Гогенлоэ с толпой бегущих успел уйти и стремился попасть к Наумбургу, где рассчитывал найти нетронутую главную часть армии, единственную, на которую теперь можно было рассчитывать. При этой второй части армии, шедшей под командованием герцога Брауншвейгского, находился и сам король Фридрих-Вильгельм. И вдруг к беглецам, убегающим из-под Иены, вечером и ночью совсем неожиданно стали присоединяться другие беглецы, рассказывавшие о том, какое новое несчастье обрушилось на Пруссию. Оказалось, что герцог Брауншвейгский, не дойдя до Наумбурга, остановился близ Ауэрштедта, в двух с небольшим десятках километров от Иены. Здесь и произошло столкновение с маршалом Даву, и сюда во время битвы до сражавшихся всё время долетали отдалённые, тогда ещё непонятные во всём их значении, звуки артиллерийской пальбы. Несмотря на недостаток сил (Даву имел всего один корпус, так как поддержки Бернадотта он не получил), главная часть прусской армии была наголову разбита. Сам герцог Брауншвейгский пал, смертельно раненный, в разгаре боя. Так остатки этой армии, как сказано, смешались в своём бегстве с беглецами первой армии, убегавшими из-под Иены и Веймара.
Король узнал, таким образом, от беглецов из-под Иены, что в один этот день, 14 октября, разгромленная в двух сражениях Наполеоном и маршалом Даву, почти вся прусская армия перестала существовать. Этого решительно никто в Европе, даже из злейших врагов Пруссии, не ожидал так скоро — через шесть дней после вторжения Наполеона.
Совсем неслыханная и никогда ранее не испытанная паника овладела беглецами, когда они, поделившись вестями, узнали теперь, что всё погибло и что никакой армии больше нет.
2
Бегство остатков прусской армии происходило в ещё большем смятении. Французы продолжали преследование и собирали по пути громадные обозы с провиантом, экипажи, лошадей, артиллерию, вполне годную к употреблению, — всё, что беглецы бросали по дороге. Наполеон шёл прямо на Берлин. По пути он приказал занять герцогство Гессен-Кассель, объявил тамошнюю династию, низложенной, занял Брауншвейг, занял Веймар и Эрфурт, Наумбург, Галле, Виттенберг. Князь Гогенлоэ уходил от него на север, собрав под своей командой около 20 тысяч солдат разных корпусов, почти безоружных, деморализованных, не повинующихся офицерам.
Убегая на север, армия с каждым днём уменьшалась в числе — за нею гнался Мюрат с кавалерией. За Пренцлау, на дороге в Штеттин, Гогенлоэ был окружён со всех сторон и должен был капитулировать. За несколько дней до того маршалу Ланну без сопротивления по первому требованию сдалась сильная крепость Шпандау с огромными военными припасами, а спустя несколько дней после сдачи Гогенлоэ генерал Ласаль во главе гусар подошёл к Штеттину, грозной крепости с прекрасной артиллерией и большим гарнизоном (больше 6 тысяч человек), причём съестных припасов в крепости было в изобилии. Могучая твердыня, защищаемая обильной артиллерией, без единого выстрела сдалась по первому требованию гусарскому генералу, при котором не было ни одной пушки. Паника, самая беспросветная, как-то сразу и повсеместно овладела генералитетом, офицерами, солдатами погибающих остатков прусской армии. От хвалёной дисциплины не осталось и следа, прусские солдаты тысячами шли сдаваться французам. Но и генералы и офицеры проявили такой упадок духа, который даже их победителям казался чем-то совсем небывалым. Как будто это были не те люди, которые всего за две недели до этого так гордо и самоуверенно собирались покончить с Наполеоном.
27 октября 1806 г., через 19 дней после начала войны и через 13 дней после битвы при Иене и Ауэрштедте, Наполеон в сопровождении четырёх маршалов, конных гренадер и гвардейских егерей торжественно въехал в Берлин. Бургомистр города сдал Наполеону ключи от столицы и просил пощадить Берлин. Наполеон приказал, чтобы магазины были открыты и чтобы жизнь шла нормально. Население встречало императора боязливо, с почтительными поклонами и оказывало беспрекословное подчинение.