов человек, подчиниться непопулярному правительству, опирающемуся во многом на советские штыки. Задача эта оказалась невыполнимой в принципе. Она была непосильна и армии численностью 75 тыс. человек, увеличенной затем до 108 тыс. Советским войскам пришлось втянуться в дсвятилетнюю кровавую авантюру. Авантюра срывалась и выплывала наружу, правда за авантюру следовало отвечать, требовалось найти виновника. В лице армии искали «козла отпущения».
В должности начальника Генерального штаба маршал Ахромеев координировал усилия всех округов по ликвидации последствий чернобыльской катастрофы и был ведущим организатором этих невиданных по своему масштабу и сложности работ в условиях радиации.
Какого напряжения, каких организаторских усилий требовало от него все то, что предстояло сделать в сжатые сроки в Чернобыле! Сосредоточить из военных округов необходимую группировку войск, оснастить ее техникой, создать нормальные бытовые условия для личного состава. О чернобыльской трагедии Ахромеев напишет: «Ее первый день отпечатался в моей памяти, как начало войны с фашистской Германией — 22 июня 1941 года. За мою жизнь были две всенародные трагедии, в которых мне пришлось активно участвовать, — Великая Отечественная война и чернобыльская катастрофа. Та и другая затронули целиком весь народ. Обе они произвели переворот в умах и душах советских людей. Мне пришлось на первые две недели переселиться в здание Министерства обороны, здесь не только работать, но и жить». После оценки обстоятельств этой тяжелой аварии Генеральным штабом был разработан широкомасштабный план действий по ликвидации ее последствий и оказанию помощи населению. Предстояло крупное мобилизационное развертывание войск с их перевозкой по воздуху и железной дороге в район бедствия практически со всей европейской части страны. Тогда из запасов Вооруженных сил и государственных резервов изымались любые средства и ресурсы для обеспечения работ и размещения ликвидаторов аварии. Уже к середине мая группировка военных насчитывала свыше 30 тысяч человек и свыше 5 тысяч единиц специальной техники. В короткие сроки было эвакуированы 50-тысячное население города Припять и жители населенных пунктов, попавших в зону заражения, всего свыше 120 тысяч человек». Ахромеев вместе с академиками Александровым и Велиховым на месте решали сложнейшие вопросы выхода из ситуации. В реакторе оставалось более 180 тонн урана, и последствия могли быть ужасными.
Мне позже пришлось в течение трех месяцев возглавлять в Украинской зоне 35-тысячную группировку войск из девяти военных округов, которые занимались дезактивационной работой на разрушенном энергоблоке и в населенных пунктах. Для ликвидации последствий аварии ежедневно привлекалось около пяти тысяч машин и различных механизмов. Все бригады и полки были хорошо обустроены, ни в чем не испытывали нужды. И немалая заслуга в этом С.Ф. Ахромеева. Сейчас такое при необходимости осуществить не представляется возможным даже в самом приближенном виде.