По конспиративным данным разведки, действия Скорцени имели отношения и к событиям, происходившим в Венгрии. Правителем (регентом) Венгерского королевства был Миклош Хорти. Он одним из первых среди союзников Гитлера осознал неотвратимость поражения стран оси в войне и уже с 1942 года начал секретные переговоры с союзниками. В том же 1942 году Миклош Хорти, ссылаясь на свой возраст, добился учреждения поста заместителя регента. Им стал его старший сын — Иштван. Но эта политическая расстановка сил не устраивала Берлин. 38-летний Иштван был известен как человек, отвергающий национал-социалистические идеи. Против него развернули кампанию профашистские круги в Венгрии — Ф. Салаши и Б. Имреди. Молодого Хорти обвиняли в дружбе с «еврейско-английскими кругами». А имперский министр пропаганды Геббельс, внимательно следивший за событиями в Венгрии, записал в своем дневнике, что избрание сына Хорти заместителем отца станет «большим несчастьем», ибо тот «еще больше симпатизирует евреям, чем его отец». На следующий день после избрания Иштвана Хорти заместителем регента на него было совершено покушение. А 20 августа 1942 года военный летчик и политик Иштван Хорти погиб в авиакатастрофе при невыясненных обстоятельствах. Его вдова была убеждена, что в организации «несчастного случая» с целью устранения Хорти-млaдшего были причастны диверсионные организации гитлеровцев.
В марте 1944 года Миклош Хорти был вынужден дать согласие на ввод в Венгрию немецких войск, а с ними и войск СС, которые начали депортацию евреев и цыган. При приближении советских войск к границам Венгрии Хорти сместил в августе 1944 года прогерманское правительство Стояи и назначил премьером генерала Гезу Лакатоша. В октябре 1944 года правительство Хорти объявило о перемирии с СССР. Однако вывести свою страну из войны Хорти, в отличие от короля Румынии Михая I, не удалось. 10 октября Отто Скорцени организовал похищение коменданта Будапешта — генерала Бакаи, на следующий день — командующего венгерской Дунайской флотилией Харди, необходимо было захватить и Миклоша Хорти-младшего.
15 октября 1944 года, нацистская Германия начала операцию «Панцерфауст» (известную как операция «Микки Маус»). В рамках этой операции Миклоша-младшего заманили в ловушку и похитили немецкие «коммандос» во главе с Отто Скорцени, которые угрожали убить его, если отец не выполнит требования Германии. Отец выполнил все требования (Хорти-младший пережил войну). На следующий день Скорцени организовал штурм правительственной резиденции. Во главе батальона эсэсовцев-парашютистов он ворвался в здание. Под дулом винтовки заставил премьера, генерала Лазара отдать приказ о сдаче гарнизона. Он подчинился, но тут же пустил себе пулю в лоб. Правительство лишилось охраны и было свергнуто. Новое правительство продолжило войну. Так в Будапеште произошел поддержанный Германией государственный переворот — адмирал Хорти передал власть лидеру фашистской прогерманской партии Ференцу Салаши и был вывезен в Германию, где содержался под арестом вместе с женой, невесткой и внуком, а похищенный Миклош Хорти-младший был помешен в лагерь Дахау. Сам Скорцени признавал: узнав, что венгерский регент-правитель намеревается покинуть лагерь стран оси, «мы выкрали Миклоша Хорти 15 октября, погрузив его в машину, как тюк, — завернутым в огромный ковер. После этой акции я получил еще один Золотой крест». Однако Скорцени забыл упомянуть, что он получил не только «Золотой рыцарский крест», но и звание оберштурмбаннфюрера СС.
Благодаря успешным и громким операциям популярность Скорцени росла. О нем заговорили как о «самом опасном человеке в Европе». Тенденция преувеличивать заслуги Отто Скорцени существует и сегодня: так, американский журналист и историк Хантон Доунс в своей новой книге обвинил его в убийстве Гленна Миллера! Ранее считалось, что Миллер погиб в авиакатастрофе над Ла-Маншем или был сбит, когда 15 декабря 1944 года на одномоторном самолете вылетел с британской авиабазы в Париж, чтобы подготовить рождественское выступление своего оркестра в зале «Олимпия». Однако Доунс утверждает, что Миллер направился во Францию с секретной миссией: он якобы должен был перейти линию фронта и передать командующему Западным фронтом Карлу Рудольфу Герду фон Рундштеду предложение о прекращении огня. Но Миллеру не удалось выполнить миссию, так как в Париже он был схвачен Отто Скорцени. Музыканта пытали в одном из парижских борделей на площади Пигаль, а затем, практически бездыханного, выбросили на улицу, где он и скончался. Нацисты же распространили по Парижу слух, что Миллер умер от сердечного приступа, когда был у одной из проституток.