Значение леса в хозяйстве страны было столь большим, что Петр учредил при Адмиралтейской коллегии Вальдмейстерскую канцелярию (1722 г.). Впервые была создана самостоятельная система управления лесным хозяйством, прообраз министерства. Канцелярию возглавлял обер-вальдмейстер, у него в подчинении были вальдмейстеры, которые ведали заповедными лесами по Волге, Оке, Днепру и другим рекам. У каждого в подчинении был штат унтер-вальдмейстеров. Низшие чины были надсмотрщиками или надзирателями. Особым указом оговаривалось: «где находят корабельные леса, в тех местах определить надзирателей» (1722 г.). Всем должностным лицам этой системы были предоставлены большие права, например, по взиманию штрафа, но зато сами они, уличенные в укрывательстве нарушителей или в других злоупотреблениях, наказываются жестоко: вырыванием ноздрей и ссылкой на каторгу.
Мало считаясь с интересами дворянства, Петр подписал «кощунственный» указ, запрещающий под угрозой наказания помещикам на собственной их земле рубить дубовый лес без позволения чиновника Вальдмейстерской канцелярии. Это уже было посягательство на собственность помещиков и вызвало недовольства среди них.
Была составлена инструкция о порядке рубки лесов. Все они разделялись на заповедные и незаповедные, рубки разрешались только в лесах второй категории. Петр в свое время сам выделил заводчикам в собственность леса как резерв топлива. Теперь было велено разделить все эти леса на 25—30 лесосек и в год вырубать не более одной. Лесную вырубку запрещалось переводить в другой вид угодья, запахивать под поле или застраивать. Нужно было запускать ее лесной порослью и «того молодого леса ни на какие нужды не давать, а беречь, пока в годность придет».
Петр сам следил за исполнением своих указаний, он писал в Нижний Новгород в 1716 году указание о сыске: «Преслушникам указа учини жестокое наказание и разорение отнятием всего их имения, а потом подтверди указами с жестоким штрафом, чтобы леса дубовые берегли, не рубили и не посушивали».
Русский царь навел некоторый порядок в лесопользовании, однако самый факт проявления такой заботы говорил о том, что запасы леса уже тогда не казались ему безграничными. Лес нужно было сажать, Петр не только писал об этом в указах, но и собственноручно посадил немало деревьев. Первая дубовая роща была заложена им еще в конце XVII века близ Таганрога, а незадолго до смерти, в 1723 году, он заботился о посадке леса в Астрахани.
В 1709 году по указанию Петра к заповедным корабельным дубравам был отнесен Шипов лес в Воронежской области, около 30 процентов его и сейчас составляют дубы (современная площадь — 32 тысячи гектаров). Предполагается, что самое название леса произошло от английского ship — корабль, то есть это был именно корабельный лес. Есть основания считать, что и здесь русский царь приложил руки к посадке дубов.
Занимался Петр и городскими насаждениями, так сказать, озеленением городов. При нем, по-видимому, при непосредственном его участии были заложены первые общественные парки в Москве и Санкт-Петербурге. Весной 1712 года царь собственноручно высевал дубовые желуди в окрестностях Петербурга. В 1717 году он предполагал сажать буки в окрестностях новой своей столицы.
«16 июля отправился Петр в море со всем флотом. 19 прибыл в Ревель. 22 Петр положил основу загородному саду в Ревеле». Так А. С. Пушкин записал в «Истории Петра» об этих днях 1718 года.
Для охраны городских насаждений специальным указом запрещалась пастьба скота без пастуха, «понеже оная скотина, ходя по улицам и прочим местам, портит дороги и деревья; а ежели тот скот по-прежнему будет по улицам и в других местах ходить без пастухов и за то оный скот взят будет безденежно в гошпиталь».
Еще при Иване Грозном шурин царя Никита Романов провел некоторые устройства для царских охот близ села Измайлова, с этого времени, по-видимому, возникло и название — Измайловский зверинец. Именно здесь Петр предполагал разводить тутовые деревья и шелкопрядов, сюда были выпущены пойманные на Кавказе и в других местах различные звери. С 1700 года был установлен заповедный режим Измайловского леса, а когда Петр узнал, что там действовали браконьеры, истребляя плоды его трудов, он разразился указом (18 апреля 1708 года). «Ныне ведомо великому Государю учинилось, что по тех Измайловских лугах, по рекам и по прудам и по озерам ездят всяких чинов люди со птицами (ловчими. — К. Б.) и с пищалями, птиц ловят и из пищалей по ним стреляют…» Управителю села Измайловского воеводе Афросимову было приказано «тех людей, которые изловлены будут», доставлять в Преображенский приказ. За незаконную охоту с людей высших чинов взыскивали по 100 рублей, а нижним чинам грозило наказание «жестокое без всякия пощады» и «ссылка в Азов с женами и детьми на вечное житье».