Личностью Трофимова, его деятельностью и связями интересуются царские осведомительные органы. 22 августа 1915 года сменивший Чемерзина русский поверенный в Эфиопии Виноградов в секретной депеше сообщал в Петроград, что в высказываниях о политике царизма «русский подданный М. Трофимов показал себя с очень и очень некрасивой стороны».
В 1916 году Трофимов получил приказ войскового штаба явиться в часть к 20 июля. Он решил подчиниться приказу и в срок прибыл в Уральск. Начальство, то ли закрыв глаза на происшедшее 15 лет назад, то ли еще по каким соображениям, не применило санкций к Трофимову. Он был назначен командиром казачьей сотни и отправлен на юго-западный фронт.
Воевал хорунжий Трофимов честно, но — прав был поверенный Виноградов — политики царизма не разделял, более того — осуждал ее. Трофимов на фронте убедился, что в сущности своей мировая война антинародна, что сам царизм прогнил, изжил себя. На фронте Трофимов сблизился с большевиками, а в сентябре 1917 года вступил в партию.
Снова — калейдоскоп событий.
После Октября 1917 года большевик Трофимов в Уральске — строит в родном краю новую жизнь. Но власть здесь захватывает белогвардейский казачий округ, опирающийся на кулачество. Его жену, спутницу скитаний по Африке, убивает белогвардейский офицер. Казацкая старши́на, обвинив Трофимова в «красной пропаганде», арестовывает его и заточает в тюрьму. Красная Армия, освободив Уральск от белогвардейщины, освобождает и Трофимова. Его назначают областным военным комиссаром.
Апрель 1919 года. Уральск снова в беде — город окружили белогвардейские части. Героическая оборона продолжалась несколько месяцев. 11 июля кольцо бело-казачьей осады разорвала легендарная 25-я дивизия В. И. Чапаева.
Областной военком Трофимов в гуще событий. Он занят мобилизационными делами, заботой о пополнении рядов Красной Армии. В октябре его назначили начальником Упроформа — учреждения, ведавшего формированием и обучением воинских частей.
Трофимов часто бывает в Чапаевской дивизии, встречается с прославленным командиром, с комиссаром дивизии Д. А. Фурмановым. Впоследствии Фурманов подарил Трофимову первое издание повести «Чапаев» с дарственной надписью.
В мае 1920 года, когда Чапаевская дивизия перебрасывалась на борьбу против панской Польши, в ее рядах командиром кавполка был М. В. Трофимов. Комдив И. С. Кутяков, скупой на похвалы человек, не раз скажет о Трофимове как о мужественном, честном и исполнительном командире.
Отгремела гражданская война. М. В. Трофимов демобилизовался, стал работать директором садово-огородного хозяйства «Дагомыс» в Сочи.
Свое увлечение — собирать книги — он не забыл. Может, эта его страсть и звала его всегда в дорогу? Он мечтает объехать весь Урал — от Карского моря до Каспийского, побывать на Крайнем Севере, еще раз на Дальнем Востоке…
И вот наконец вместе с женой Елизаветой Максимовной Муратовой он отправляется в дальний рейс на китобойной флотилии «Алеут».
После плавания Трофимов недолго отдыхал — работал на комбинате «Массандра» в Ялте. Снова его потянуло в путь, на сей раз — в Якутию.
Библиотека Трофимова росла. Номера на экслибрисе приблизились к десяти тысячам. Ранние издания «Классики революционной мысли», трудов В. И. Ленина, Плавт и Плутарх, Шекспир и Байрон, Пушкин и Некрасов, Мамин-Сибиряк и Горький, Бажов и Островский, сочинения историков и естествоиспытателей, литература по искусству — широкими были интересы бывшего хорунжего Трофимова. Собирал он и редкие книги. В библиотеке были прижизненные издания А. С. Пушкина, декабриста А. Бестужева-Марлинского, журналы начала XIX века, сборники «Знания», первые советские издания, книги с автографами…
Началась Великая Отечественная война. Нависла угроза оккупации Крыма. Трофимов готовился к эвакуации, упаковал книги. Но выехать не удалось — фашисты заняли Ялту.
По рассказам ялтинцев, переживших оккупацию, к Трофимову часто приходили советские люди — почитать книги, побеседовать, поделиться мыслями, а главное, узнать свежие новости: приемный сын Трофимова Степан, работавший шофером, доставал подпольные советские газеты и листовки, сводки Совинформбюро.
Гитлеровцы пронюхали о Трофимове и его библиотеке. Стало известно, что Трофимов находился в дружеских отношениях с городским головой Н. С. Анищенко, которого немцы расстреляли в 1943 году за связь с крымскими партизанами. В начале 1944 года гестаповцы нагрянули на квартиру Трофимовых, арестовали их, разгромили библиотеку.
Дочь ялтинского партизана В. А. Чистова, случайно оказавшаяся с другими жителями города свидетельницей ареста патриотов, вспоминает: