Благодаря воскресшим надеждам на освобождение Польши от прусского господства, а в будущем и от австрийского владычества при перспективе «воссоединения» Литвы, Белоруссии и Украины французскую армию принимали в Польше с распростёртыми объятиями. В Познани маршалу Даву устроили триумфальный приём. Всюду в этой провинции, даже там, куда ещё не проникали французские войска, прусские власти были смещены и заменены поляками. Руководящую роль в начале движения против Пруссии сыграл вернувшийся из Франции участник восстания Костюшко, Выбицкий.
Движение в стране против пруссаков начало постепенно подниматься. Сначала среди формируемых войск преобладает дворянское ополчение, но уже в конце января 1807 г. на фронте на путях к Данцигу появились регулярные полки, «легия», генерала Домбровского, возвратившегося из Италии. В феврале 1807 г. насчитывалось уже 30 тысяч регулярных войск с кадрами из бывших унтер-офицеров и офицеров «польских легионов», созданных Бонапартом во время итальянской кампании 1796–1797 гг.
Но, вообще говоря, никакого общего вооружённого движения страны на помощь французам не произошло, и маршал Ланн писал Наполеону в Берлин из Польши, что особого толка от поляков ждать не приходится, они склонны к анархии и ничего прочного у них создать невозможно.
В конце ноября Наполеон получил известие, что передовые части русской армии вошли в Варшаву. Наполеон приказал Мюрату и Даву идти немедленно на Варшаву. Мюрат 28 ноября вошёл с кавалерией в город, накануне оставленный пруссаками, ушедшими за Вислу и сжёгшими за собою мост. Наконец и сам Наполеон появился в Польше, сначала в Познани, потом в Варшаве. Он заявил дворянству, явившемуся к нему на поклон, что сначала нужно заслужить право восстановления Польши. Он хотел было выписать в Польшу из Парижа знаменитого Тадеуша Костюшко, национального героя тогдашней Польши, борца против разделов Польши при Екатерине. Но Костюшко ставил условия, имевшие целью оградить будущую свободу Польши от самого Наполеона, которого Костюшко считал деспотом. Фуше, ведший переговоры с польским патриотом, почтительнейше вопрошал императора, что же сказать Костюшко. «Скажите ему, что он дурак!» — ответил император. Он решил обойтись собственными силами, не надеясь уже на всеобщее восстание в Литве и Белоруссии против царской России.
Началась борьба с русскими. Выйдя из Варшавы, Наполеон атаковал русских. После нескольких стычек 26 декабря 1806 г. произошла битва при Пултуске (на реке Нареве). Русскими командовал генерал Беннигсен. Александр относился к нему с той смесью антипатии и боязни, как вообще ко всем убийцам Павла (хотя все они были только его сообщниками в этом убийстве), но назначил его за неимением более подходящего человека. Французскими войсками командовал маршал Ланн. Сражение окончилось без явного перевеса в ту или иную сторону, и, как всегда в таких случаях бывает, обе стороны рапортовали своим государям о победе. Ланн донёс Наполеону, что русские с тяжёлыми потерями отброшены от Пултуска, а Беннигсен донёс Александру, что он разбил самого Наполеона (которого и в помине не было ни в Пултуске, ни даже в далёкой окружности от Пултуска).
Но французы уже по этому сражению увидели, что им придётся иметь дело не с пруссаками, павшими духом, а со свежими, стойко борющимися русскими войсками.
Наполеон расположился зимними лагерями в Польше, подтягивая из Франции подкрепления. К русской армии тоже подходили новые силы из внутренних губерний.
Всего в Польше у Наполеона было около 105 тысяч человек, из них около 30 тысяч были расположены гарнизонами в городах и оставлены на всякий случай заслоном между Торном и Грауденцем против возможного движения из Мемеля, хотя у Фридриха-Вильгельма почти никаких сил не было. Беннигсен располагал 80–90 тысячами. Обе стороны искали встречи.
Она произошла 8 февраля 1807 г. при г. Эйлау (точнее Прейсиш-Эйлау) в восточной Пруссии. Наполеон лично командовал французской армией.
Битва при Эйлау, одна из самых кровопролитных битв того времени, превосходящая в том отношении почти все сражения, до тех пор данные Наполеоном, кончились вничью. Беннигсен потерял больше трети армии. Огромные потери были и у Наполеона. Русская артиллерия в этом сражении оказалась гораздо многочисленнее французской, и не все маршалы вовремя подошли к месту действия. Почти весь корпус маршала Ожеро был истреблён русским артиллерийским огнём. Сам Наполеон с пехотными полками стоял на кладбище Эйлау, в центре схватки, и чуть не был убит русскими ядрами, падавшими вокруг него. На его голову сыпались поминутно ветки деревьев, обламываемые пролетавшими ядрами и пулями. Наполеон всегда считал, что главнокомандующий не должен рисковать своей жизнью без самой крайней необходимости. Но тут, под Эйлау, он видел, что снова, как под Лоди, как на Аркольском мосту, наступила именно эта крайняя необходимость. Но там, под Лоди или под Арколе, нужно было броситься первому на мост, чтобы этим порывом и жестом увлечь замявшихся гренадер за собой, под Эйлау же требовалось заставить свою пехоту стоять терпеливо часами под русскими ядрами и не бежать от огня.