Должность заместителя фюрера включала обязанности, которые Гесс исполнял еще будучи секретарем Гитлера. Его задача состояла в том, чтобы представлять позицию партии в государственных и законодательных органах с тем, чтобы «все полнее осуществлялись требования национал-социалистического мировоззрения». Направляя и представляя таким образом партию от имени фюрера, он выступал в роли некоего чиновного лица, к которому «со своими проблемами имел право обратиться каждый друг германского народа и мог ожидать от него совета и помощи». С этой целью Гесс создал в Берлине организацию сродни министерской, которая в отдельных случаях исполняла функции того или иного министерства. Гесс также налаживал связи с немецкими кругами за границей, он утверждал, что особые функции национал-социалистического государства состоят в том, чтобы положить конец пренебрежению к кровным узам, связующим немцев дома с немцами за границей, и с полной политической отдачей использовать обе части германской диаспоры для достижения ощутимых результатов. Президентом организации, занимавшейся иностранными вопросами — «Народного союза германской диаспоры за границей» (ВДА) — Гесс назначил Карла Хаусхофера. Под вывеской культурного обмена он формировал нацистские «базы» в малых группах немецкого населения соседних стран; это нужно было для поддержания внутреннего накала, необходимого для оказания в нужный час помощи германской внешней политике.
Для решения внутренних проблем Гесс создал отделы государственного права, искусства и культуры, а также печати (под руководством своего адъютанта Альфреда Лейтгена), образования, еще один для высших учебных заведений; отделы по занятости, финансам и налоговой политике, по «всем вопросам технологии и организации» (под началом доктора Фрица Тодта, так называемую «организацию Тодта», прославившуюся строительством автострад и монументальных оборонных комплексов и протянувшую щупальца во все сферы германской промышленности). Еще один отдел «по практическому решению технических вопросов» был создан под руководством Тео Кронейсса, директора самолетостроительной компании «Мессершмитт», которого Гесс знал со времен службы в летных частях в годы Первой мировой войны; а еще он открыл важный департамент народного здравоохранения с двумя вспомогательными службами: «по расовой политике» и «по исследованию родства», функция которой состояла в выявлении еврейской крови. К 1939 году подобных отделов насчитывалось более двадцати. А должность начальника по кадрам для управления всей этой огромной империей Гесс назначил Мартина Бормана — того, кто после провала «миссии Гесса» в мае 1941 года был назначен начальником партийной канцелярии и использовал этот пост как трамплин, чтобы постепенно, шаг за шагом, войти в доверие к Гитлеру, оттеснить соперников в борьбе за власть — и стать правой рукой Гитлера, занять место, которое занимал Рудольф Гесс. Но это было делом будущего.
Являясь министром без портфеля, Гесс входил в кабинет Гитлера, теоретически бывший высшим советом государства; будучи заместителем, он был вторым в высшем совете партии. Однако окончательные решения принимались Гитлером, и со временем эта тенденция к самостоятельному принятию решений только усиливалась. Причем в этом Гитлер руководствовался лишь собственным мнением. Гесс же, по словам его личного адъютанта Альфреда Лейтгена, был одержим лишь одной мыслью — быть преданным проводником идей Гитлера, быть «совестью партии».
Со стороны все выглядело иначе. Посторонним людям он казался безвольным и слабохарактерным. Министр финансов фон Кросик называл его «самой бесцветной фигурой в непосредственном окружении Гитлера», «по своему положению он должен был направлять и объединять воедино его [Гитлера] приверженцев, но был не центром гравитации, а скорее вакуумом». Ганс Франк писал, что в своих взглядах и в поведении Гесс был абсолютно чист, но, охваченный ревностью, с завистью смотрел на Геринга, восходящая звезда которого как реального «второго лица» в рейхе и партии начала затмевать номинального заместителя. Австралийский историк Стивен Робертс в 1937 году отмечал, что Гесс, как личность, не слишком впечатлял: «Согласный блистать отраженным светом своего фюрера, он выжал свой собственный свет до капли и действительно стал заменителем (заместителем) своего вождя». А подчиненный Гесса, Боль, в 1945 году писал, что Гесс «был искренним идеалистом, самым искренним идеалистом во всей Германии». Альфред Лейтген же объясняет поведение Гесса тем, что как заместитель фюрера Гесс стоял перед выбором: играть сильную личность и проявлять волю или, как он часто говорил ему, делать скидку на то, что не может идти против всех рейхсляйтеров и гауляйтеров и провоцировать гражданскую войну. Гесс полагал, что не имеет права ставить Гитлера в такую ситуацию; по его мнению, лучше было шаг за шагом претворять в жизнь его идеи в отдельных областях, представлявших особый интерес.