Раздавленная только что учинённым военным погромом Испания опять вспыхнула перебегающим по всей стране и не погасающим огнём крестьянских и городских восстаний. Неуловимый, неустрашимый, из земли появляющийся и под землю уходящий народ продолжал задерживать в Испании половину великой армии, 300 тысяч человек лучшего наполеоновского войска. Но другая половина спешно готовилась императором к новой тяжёлой войне с Австрией. Он приказал произвести во Франции новый досрочный набор, который дал ему 100 тысяч человек. Кроме того, он велел подчинённым ему государствам Германии выставить ещё 100 тысяч солдат и отдать их ему для войны. Это было беспрекословно исполнено. Затем он выделил больше 110 тысяч старослужилых солдат, на которых мог особенно положиться, и 70 тысяч из старых солдат отправил в Италию, где тоже нужно было ждать нападения австрийцев.
Итак, у него к весне 1809 г. было в руках несколько больше 300 тысяч солдат, которых он мог бросить против Австрии. Но и Австрия собирала все свои силы. Австрийский двор, аристократия, среднее дворянство — инициаторы этой войны — были единодушны; даже венгерское дворянство было на сей раз вполне верно «короне»: нужно было защищать и укреплять общее священное для них благо — крепостное право, которое было так страшно урезано географически и расшатано политически в трёх войнах 1796–1797, 1800 и 1805 гг., когда была разгромлена австрийская армия и лучшие земли монархии Габсбургов отошли к Франции. Промышленная буржуазия, которая выигрывала от континентальной блокады, была ещё (если не считать Чехии) сравнительно очень незначительна в Австрийской монархии; буржуазия торговая и вся потребительская масса страдали от блокады. Война, затеянная австрийским двором в 1809 г., была популярнее, чем любая из трёх предшествовавших войн с Наполеоном. «Луч солнца блеснул, наконец, из Испании», — повторяли в Австрии и в Германии на все лады…
Весь мир замер в ожидании. Наполеон с тремя лучшими маршалами, Даву, Массена и Ланном, стоял в боевой готовности. Он ждал, чтобы Австрия «напала» первая, потому что это давало ему лишний аргумент в важном начатом в Эрфурте, но не оконченном споре с Александром: он ещё надеялся на выступление России против Австрии. 14 апреля 1809 г. австрийский эрцгерцог Карл, лучший австрийский генерал, вторгся в Баварию. «Через два месяца я заставлю Австрию разоружиться и тогда, если будет нужно, совершу снова путешествие в Испанию», — сказал Наполеон, уезжая на войну.
Он, конечно, мало полагался на 100 тысяч подневольных немцев, которые численно составляли теперь треть его армии, он знал, какие великолепные, закалённые в боях корпуса остались в Испании и какие потери ветеранами несёт там французская армия. И не только он это знал. Австрийцы действовали на этот раз с небывалой смелостью и силой. Первое большое сражение произошло при Абенсберге в Баварии. Австрийцы были отброшены, потеряв при этом больше 13 тысяч человек. Но дрались они очень храбро, гораздо лучше, чем при Арколе, чем при Маренго, чем при Аустерлице. Вторая битва — при Экмюле 22 апреля — кончилась новой победой Наполеона. Эрцгерцог Карл был отброшен за Дунай, понеся тяжкие потери. Затем маршал Ланн, завершая манёвр, приступом взял Регенсбург. Наполеон, руководивший осадой, в разгаре боя был ранен в ногу. С императора сняли сапог, сделали наскоро перевязку, и он сейчас же велел посадить себя на лошадь и строго воспретил говорить о своей ране, чтобы не смутить солдат. Въезжая во взятый Регенсбург, он, улыбаясь, отдавал честь приветствовавшим его полкам, скрывая страшную боль. Эти бои под Экмюлем и Регенсбургом стоили австрийцам ещё около 50 тысяч человек убитыми, ранеными, пленными, пропавшими без вести. В пять дней Наполеон выиграл пять кровопролитных битв.
Перейдя через Дунай и продолжая преследовать отступавшего Карла, Наполеон нагнал его в Эберсберге и здесь снова разбил его и отбросил. Наполеон при этом сжёг город, причём часть населения (австрийцы утверждали, что половина населения) сгорела живьём. «Мы шли по месиву из жареного человеческого мяса», — говорит о прохождении французской кавалерии через развалины Эберсберга генерал Савари, герцог Ровиго. В этой покрывавшей улицы каше даже вязли копыта лошадей. Это произошло 3 мая. 8 мая Наполеон уже снова, как в 1805 г., ночевал во дворце австрийского императора в Шёнбрунне, а 13 мая бургомистр Вены поднёс императору ключи от австрийской столицы. Кампания, казалось, идёт к быстрому концу. Но Карл, спасая армию, успел перебросить её через венские мосты на левый берег Дуная, после чего сейчас же сжёг мосты. Наполеон решился на необычайно трудную операцию. Примерно в половине километра от венского (правого) берега на Дунае начинается отмель, ведущая к острову Лобау. Наполеон решил навести понтонный мост до этой отмели, переправить туда главные силы своей армии, поредевшей от битв и от оставления гарнизонов по пути, а затем уже без труда переправиться с этого острова через узенький рукав реки, отделяющий Лобау от левого (северного) берега Дуная. 17 мая переправа на Лобау совершилась. Затем Наполеон велел навести понтонный мост через узкий рукав, с острова на левый берег. Первым переправился корпус Ланна, вторым — корпус Массена. Оба маршала заняли две близлежавшие деревушки, Асперн и Эсслинг. И тут-то уже перешедшие корпуса и двигавшиеся за ними другие части французской армии подверглись нападению эрцгерцога Карла, разгорелась яростная битва, и, когда Ланн с кавалерией бросился рубить отступавших в полном порядке австрийцев, вдруг подломился мост, соединявший правый (венский) берег с островом, и французская армия внезапно лишилась непрерывно до той минуты подвозимых снарядов. Наполеон велел Ланну немедленно отступить. Отступление совершалось с боем, с большими потерями. Во время боя в маршала Ланна попало ядро, раздробившее и почти оторвавшее обе ноги. Он умер на руках Наполеона, на глазах которого во второй раз увидели слёзы. Французская армия ушла обратно на Лобау, и сколько бы Наполеон ни утешал себя тем, что французы потеряли в этой битве всего 10 тысяч человек (а на самом деле гораздо больше), эрцгерцог Карл — 35 тысяч (на самом деле около 27 тысяч), но факт поражения и отступления был на этот раз налицо. Это произошло 21 и 22 мая.