На третьем уровне, сразу после выхода из лифта на Скалу нападают роботы-охранники из соседней комнаты техобслуживания. Только у двоих роботов помощников имеются миниганы, и то с небольшим количеством патронов, поэтому роботы не представляют никакой опасности Максвеллу.
Как только Скала расправился с роботами, в соседнюю комнату-хранилище, заходит один из супермутантов по имени Сид Вишес, оставив дверь-люк открытым. Зайдя на склад Максвелл убивает его из лазерного ружья.
Напротив хранилища убежища находится казарма с четырьмя находящимися там супермутантами. На складе есть ещё один люк, ведущий в комнату управления убежищем, точней то, что от него осталось после захвата армией мутантов. Заселившись, они завалили комнату смотрителя, прорубив в стене комнате управления проход, ведущий к Создателю. Здесь, в комнате управления, на Скалу нападают несколько супермутантов с детьми собора. Зачистив уровень, Максвелл, не решившись встретиться с Создателем, обследует казармы, где находит люк-дверь, ведущий к лифту, на котором спускается ещё ниже.
Пройдя по длинному коридору вдоль лифта, Скала взламывает единственную дверь и тут же получает массивным кулаком от супермутанта в челюсть и пару плазмы в грудь — благо силовая энергоброня братства стали справляется с таким хамским отношением к ней. Разобравшись с двумя супермутантами, Максвелл находит в комнате ядерную боеголовку, подключённую к компьютеру. Набрав несколько символов на компьютере, он активизирует режим уничтожения боеголовки через несколько минут. Выбегая из собора и не забыв своих напарников, Скала наблюдает вместе с ними подземный ядерный взрыв, уничтожающий Собор вместе с Создателем, его мутантами и детьми. Уничтожив Создателя, Скала уничтожил единственный путь возникновения мутантов.
Подойдя к своему убежищу номер 13 и поговорив по удалённой связи со смотрителем, Максвелл начинает понимать, что просто так он не пройдёт в убежище: ко входу выходит сам смотритель:
— Сделанное тобой великолепно. Невообразимо! Я так горд твоими свершениями. Люди убежища никогда не смогут тебя отблагодарить за спасение их жизней. Кто знает, может быть это было даже спасение всего человечества. — смотритель вздыхает. — Это даже несколько затрудняет дело. Все захотят поговорить с тобой. Каждый подросток захочет быть похожим на тебя. Станет подражать тебе. И что тогда? Они захотят уйти. Что случится с Убежищем, если мы потеряем новое поколение? Что если это — единственное безопасное место в мире? Я не могу рисковать снова потерять все эти молодые жизни. Я уже принял много тяжёлых решений с тех пор, как я занял этот пост. Но ни одно из них не было таким тяжёлым как это. Ты наше спасение, и ты же — наша погибель. Мне очень жаль. Ты — наш герой…, но тебе придётся уйти.